← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/wily/grass/wily

« back to all changes in this revision

Viewing changes to raster/r.li/r.li.html

Tags: 7.0.0~rc1+ds1-1~exp1
http://bugs.debian.org/776349
* New upstream release candidate.
* Repack upstream tarball, remove precompiled Python objects.
* Add upstream metadata.
* Update gbp.conf and Vcs-Git URL to use the experimental branch.
* Update watch file for GRASS 7.0.
* Drop build dependencies for Tcl/Tk, add build dependencies:
  python-numpy, libnetcdf-dev, netcdf-bin, libblas-dev, liblapack-dev
* Update Vcs-Browser URL to use cgit instead of gitweb.
* Update paths to use grass70.
* Add configure options: --with-netcdf, --with-blas, --with-lapack,
  remove --with-tcltk-includes.
* Update patches for GRASS 7.
* Update copyright file, changes:
  - Update copyright years
  - Group files by license
  - Remove unused license sections
* Add patches for various typos.
* Fix desktop file with patch instead of d/rules.
* Use minimal dh rules.
* Bump Standards-Version to 3.9.6, no changes.
* Use dpkg-maintscript-helper to replace directories with symlinks.
  (closes: #776349)
* Update my email to use @debian.org address.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
raster/r.li/r.li.html
 
1
<!-- meta page description: Landscape structure analysis package overview -->
 
2
<h2>DESCRIPTION</h2>
 
3
 
 
4
The <em>r.li</em> suite is a toolset for multiscale analysis of 
 
5
landscape structure. It aims at implementing metrics as found in 
 
6
external software for quantitative measures of landscape structure like 
 
7
FRAGSTATS (McGarigal and Marks 1995).
 
8
<p>
 
9
The <em>r.li</em> suite offers a set of patch and diversity indices.
 
10
It supports analysis of landscapes composed of a mosaic of
 
11
patches, but, more generally, the modules work with any two-dimensional
 
12
raster map whose cell values are integer (e.g., 1, 2) or floating point
 
13
(e.g., 1.1, 3.2) values. The <em>g.gui.rlisetup</em> module has options for
 
14
controlling the shape, size, number, and distribution of sampling
 
15
areas used to collect information about the landscape structure.
 
16
Sampling area shapes can be the entire map or a moving
 
17
window of square, rectangular or circular shape. The size of
 
18
sampling areas can be changed, so that the landscape can be analyzed
 
19
at a variety of spatial scales simultaneously. Sampling areas may be
 
20
distributed across the landscape in a random, systematic, or
 
21
stratified-random manner, or as a moving window.
 
22
<p>
 
23
The <em>r.li</em> modules can calculate a number of measures that produce
 
24
single values as output (e.g. mean patch size in the sampling area),
 
25
as well as measures that produce a distribution of values as output
 
26
(e.g. frequency distribution of patch sizes in the sampling area). The
 
27
results are stored as raster maps.
 
28
 
 
29
<h2>NOTES</h2>
 
30
 
 
31
The general procedure to calculate an index from a raster map is two-fold:
 
32
 
 
33
<ol>
 
34
<li>run <em>g.gui.rlisetup</em>: create a configuration file selecting
 
35
    the parts of raster map to be analyzed. This file allows re-running
 
36
    an analysis easily. It is stored on Windows in the directory <tt>C:\Users\userxy\AppData\Roaming\GRASS7\r.li\</tt>, on GNU/Linux in
 
37
    <tt>$HOME/.grass7/r.li/</tt>. <!-- TODO: and Mac OSX? -->
 
38
 
 
39
<li>run one or more of the <em>r.li.<b>[index]</b></em> modules (e.g.,
 
40
    <em>r.li.<b>patchdensity</b></em>) to calculate the selected index
 
41
    using on the areas selected on configuration file.
 
42
</ol>
 
43
 
 
44
<!-- mhh ??: 
 
45
The <em>r.li.daemon</em> source code has a "main" function front-end
 
46
which can be run, but it is only a template for development of new
 
47
indices.
 
48
-->
 
49
 
 
50
<h2>EXAMPLES</h2>
 
51
 
 
52
Calculate a patch density index on the entire 'geology' raster map
 
53
in the Spearfish sample dataset, using a 5x5 moving window:
 
54
 
 
55
<!-- TODO: update to new wxGUI: -->
 
56
 
 
57
<ol>
 
58
<li> CREATE A NEW CONFIGURATION FILE
 
59
  <ol>
 
60
  <li> run 
 
61
<div class="code"><pre>
 
62
  g.gui.rlisetup
 
63
</pre></div>
 
64
  <li> The main <em>g.gui.rlisetup</em> window is displayed, click on "New"
 
65
  <li> The new configuration window is now displayed, enter the
 
66
        configuration file name (e.g., "my_conf", do not use absolute paths)
 
67
  
 
68
  Now the new configuration window is displayed.
 
69
        Enter the configuration file name (e.g., "my_conf", do not use absolute paths) 
 
70
        and the name of raster map (e.g., "geology").
 
71
        The other fields are not needed for this configuration.
 
72
  <li> Click on "Setup sampling frame", select "Whole map layer" and click "OK"
 
73
  <li> Click on "Setup sampling areas", select "Moving window" and click "OK"
 
74
  <li> Click on "Use keyboard to enter moving window dimension"
 
75
  <li> Select "Rectangle" and enter 5 in the "height" and "width" fields
 
76
  <li> Click on "Save settings"
 
77
  <li> Close the <em>g.gui.rlisetup</em> window
 
78
  </ol>
 
79
 
 
80
<li> CALCULATE PATCHDENSITY INDEX
 
81
  <ol>
 
82
  <li> set the region settings to the "<tt>geology</tt>" raster map:
 
83
<div class="code"><pre>
 
84
  g.region raster=geology -p
 
85
</pre></div>
 
86
 
 
87
  <li> run <em>r.li.patchdensity</em>:
 
88
<div class="code"><pre>
 
89
  r.li.patchdensity input=geology conf=my_conf out=patchdens
 
90
</pre></div>
 
91
  </ol>
 
92
</ol>
 
93
 
 
94
The resulting patch density is stored in "<tt>patchdens</tt>" raster map.
 
95
 
 
96
You can verify the result for example with contour lines:
 
97
<div class="code"><pre>
 
98
  r.contour in=patchdens out=patchdens step=5
 
99
  d.rast patchdens
 
100
  d.vect -c patchdens
 
101
</pre></div>
 
102
 
 
103
Note that if you want to run another index with the same area
 
104
configuration, you don't have to create another configuration file.
 
105
 
 
106
You can also use the same area configuration file on another map. The
 
107
program rescale it automatically. For instance if you have selected a
 
108
5x5 sample area on 100x100 raster map, and you use the same
 
109
configuration file on a 200x200 raster map, then the sample area is
 
110
10x10.
 
111
 
 
112
<h2>SEE ALSO</h2>
 
113
 
 
114
<b>Core modules</b>:
 
115
<ul>
 
116
  <li> <a href="r.li.daemon.html">r.li.daemon</a>: job launch daemon (not visible to the user)</li>
 
117
  <li> <a href="g.gui.rlisetup.html">g.gui.rlisetup</a>: Configuration editor for r.li.'index'</li>
 
118
</ul>
 
119
 
 
120
<b>Patch indices</b>:
 
121
<ul>
 
122
<li>Indices based on patch number:
 
123
<ul>
 
124
  <li> <a href="r.li.patchdensity.html">r.li.patchdensity</a>: Calculates patch density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
 
125
  <li> <a href="r.li.patchnum.html">r.li.patchnum</a>: Calculates patch number index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
 
126
</ul>
 
127
 
 
128
<li>Indices based on patch dimension:
 
129
<ul>
 
130
  <li> <a href="r.li.mps.html">r.li.mps</a>: Calculates mean patch size index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
 
131
  <li> <a href="r.li.padcv.html">r.li.padcv</a>: Calculates coefficient of variation of patch area on a raster map</li>
 
132
  <li> <a href="r.li.padrange.html">r.li.padrange</a>: Calculates range of patch area size on a raster map</li>
 
133
  <li> <a href="r.li.padsd.html">r.li.padsd</a>: Calculates standard deviation of patch area a raster map</li>
 
134
</ul>
 
135
 
 
136
<li>Indices based on patch shape:
 
137
<ul>
 
138
  <li> <a href="r.li.shape.html">r.li.shape</a>: Calculates shape index on a raster map</li>
 
139
</ul>
 
140
 
 
141
<li>Indices based on patch edge: <!-- border? -->
 
142
<ul>
 
143
  <li> <a href="r.li.edgedensity.html">r.li.edgedensity</a>: Calculates edge density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
 
144
</ul>
 
145
 
 
146
<li>Indices based on patch attributes:
 
147
<ul>
 
148
  <li> <a href="r.li.cwed.html">r.li.cwed</a>: Calculates contrast Weighted Edge Density index on a raster map</li>
 
149
  <li> <a href="r.li.mpa.html">r.li.mpa</a>: Calculates mean pixel attribute index on a raster map</li>
 
150
</ul>
 
151
 
 
152
</ul>
 
153
 
 
154
<b>Diversity indices</b>:
 
155
<ul>
 
156
  <li> <a href="r.li.dominance.html">r.li.dominance</a>: Calculates dominance diversity index on a raster map</li>
 
157
  <li> <a href="r.li.pielou.html">r.li.pielou</a>: Calculates Pielou eveness index on a raster map</li>
 
158
  <li> <a href="r.li.renyi.html">r.li.renyi</a>: Calculates Renyi entropy on a raster map</li>
 
159
  <li> <a href="r.li.richness.html">r.li.richness</a>: Calculates richness diversity index on a raster map</li>
 
160
  <li> <a href="r.li.shannon.html">r.li.shannon</a>: Calculates Shannon diversity index on a raster map</li>
 
161
  <li> <a href="r.li.simpson.html">r.li.simpson</a>: Calculates Simpson diversity index on a raster map</li>
 
162
</ul>
 
163
 
 
164
 
 
165
<h2>ADDING NEW INDICES</h2>
 
166
 
 
167
New indices can be defined and implemented by any C programmer, without
 
168
having to deal with all basic functions (IO etc.). The computing
 
169
architecture and the functions are clearly separated, thus allowing an
 
170
easy expandability. Every index is defined separately, placed in a
 
171
directory along with its Makefile for compiling it and a file
 
172
&lt;module_name&gt;.html which describes the index including a simple
 
173
example of use.
 
174
 
 
175
 
 
176
<h2>REFERENCES</h2>
 
177
 
 
178
McGarigal, K., and B. J. Marks. 1995. FRAGSTATS: spatial pattern
 
179
analysis program for quantifying landscape structure. USDA For. Serv.
 
180
Gen. Tech. Rep. PNW-351
 
181
 (<a href="http://www.fs.fed.us/pnw/pubs/gtr_351.pdf">PDF</a>).
 
182
 
 
183
 
 
184
<h2>AUTHORS</h2>
 
185
 
 
186
Claudio Porta and Lucio Davide Spano, students of Computer Science,
 
187
University of Pisa (Italy).<br>
 
188
Commission from Faunalia Pontedera (PI)
 
189
<p>
 
190
Partially rewritten by Markus Metz
 
191
 
 
192
<p>
 
193
<i>Last changed: $Date: 2014-12-19 22:55:37 +0100 (Fri, 19 Dec 2014) $</i>