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Viewing changes to source/TEST/TOPP/FalseDiscoveryRate_3.ini

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2012-11-12 15:58:12 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121112155812-vr15wtg9b50cuesg
Tags: upstream-1.9.0
Import upstream version 1.9.0

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Lines of Context:
source/TEST/TOPP/FalseDiscoveryRate_3.ini
 
1
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
 
2
<PARAMETERS version="1.3" xsi:noNamespaceSchemaLocation="http://open-ms.sourceforge.net/schemas/Param_1_3.xsd" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
 
3
  <NODE name="FalseDiscoveryRate" description="Estimates the false discovery rate on peptide and protein level using decoy searches.">
 
4
    <ITEM name="version" value="1.8.0" type="string" description="Version of the tool that generated this parameters file." tags="advanced" />
 
5
    <NODE name="1" description="Instance &apos;1&apos; section for &apos;FalseDiscoveryRate&apos;">
 
6
      <ITEM name="in" value="" type="string" description="Identification input file which contains a search against a concatenated sequence database(valid formats: &apos;idXML&apos;)" tags="input file" />
 
7
      <ITEM name="fwd_in" value="" type="string" description="Identification input to estimate FDR, forward(valid formats: &apos;idXML&apos;)" tags="input file" />
 
8
      <ITEM name="rev_in" value="" type="string" description="Identification input to estimate FDR, decoy run(valid formats: &apos;idXML&apos;)" tags="input file" />
 
9
      <ITEM name="out" value="" type="string" description="Identification output with annotated FDR" tags="output file" />
 
10
      <ITEM name="proteins_only" value="false" type="string" description="if set, the FDR of the proteins only is calculated" restrictions="true,false" />
 
11
      <ITEM name="peptides_only" value="true" type="string" description="if set, the FDR of the peptides only is calculated" restrictions="true,false" />
 
12
      <ITEM name="log" value="TOPP.log" type="string" description="Location of the log file" tags="advanced" />
 
13
      <ITEM name="debug" value="0" type="int" description="Sets the debug level" tags="advanced" />
 
14
      <ITEM name="threads" value="1" type="int" description="Sets the number of threads allowed to be used by the TOPP tool" />
 
15
      <ITEM name="no_progress" value="false" type="string" description="Disables progress logging to command line" restrictions="true,false" />
 
16
      <ITEM name="test" value="false" type="string" description="Enables the test mode (needed for software testing only)" tags="advanced" restrictions="true,false" />
 
17
      <NODE name="algorithm" description="Parameter section for the fdr calculation algorithm">
 
18
        <ITEM name="q_value" value="true" type="string" description="if &apos;true&apos;, the q-values will be calculated instead of the FDRs" restrictions="true,false" />
 
19
        <ITEM name="use_all_hits" value="false" type="string" description="If &apos;true&apos; not only the first hit, but all are used" restrictions="true,false" />
 
20
        <ITEM name="split_charge_variants" value="true" type="string" description="If set to &apos;true&apos; charge variants are treated separately (only for combined target/decoy searches)." restrictions="true,false" />
 
21
        <ITEM name="treat_runs_separately" value="false" type="string" description="It set to &apos;true&apos; different search runs are treated separately (only for combined target/decoy searches)." restrictions="true,false" />
 
22
        <ITEM name="decoy_string" value="_rev" type="string" description="String which is appended at the accession of the protein to indicate that it is a decoy protein." />
 
23
      </NODE>
 
24
    </NODE>
 
25
  </NODE>
 
26
</PARAMETERS>