← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/grass/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to raster/r.li/r.li.simpson/r.li.simpson.html

Tags: 7.0.0~rc1+ds1-1~exp1
http://bugs.debian.org/776349
* New upstream release candidate.
* Repack upstream tarball, remove precompiled Python objects.
* Add upstream metadata.
* Update gbp.conf and Vcs-Git URL to use the experimental branch.
* Update watch file for GRASS 7.0.
* Drop build dependencies for Tcl/Tk, add build dependencies:
  python-numpy, libnetcdf-dev, netcdf-bin, libblas-dev, liblapack-dev
* Update Vcs-Browser URL to use cgit instead of gitweb.
* Update paths to use grass70.
* Add configure options: --with-netcdf, --with-blas, --with-lapack,
  remove --with-tcltk-includes.
* Update patches for GRASS 7.
* Update copyright file, changes:
  - Update copyright years
  - Group files by license
  - Remove unused license sections
* Add patches for various typos.
* Fix desktop file with patch instead of d/rules.
* Use minimal dh rules.
* Bump Standards-Version to 3.9.6, no changes.
* Use dpkg-maintscript-helper to replace directories with symlinks.
  (closes: #776349)
* Update my email to use @debian.org address.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
raster/r.li/r.li.simpson/r.li.simpson.html
 
1
<h2>DESCRIPTION</h2>
 
2
 
 
3
<em>r.li.simpson</em> calculates the "Simpson's diversity index" as:<br>
 
4
<img src="rliSimpson_formula.png" alt="r.li.simpson formula"> <br>
 
5
with:
 
6
<ul>
 
7
<li><b>i</b>: patch type</li>
 
8
<li><b>m</b>: number of different patch types</li>
 
9
<li><b>p<small><small>i</small></small></b>: proportional abundance of 
 
10
patch type <i>i</i> </li>
 
11
</ul>
 
12
 
 
13
<h2>NOTES</h2>
 
14
 
 
15
Do not use absolute path names for the <b>config</b> and <b>output</b>
 
16
file/map parameters.
 
17
If the "moving window" method was selected in <b>g.gui.rlisetup</b>, then the
 
18
output will be a raster map, otherwise an ASCII file will be generated in
 
19
the folder <tt>C:\Users\userxy\AppData\Roaming\GRASS7\r.li\output\</tt>
 
20
(MS-Windows) or <tt>$HOME/.grass7/r.li/output/</tt> (GNU/Linux).
 
21
<p>
 
22
<!-- TODO: verify next: -->
 
23
If the input raster map contains only NULL values then <em>r.li.simpson</em>
 
24
returns NULL.
 
25
 
 
26
<h2>EXAMPLES</h2>
 
27
To calculate Simpson's diversity index on map <em>my_map</em>, using
 
28
<em>my_conf</em> configuration file (previously defined with
 
29
<em>g.gui.rlisetup</em>) and saving results in <em>my_out</em>, run:
 
30
<div class="code"><pre>
 
31
r.li.simpson input=my_map conf=my_conf output=my_out
 
32
</pre></div>
 
33
<p>
 
34
 
 
35
Forest map (Spearfish sample dataset) example:
 
36
<div class="code"><pre>
 
37
g.region raster=landcover.30m -p
 
38
r.mapcalc "forests = if(landcover.30m >= 41 && landcover.30m <= 43,1,null())"
 
39
r.li.simpson input=forests conf=movwindow7 out=forests_simpson_mov7
 
40
r.univar forests_simpson_mov7
 
41
</pre></div>
 
42
<p>
 
43
 
 
44
Forest map (North Carolina sample dataset) example:
 
45
<div class="code"><pre>
 
46
g.region raster=landclass96 -p
 
47
r.mapcalc "forests = if(landclass96 == 5, 1, null() )"
 
48
r.li.simpson input=forests conf=movwindow7 out=forests_simpson_mov7
 
49
 
 
50
# verify
 
51
r.univar forests_simpson_mov7
 
52
r.to.vect input=forests output=forests type=area
 
53
d.mon wx0
 
54
d.rast forests_simpson_mov7
 
55
d.vect forests type=boundary
 
56
</pre></div>
 
57
 
 
58
<h2>SEE ALSO</h2>
 
59
<em>
 
60
<a href="r.li.html">r.li</a> - package overview<br>
 
61
<a href="g.gui.rlisetup.html">g.gui.rlisetup</a>
 
62
</em>
 
63
 
 
64
<h2>REFERENCES</h2>
 
65
McGarigal, K., and B. J. Marks. 1995. FRAGSTATS: spatial pattern
 
66
analysis program for quantifying landscape structure. USDA For. Serv.
 
67
Gen. Tech. Rep. PNW-351. (<a href="http://treesearch.fs.fed.us/pubs/3064">PDF</a>)
 
68
 
 
69
<h2>AUTHORS</h2>
 
70
Serena Pallecchi student of Computer Science University of Pisa (Italy).<br>
 
71
Commission from Faunalia Pontedera (PI), Italy (www.faunalia.it)
 
72
 
 
73
<p>
 
74
<i>Last changed: $Date: 2014-12-19 22:55:37 +0100 (Fri, 19 Dec 2014) $</i>