← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/grass/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to raster/r.li/description.html

Tags: 7.0.0~rc1+ds1-1~exp1
http://bugs.debian.org/776349
* New upstream release candidate.
* Repack upstream tarball, remove precompiled Python objects.
* Add upstream metadata.
* Update gbp.conf and Vcs-Git URL to use the experimental branch.
* Update watch file for GRASS 7.0.
* Drop build dependencies for Tcl/Tk, add build dependencies:
  python-numpy, libnetcdf-dev, netcdf-bin, libblas-dev, liblapack-dev
* Update Vcs-Browser URL to use cgit instead of gitweb.
* Update paths to use grass70.
* Add configure options: --with-netcdf, --with-blas, --with-lapack,
  remove --with-tcltk-includes.
* Update patches for GRASS 7.
* Update copyright file, changes:
  - Update copyright years
  - Group files by license
  - Remove unused license sections
* Add patches for various typos.
* Fix desktop file with patch instead of d/rules.
* Use minimal dh rules.
* Bump Standards-Version to 3.9.6, no changes.
* Use dpkg-maintscript-helper to replace directories with symlinks.
  (closes: #776349)
* Update my email to use @debian.org address.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
raster/r.li/description.html
1
 
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
2
 
<html>
3
 
<head>
4
 
<title>r.li</title>
5
 
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
6
 
<link rel="stylesheet" href="grassdocs.css" type="text/css">
7
 
</head>
8
 
<body bgcolor="white">
9
 
 
10
 
<img src="grass_logo.png" alt="GRASS logo"><hr align=center size=6 noshade>
11
 
 
12
 
<h2>NAME</h2>
13
 
<em><b>r.li</b></em> - Landscape structure analysis package overview.
14
 
 
15
 
<h2>KEYWORDS</h2>
16
 
raster, landscape structure analysis, overview, landscape metrics, landscape pattern, landscape analysis
17
 
 
18
 
<h2>DESCRIPTION</h2>
19
 
 
20
 
The <em>r.li</em> suite is a toolset for multiscale analysis of landscape structure.
21
 
It aims at replacing the <em>r.le</em> suite of modules through a client-server,
22
 
multiprocess implementation. External software for quantitative measures of landscape
23
 
structure is for example FRAGSTATS (McGarigal and Marks 1995).
24
 
<p>
25
 
The <em>r.li</em> suite offers a set of patch and diversity indices.
26
 
It supports analysis of landscapes composed of a mosaic of
27
 
patches, but, more generally, the modules work with any two-dimensional
28
 
raster map whose cell values are integer (e.g., 1, 2) or floating point
29
 
(e.g., 1.1, 3.2) values. The <em>r.li.setup</em> module has options for
30
 
controlling the shape, size, number, and distribution of sampling
31
 
areas used to collect information about the landscape structure.
32
 
Sampling area shapes can be the entire map or a moving
33
 
window of square, rectangular or with circular shape. The size of
34
 
sampling areas can be changed, so that the landscape can be analyzed
35
 
at a variety of spatial scales simultaneously. Sampling areas may be
36
 
distributed across the landscape in a random, systematic, or
37
 
stratified-random manner, or as a moving window.
38
 
<p>
39
 
The <em>r.li</em> modules can calculate a number of measures that produce
40
 
single values as output (e.g. mean patch size in the sampling area),
41
 
as well as measures that produce a distribution of values as output
42
 
(e.g. frequency distribution of patch sizes in the sampling area). The
43
 
results are stored as raster maps.
44
 
 
45
 
<p>
46
 
The general procedure to calculate an index from a raster map is two-fold:
47
 
 
48
 
<ol>
49
 
<li>run <em>r.li.setup</em>: create a configuration file selecting the parts of
50
 
    raster to analyze.
51
 
 
52
 
<li>run <em>r.li.'index'</em> (e.g., <em>r.li.patchdensity</em>) for calculate the selected
53
 
    index using on the areas selected on configuration file.
54
 
</ol>
55
 
 
56
 
<h2>NOTE</h2>
57
 
 
58
 
Also the <em>r.li.daemon</em> has a main function and it can be run, but it is only a
59
 
template for development of new indices.
60
 
<!-- mhh ??: -->
61
 
The function itself has no meaning, it can be used only for debug.
62
 
 
63
 
<h2>EXAMPLE</h2>
64
 
 
65
 
To calculate a patch density index on a whole 'geology' raster map in the
66
 
Spearfish region, using a 5x5 moving window, follow this procedure:
67
 
 
68
 
<ol>
69
 
<li> CREATE A NEW CONFIGURATION FILE
70
 
  <ol>
71
 
  <li> run 
72
 
<div class="code"><pre>
73
 
        r.li.setup
74
 
</pre></div>
75
 
  <li> The main <em>r.li.setup</em> window is displayed, click on "New"
76
 
  <li>  Now it is displayed the new configuration window,
77
 
        enter the configuration file name (e.g., "my_conf", do not use absolute paths) 
78
 
        and the name of raster map (e.g., "geology").
79
 
        The other fields are not needed for this configuration.
80
 
  <li> Click on "Setup sampling frame", select "Whole maplayer" and click "OK"
81
 
  <li> Click on "Setup sampling areas", select "Moving window" and click "OK"
82
 
  <li> Click on "Use keyboard to enter moving window dimension"
83
 
  <li> Select "Rectangle" and enter 5 on "heigth" and "width" fields
84
 
  <li> Click on "Save settings"
85
 
  <li> Close <em>r.li.setup</em> window
86
 
  </ol>
87
 
<li> CALCULATE PATCHDENSITY INDEX
88
 
<ol>
89
 
        <li>    set region settings to geology raster map:
90
 
<div class="code"><pre>
91
 
        g.region rast=geology -p
92
 
</pre></div>
93
 
        <li> run <em>r.li.patchdensity</em>:
94
 
<div class="code"><pre>
95
 
        r.li.patchdensity map=geology conf=my_conf out=patchdens
96
 
</pre></div>
97
 
  </ol>
98
 
</ol>
99
 
 
100
 
The resulting patch density is stored in "patchdens" raster map.
101
 
 
102
 
You can verify the result for example with contour lines:
103
 
<div class="code"><pre>
104
 
r.contour in=patchdens out=patchdens step=5
105
 
d.rast patchdens
106
 
d.vect -c patchdens
107
 
</pre></div>
108
 
 
109
 
Note that if you want to run another index with the same area
110
 
configuration, you don't have to create another configuration file.
111
 
 
112
 
You can also use the same area configuration file on another map. The
113
 
program rescale it automatically. For instance if you have selected a
114
 
5x5 sample area on 100x100 raster map, and you use the same
115
 
configuration file on a 200x200 raster map, then the sample area is
116
 
10x10.
117
 
 
118
 
<h2>SEE ALSO</h2>
119
 
 
120
 
<b>Core modules</b>:
121
 
<ul>
122
 
  <li> <a href="r.li.daemon.html">r.li.daemon</a>: job launch daemon</li>
123
 
  <li> <a href="r.li.setup.html">r.li.setup</a>: Configuration editor for r.li.'index'</li>
124
 
</ul>
125
 
 
126
 
<b>Patch indices</b>:
127
 
<ul>
128
 
<li>Indices based on patch number:
129
 
<ul>
130
 
  <li> <a href="r.li.patchdensity.html">r.li.patchdensity</a>: Calculates patch density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
131
 
  <li> <a href="r.li.patchnum.html">r.li.patchnum</a>: Calculates patch number index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
132
 
</ul>
133
 
<li>Indices based on patch dimension:
134
 
<ul>
135
 
  <li> <a href="r.li.mps.html">r.li.mps</a>: Calculates mean patch size index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
136
 
  <li> <a href="r.li.padcv.html">r.li.padcv</a>: Calculates coefficient of variation of patch area on a raster map</li>
137
 
  <li> <a href="r.li.padrange.html">r.li.padrange</a>: Calculates range of patch area size on a raster map</li>
138
 
  <li> <a href="r.li.padsd.html">r.li.padsd</a>: Calculates standard deviation of patch area a raster map</li>
139
 
</ul>
140
 
<li>Indices based on patch shape:
141
 
<ul>
142
 
  <li> <a href="r.li.shape.html">r.li.shape</a>: Calculates shape index on a raster map</li>
143
 
</ul>
144
 
<li>Indices based on patch edge: <!-- border? -->
145
 
<ul>
146
 
  <li> <a href="r.li.edgedensity.html">r.li.edgedensity</a>: Calculates edge density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
147
 
</ul>
148
 
<li>Indices based on patch attributes:
149
 
<ul>
150
 
  <li> <a href="r.li.cwed.html">r.li.cwed</a>: Calculates contrast Weighted Edge Density index on a raster map</li>
151
 
  <li> <a href="r.li.mpa.html">r.li.mpa</a>: Calculates mean pixel attribute index on a raster map</li>
152
 
</ul>
153
 
</ul>
154
 
 
155
 
<b>Diversity indices</b>:
156
 
<ul>
157
 
  <li> <a href="r.li.dominance.html">r.li.dominance</a>: Calculates dominance's diversity index on a raster map</li>
158
 
  <li> <a href="r.li.richness.html">r.li.richness</a>: Calculates dominance's diversity index on a raster map</li>
159
 
  <li> <a href="r.li.shannon.html">r.li.shannon</a>: Calculates Shannon's diversity index on a raster map</li>
160
 
  <li> <a href="r.li.simpson.html">r.li.simpson</a>: Calculates Simpson's diversity index on a raster map</li>
161
 
</ul>
162
 
 
163
 
<h2>ADDING NEW INDICES</h2>
164
 
New indices can be defined and implemented by any C programmer, without having to
165
 
deal with all basic functions (IO etc.). The computing architecture and the functions
166
 
are clearly separated, thus allowing an easy expandability. Every index is defined
167
 
separately, placed in a directory along with its Makefile for compiling it and a file
168
 
description.html which describes the index including a simple example of use.
169
 
 
170
 
<h2>REFERENCES</h2>
171
 
 
172
 
McGarigal, K., and B. J. Marks. 1995. FRAGSTATS: spatial pattern
173
 
analysis program for quantifying landscape structure. USDA For. Serv.
174
 
Gen. Tech. Rep. PNW-351 (<a href="http://www.fs.fed.us/pnw/pubs/gtr_351.pdf">PDF</a>).
175
 
 
176
 
<h2>AUTHORS</h2>
177
 
<a href="mailto:porta@cli.di.unipi.it">Claudio Porta</a> and 
178
 
<a href="mailto:spano@cli.di.unipi.it">Lucio Davide Spano</a>, students of Computer Science 
179
 
University of Pisa (Italy). <br>
180
 
Commission from Faunalia Pontedera (PI)<br>
181
 
 
182
 
<p>
183
 
<i>Last changed: $Date: 2008-10-29 10:19:46 +0100 (Wed, 29 Oct 2008) $</i>
184
 
<hr>
185
 
<p>
186
 
<a href="index.html">Main index</a> - <a href="raster.html">raster index</a>
187
 
  - <a href="full_index.html">Full index</a>
188
 
</body>
189
 
</html>