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Viewing changes to source/FORMAT/UnimodXMLFile.C

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2012-11-12 15:58:12 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121112155812-vr15wtg9b50cuesg
Tags: upstream-1.9.0
Import upstream version 1.9.0

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Lines of Context:
source/FORMAT/UnimodXMLFile.C
 
1
// -*- mode: C++; tab-width: 2; -*-
 
2
// vi: set ts=2:
 
3
//
 
4
// --------------------------------------------------------------------------
 
5
//                   OpenMS Mass Spectrometry Framework
 
6
// --------------------------------------------------------------------------
 
7
//  Copyright (C) 2003-2011 -- Oliver Kohlbacher, Knut Reinert
 
8
//
 
9
//  This library is free software; you can redistribute it and/or
 
10
//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
 
11
//  License as published by the Free Software Foundation; either
 
12
//  version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
 
13
// 
 
14
//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
 
15
//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
16
//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
 
17
//  Lesser General Public License for more details.
 
18
//
 
19
//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
 
20
//  License along with this library; if not, write to the Free Software
 
21
//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 
22
//
 
23
// --------------------------------------------------------------------------
 
24
// $Maintainer: Andreas Bertsch $
 
25
// $Authors: Andreas Bertsch $
 
26
// --------------------------------------------------------------------------
 
27
 
 
28
#include <OpenMS/FORMAT/UnimodXMLFile.h>
 
29
#include <OpenMS/FORMAT/HANDLERS/UnimodXMLHandler.h>
 
30
#include <OpenMS/SYSTEM/File.h>
 
31
#include <OpenMS/CHEMISTRY/ResidueModification.h>
 
32
 
 
33
using namespace xercesc;
 
34
using namespace std;
 
35
 
 
36
namespace OpenMS 
 
37
{
 
38
 
 
39
        UnimodXMLFile::UnimodXMLFile()
 
40
                : Internal::XMLFile()
 
41
        {
 
42
                
 
43
        }
 
44
        
 
45
        UnimodXMLFile::~UnimodXMLFile()
 
46
        {
 
47
        }
 
48
        
 
49
  void UnimodXMLFile::load(const String& filename, vector<ResidueModification*>& modifications)
 
50
  {
 
51
                String file = File::find(filename);
 
52
                
 
53
                Internal::UnimodXMLHandler handler(modifications, file);
 
54
                parse_(file, &handler);
 
55
  }                                      
 
56
                                         
 
57
} // namespace OpenMS