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Viewing changes to inst/doc/cummeRbund-manual.R
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- Committer: Package Import Robot
- Author(s): Andreas Tille
- Date: 2013-12-28 17:17:25 UTC
- mfrom: (1.1.2)
- Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131228171725-polmzo8go4m371c6
Tags: 2.4.1-1
* New upstream version
* debian/rules: Remove useless creation of ${R-Depends}
* debian/control: Versioned Build-Depends: r-base-dev (>= 3.0)
* debian/README.test: add hint how to test the package
* debian/rules: Remove useless creation of ${R-Depends}
* debian/control: Versioned Build-Depends: r-base-dev (>= 3.0)
* debian/README.test: add hint how to test the package
- files added:
- build
- inst/reports
- files removed:
- man/createDB.Rd
- files modified:
- DESCRIPTION
added
removed
inst/doc/cummeRbund-manual.R
1
### R code from vignette source 'cummeRbund-manual.Rnw'
2
3
###################################################
4
### code chunk number 1: init
5
###################################################
6
options(width=65)
7
8
9
###################################################
10
### code chunk number 2: loadLib
11
###################################################
12
library(cummeRbund)
13
14
15
###################################################
16
### code chunk number 3: read
17
###################################################
18
myDir<-system.file("extdata", package="cummeRbund") #You can leave blank if cwd or replace with your own directory path.
19
gtfFile<-system.file("extdata/chr1_snippet.gtf",package="cummeRbund") #path to .gtf file used in cuffdiff analysis.
20
cuff <- readCufflinks(dir=myDir,gtfFile=gtfFile,genome="hg19",rebuild=T)
21
22
23
###################################################
24
### code chunk number 4: read2 (eval = FALSE)
25
###################################################
26
## cuff<-readCufflinks()
27
28
29
###################################################
30
### code chunk number 5: read3
31
###################################################
32
cuff
33
34
35
###################################################
36
### code chunk number 6: add_features
37
###################################################
38
#annot<-read.table("gene_annotation.tab",sep="\t",header=T,na.string="-")
39
#addFeatures(cuff,annot,level="genes")
40
41
42
###################################################
43
### code chunk number 7: global_dispersion
44
###################################################
45
disp<-dispersionPlot(genes(cuff))
46
disp
47
48
49
###################################################
50
### code chunk number 8: global_dispersion_plot
51
###################################################
52
print(disp)
53
54
55
###################################################
56
### code chunk number 9: SCV_visualization
57
###################################################
58
genes.scv<-fpkmSCVPlot(genes(cuff))
59
isoforms.scv<-fpkmSCVPlot(isoforms(cuff))
60
61
62
###################################################
63
### code chunk number 10: global_plots_1
64
###################################################
65
dens<-csDensity(genes(cuff))
66
dens
67
densRep<-csDensity(genes(cuff),replicates=T)
68
densRep
69
70
71
###################################################
72
### code chunk number 11: global_plots_dens
73
###################################################
74
dens<-csDensity(genes(cuff))
75
dens
76
densRep<-csDensity(genes(cuff),replicates=T)
77
densRep
78
print(dens)
79
80
81
###################################################
82
### code chunk number 12: global_plots_dens_rep
83
###################################################
84
print(densRep)
85
86
87
###################################################
88
### code chunk number 13: global_plots_2
89
###################################################
90
b<-csBoxplot(genes(cuff))
91
b
92
brep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T)
93
brep
94
95
96
###################################################
97
### code chunk number 14: global_plots_box
98
###################################################
99
b<-csBoxplot(genes(cuff))
100
b
101
brep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T)
102
brep
103
print(b)
104
105
106
###################################################
107
### code chunk number 15: global_plots_box_rep
108
###################################################
109
print(brep)
110
111
112
###################################################
113
### code chunk number 16: global_plots_3.1
114
###################################################
115
s<-csScatterMatrix(genes(cuff))
116
117
118
119
###################################################
120
### code chunk number 17: global_plots_scatter_1
121
###################################################
122
s<-csScatterMatrix(genes(cuff))
123
124
print(s)
125
126
127
###################################################
128
### code chunk number 18: global_plots_3.2
129
###################################################
130
s<-csScatter(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts",smooth=T)
131
s
132
133
134
###################################################
135
### code chunk number 19: global_plots_scatter_2
136
###################################################
137
s<-csScatter(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts",smooth=T)
138
s
139
print(s)
140
141
142
###################################################
143
### code chunk number 20: global_plots_6
144
###################################################
145
dend<-csDendro(genes(cuff))
146
dend.rep<-csDendro(genes(cuff),replicates=T)
147
148
149
###################################################
150
### code chunk number 21: global_plots_dendro
151
###################################################
152
dend<-csDendro(genes(cuff))
153
dend.rep<-csDendro(genes(cuff),replicates=T)
154
plot(dend)
155
156
157
###################################################
158
### code chunk number 22: global_plots_dendro_rep
159
###################################################
160
plot(dend.rep)
161
162
163
###################################################
164
### code chunk number 23: global_plots_4
165
###################################################
166
m<-MAplot(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts")
167
m
168
mCount<-MAplot(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts",useCount=T)
169
mCount
170
171
172
###################################################
173
### code chunk number 24: global_plots_MA
174
###################################################
175
m<-MAplot(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts")
176
m
177
mCount<-MAplot(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts",useCount=T)
178
mCount
179
print(m)
180
181
182
###################################################
183
### code chunk number 25: global_plots_MA_count
184
###################################################
185
print(mCount)
186
187
188
###################################################
189
### code chunk number 26: global_plots_5_1
190
###################################################
191
v<-csVolcanoMatrix(genes(cuff))
192
v
193
194
195
###################################################
196
### code chunk number 27: global_plots_volcano_1
197
###################################################
198
v<-csVolcanoMatrix(genes(cuff))
199
v
200
print(v)
201
202
203
###################################################
204
### code chunk number 28: global_plots_5_2
205
###################################################
206
v<-csVolcano(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts")
207
v
208
209
210
###################################################
211
### code chunk number 29: global_plots_volcano_2
212
###################################################
213
v<-csVolcano(genes(cuff),"hESC","Fibroblasts")
214
v
215
print(v)
216
217
218
###################################################
219
### code chunk number 30: data_access_0
220
###################################################
221
runInfo(cuff)
222
replicates(cuff)
223
224
225
###################################################
226
### code chunk number 31: data_access_1
227
###################################################
228
gene.features<-annotation(genes(cuff))
229
head(gene.features)
230
231
gene.fpkm<-fpkm(genes(cuff))
232
head(gene.fpkm)
233
234
gene.repFpkm<-repFpkm(genes(cuff))
235
head(gene.repFpkm)
236
237
gene.counts<-count(genes(cuff))
238
head(gene.counts)
239
240
isoform.fpkm<-fpkm(isoforms(cuff))
241
head(isoform.fpkm)
242
243
gene.diff<-diffData(genes(cuff))
244
head(gene.diff)
245
246
247
###################################################
248
### code chunk number 32: data_access_2
249
###################################################
250
sample.names<-samples(genes(cuff))
251
head(sample.names)
252
gene.featurenames<-featureNames(genes(cuff))
253
head(gene.featurenames)
254
255
256
###################################################
257
### code chunk number 33: data_access_3
258
###################################################
259
gene.matrix<-fpkmMatrix(genes(cuff))
260
head(gene.matrix)
261
262
263
###################################################
264
### code chunk number 34: data_access_4
265
###################################################
266
gene.rep.matrix<-repFpkmMatrix(genes(cuff))
267
head(gene.rep.matrix)
268
269
270
###################################################
271
### code chunk number 35: data_access_5
272
###################################################
273
gene.count.matrix<-countMatrix(genes(cuff))
274
head(gene.count.matrix)
275
276
277
###################################################
278
### code chunk number 36: create_geneset_1
279
###################################################
280
data(sampleData)
281
myGeneIds<-sampleIDs
282
myGeneIds
283
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)
284
myGenes
285
286
287
###################################################
288
### code chunk number 37: create_geneset_2
289
###################################################
290
#FPKM values for genes in gene set
291
head(fpkm(myGenes))
292
293
#Isoform-level FPKMs for gene set
294
head(fpkm(isoforms(myGenes)))
295
296
#Replicate FPKMs for TSS groups within gene set
297
head(repFpkm(TSS(myGenes)))
298
299
300
301
###################################################
302
### code chunk number 38: geneset_plots_1
303
###################################################
304
h<-csHeatmap(myGenes,cluster='both')
305
h
306
h.rep<-csHeatmap(myGenes,cluster='both',replicates=T)
307
h.rep
308
309
310
###################################################
311
### code chunk number 39: geneset_plots_heatmap
312
###################################################
313
h<-csHeatmap(myGenes,cluster='both')
314
h
315
h.rep<-csHeatmap(myGenes,cluster='both',replicates=T)
316
h.rep
317
print(h)
318
319
320
###################################################
321
### code chunk number 40: geneset_plots_heatmap_rep
322
###################################################
323
print(h.rep)
324
325
326
###################################################
327
### code chunk number 41: geneset_plots_1.5
328
###################################################
329
b<-expressionBarplot(myGenes)
330
b
331
332
333
###################################################
334
### code chunk number 42: geneset_plots_barplot
335
###################################################
336
b<-expressionBarplot(myGenes)
337
b
338
print(b)
339
340
341
###################################################
342
### code chunk number 43: geneset_plots_2
343
###################################################
344
s<-csScatter(myGenes,"Fibroblasts","hESC",smooth=T)
345
s
346
347
348
###################################################
349
### code chunk number 44: geneset_plots_scatter
350
###################################################
351
s<-csScatter(myGenes,"Fibroblasts","hESC",smooth=T)
352
s
353
print(s)
354
355
356
###################################################
357
### code chunk number 45: geneset_plots_3
358
###################################################
359
v<-csVolcano(myGenes,"Fibroblasts","hESC")
360
v
361
362
363
###################################################
364
### code chunk number 46: geneset_plots_volcano
365
###################################################
366
v<-csVolcano(myGenes,"Fibroblasts","hESC")
367
v
368
print(v)
369
370
371
###################################################
372
### code chunk number 47: geneset_plots_4
373
###################################################
374
ih<-csHeatmap(isoforms(myGenes),cluster='both',labRow=F)
375
ih
376
th<-csHeatmap(TSS(myGenes),cluster='both',labRow=F)
377
th
378
379
380
###################################################
381
### code chunk number 48: geneset_plots_isoform_heatmap
382
###################################################
383
ih<-csHeatmap(isoforms(myGenes),cluster='both',labRow=F)
384
ih
385
th<-csHeatmap(TSS(myGenes),cluster='both',labRow=F)
386
th
387
print(ih)
388
389
390
###################################################
391
### code chunk number 49: geneset_plots_TSS_heatmap
392
###################################################
393
print(th)
394
395
396
###################################################
397
### code chunk number 50: geneset_plots_5
398
###################################################
399
den<-csDendro(myGenes)
400
401
402
###################################################
403
### code chunk number 51: geneset_plots_dendro
404
###################################################
405
den<-csDendro(myGenes)
406
plot(den)
407
408
409
###################################################
410
### code chunk number 52: gene_level_1
411
###################################################
412
myGeneId<-"PINK1"
413
myGene<-getGene(cuff,myGeneId)
414
myGene
415
head(fpkm(myGene))
416
head(fpkm(isoforms(myGene)))
417
418
419
###################################################
420
### code chunk number 53: gene_plots_1
421
###################################################
422
gl<-expressionPlot(myGene)
423
gl
424
425
gl.rep<-expressionPlot(myGene,replicates=TRUE)
426
gl.rep
427
428
gl.iso.rep<-expressionPlot(isoforms(myGene),replicates=T)
429
gl.iso.rep
430
431
gl.cds.rep<-expressionPlot(CDS(myGene),replicates=T)
432
gl.cds.rep
433
434
435
###################################################
436
### code chunk number 54: gene_plots_line
437
###################################################
438
gl<-expressionPlot(myGene)
439
gl
440
441
gl.rep<-expressionPlot(myGene,replicates=TRUE)
442
gl.rep
443
444
gl.iso.rep<-expressionPlot(isoforms(myGene),replicates=T)
445
gl.iso.rep
446
447
gl.cds.rep<-expressionPlot(CDS(myGene),replicates=T)
448
gl.cds.rep
449
print(gl)
450
451
452
###################################################
453
### code chunk number 55: gene_plots_replicate_line
454
###################################################
455
456
print(gl.rep)
457
458
459
###################################################
460
### code chunk number 56: gene_plots_iso_replicate_line
461
###################################################
462
463
print(gl.iso.rep)
464
465
466
###################################################
467
### code chunk number 57: gene_plots_cds_replicate_line
468
###################################################
469
470
print(gl.cds.rep)
471
472
473
###################################################
474
### code chunk number 58: gene_plots_2
475
###################################################
476
gb<-expressionBarplot(myGene)
477
gb
478
gb.rep<-expressionBarplot(myGene,replicates=T)
479
gb.rep
480
481
482
###################################################
483
### code chunk number 59: gene_plots_bar
484
###################################################
485
gb<-expressionBarplot(myGene)
486
gb
487
gb.rep<-expressionBarplot(myGene,replicates=T)
488
gb.rep
489
print(gb)
490
491
492
###################################################
493
### code chunk number 60: gene_plots_bar_rep
494
###################################################
495
print(gb.rep)
496
497
498
###################################################
499
### code chunk number 61: gene_plots_3
500
###################################################
501
igb<-expressionBarplot(isoforms(myGene),replicates=T)
502
igb
503
504
505
###################################################
506
### code chunk number 62: gene_plots_bar_isoforms
507
###################################################
508
igb<-expressionBarplot(isoforms(myGene),replicates=T)
509
igb
510
print(igb)
511
512
513
###################################################
514
### code chunk number 63: features_1
515
###################################################
516
head(features(myGene))
517
518
519
###################################################
520
### code chunk number 64: features_2
521
###################################################
522
genetrack<-makeGeneRegionTrack(myGene)
523
plotTracks(genetrack)
524
525
526
###################################################
527
### code chunk number 65: features_3
528
###################################################
529
trackList<-list()
530
myStart<-min(features(myGene)$start)
531
myEnd<-max(features(myGene)$end)
532
myChr<-unique(features(myGene)$seqnames)
533
genome<-'hg19'
534
535
ideoTrack <- IdeogramTrack(genome = genome, chromosome = myChr)
536
trackList<-c(trackList,ideoTrack)
537
538
axtrack<-GenomeAxisTrack()
539
trackList<-c(trackList,axtrack)
540
541
genetrack<-makeGeneRegionTrack(myGene)
542
genetrack
543
544
trackList<-c(trackList,genetrack)
545
546
biomTrack<-BiomartGeneRegionTrack(genome=genome,chromosome=as.character(myChr),
547
start=myStart,end=myEnd,name="ENSEMBL",showId=T)
548
549
trackList<-c(trackList,biomTrack)
550
551
conservation <- UcscTrack(genome = genome, chromosome = myChr,
552
track = "Conservation", table = "phyloP100wayAll",
553
from = myStart-2000, to = myEnd+2000, trackType = "DataTrack",
554
start = "start", end = "end", data = "score",
555
type = "hist", window = "auto", col.histogram = "darkblue",
556
fill.histogram = "darkblue", ylim = c(-3.7, 4),
557
name = "Conservation")
558
559
trackList<-c(trackList,conservation)
560
561
plotTracks(trackList,from=myStart-2000,to=myEnd+2000)
562
563
564
565
###################################################
566
### code chunk number 66: sig_mat_1
567
###################################################
568
mySigMat<-sigMatrix(cuff,level='genes',alpha=0.05)
569
570
571
572
###################################################
573
### code chunk number 67: sig_mat_plot_1
574
###################################################
575
mySigMat<-sigMatrix(cuff,level='genes',alpha=0.05)
576
577
print(mySigMat)
578
579
580
###################################################
581
### code chunk number 68: get_sig_1
582
###################################################
583
mySigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level='genes')
584
head(mySigGeneIds)
585
length(mySigGeneIds)
586
587
588
###################################################
589
### code chunk number 69: get_sig_2
590
###################################################
591
hESC_vs_iPS.sigIsoformIds<-getSig(cuff,x='hESC',y='iPS',alpha=0.05,level='isoforms')
592
head(hESC_vs_iPS.sigIsoformIds)
593
length(hESC_vs_iPS.sigIsoformIds)
594
595
596
###################################################
597
### code chunk number 70: get_sig_3
598
###################################################
599
mySigGenes<-getGenes(cuff,mySigGeneIds)
600
mySigGenes
601
602
603
604
###################################################
605
### code chunk number 71: get_sig_4
606
###################################################
607
mySigTable<-getSigTable(cuff,alpha=0.01,level='genes')
608
head(mySigTable,20)
609
610
611
###################################################
612
### code chunk number 72: dist_heat_1
613
###################################################
614
myDistHeat<-csDistHeat(genes(cuff))
615
616
617
618
###################################################
619
### code chunk number 73: dist_heat_plot_1
620
###################################################
621
myDistHeat<-csDistHeat(genes(cuff))
622
623
print(myDistHeat)
624
625
626
###################################################
627
### code chunk number 74: dist_heat_2
628
###################################################
629
myRepDistHeat<-csDistHeat(genes(cuff),replicates=T)
630
631
632
633
###################################################
634
### code chunk number 75: dist_heat_plot_2
635
###################################################
636
myRepDistHeat<-csDistHeat(genes(cuff),replicates=T)
637
638
print(myRepDistHeat)
639
640
641
###################################################
642
### code chunk number 76: dim_reduction_1
643
###################################################
644
genes.PCA<-PCAplot(genes(cuff),"PC1","PC2")
645
genes.MDS<-MDSplot(genes(cuff))
646
647
genes.PCA.rep<-PCAplot(genes(cuff),"PC1","PC2",replicates=T)
648
genes.MDS.rep<-MDSplot(genes(cuff),replicates=T)
649
650
651
###################################################
652
### code chunk number 77: gene_PCA
653
###################################################
654
genes.PCA<-PCAplot(genes(cuff),"PC1","PC2")
655
genes.MDS<-MDSplot(genes(cuff))
656
657
genes.PCA.rep<-PCAplot(genes(cuff),"PC1","PC2",replicates=T)
658
genes.MDS.rep<-MDSplot(genes(cuff),replicates=T)
659
print(genes.PCA)
660
661
662
###################################################
663
### code chunk number 78: gene_MDS
664
###################################################
665
666
print(genes.MDS)
667
668
669
###################################################
670
### code chunk number 79: gene_PCA_rep
671
###################################################
672
673
print(genes.PCA.rep)
674
675
676
###################################################
677
### code chunk number 80: gene_MDS_rep
678
###################################################
679
680
print(genes.MDS.rep)
681
682
683
###################################################
684
### code chunk number 81: geneset_cluster_1
685
###################################################
686
ic<-csCluster(myGenes,k=4)
687
head(ic$cluster)
688
icp<-csClusterPlot(ic)
689
icp
690
691
692
###################################################
693
### code chunk number 82: geneset_plots_cluster
694
###################################################
695
print(icp)
696
697
698
###################################################
699
### code chunk number 83: specificity_1
700
###################################################
701
myGenes.spec<-csSpecificity(myGenes)
702
head(myGenes.spec)
703
704
705
###################################################
706
### code chunk number 84: similar_1
707
###################################################
708
mySimilar<-findSimilar(cuff,"PINK1",n=20)
709
mySimilar.expression<-expressionPlot(mySimilar,logMode=T,showErrorbars=F)
710
711
712
###################################################
713
### code chunk number 85: similar_plots_1
714
###################################################
715
mySimilar<-findSimilar(cuff,"PINK1",n=20)
716
mySimilar.expression<-expressionPlot(mySimilar,logMode=T,showErrorbars=F)
717
print(mySimilar.expression)
718
719
720
###################################################
721
### code chunk number 86: similar_2
722
###################################################
723
myProfile<-c(500,0,400)
724
mySimilar2<-findSimilar(cuff,myProfile,n=10)
725
mySimilar2.expression<-expressionPlot(mySimilar2,logMode=T,showErrorbars=F)
726
727
728
###################################################
729
### code chunk number 87: similar_plots_2
730
###################################################
731
myProfile<-c(500,0,400)
732
mySimilar2<-findSimilar(cuff,myProfile,n=10)
733
mySimilar2.expression<-expressionPlot(mySimilar2,logMode=T,showErrorbars=F)
734
print(mySimilar2.expression)
735
736
737
###################################################
738
### code chunk number 88: close_connection
739
###################################################
740
end<-sqliteCloseConnection(cuff@DB)
741
742
743
###################################################
744
### code chunk number 89: session
745
###################################################
746
sessionInfo()
747
748
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