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Viewing changes to source/TEST/TOPP/FeatureFinder_1_parameters.ini

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Filippo Rusconi
  • Date: 2012-11-12 15:58:12 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121112155812-vr15wtg9b50cuesg
Tags: upstream-1.9.0
Import upstream version 1.9.0

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Lines of Context:
source/TEST/TOPP/FeatureFinder_1_parameters.ini
 
1
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
 
2
 
 
3
<PARAMETERS  xsi:noNamespaceSchemaLocation="http://open-ms.sourceforge.net/schemas/Param_1_0.xsd" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
 
4
  <NODE name="FeatureFinder" description="">
 
5
    <NODE name="1" description="Instance '1' section for 'FeatureFinder'">
 
6
        <ITEM name="in" value="example.dta2d" type="string"/>
 
7
                        <ITEM name="out" value="features.xml" type="string"/>
 
8
                  <ITEM name="type" value="simple" type="string" description="FeatureFinder algorithm type ('simple', )" />
 
9
      <ITEM name="log" value="TOPP.log" type="string" description="Location of the log file" />
 
10
      <ITEM name="debug" value="0" type="int" description="Sets the debug level" />
 
11
      <ITEM name="no_progress" value="false" type="string" description="Disables progress logging to command line" />
 
12
      <NODE name="algorithm" description="Algorithm section">
 
13
        <NODE name="seeder" description="Settings for the seeder (Determines potential feature regions)">
 
14
          <ITEM name="min_intensity" value="16000" type="float" description="Absolute value for the minimum intensity of a seed. If set to 0, a fixed percentage of the intensity of the largest peak is taken (see intensity_perc)."  />
 
15
          <ITEM name="signal_to_noise" value="0.0" type="float" description="SignalToNoise (S/N) ratio." restrictions="0:" />
 
16
        </NODE>
 
17
        <NODE name="extender" description="Settings for the extender (Collects all peaks belonging to a feature)">
 
18
          <ITEM name="dist_mz_up" value="5.0" type="float" description="maximum high m/z distance of peak in the region/boundary from the seed"  />
 
19
          <ITEM name="dist_mz_down" value="3.0" type="float" description="maximum low m/z distance of peak in the region/boundary from the seed"  />
 
20
          <ITEM name="dist_rt_up" value="10.0" type="float" description="maximum high RT distance of peak in the region/boundary from the seed"  />
 
21
          <ITEM name="dist_rt_down" value="10.0" type="float" description="maximum low RT distance of peak in the region/boundary from the seed"  />
 
22
          <ITEM name="priority_thr" value="-0.1" type="float" description="Minimum priority for data points to be included into the boundary of the feature (default 0.0)The priority of a data point is a function of its intensity and its distance to the last pointincluded into the feature region. Setting this threshold to zero or a very small value isusually a good idea."  />
 
23
          <ITEM name="intensity_factor" value="0.01" type="float" description="Influences for intensity (ion count) threshold in the feature extension. We include only raw datapoints into this region if their intensity is larger than [intensity_factor * (intensity of the seed)]."  /> 
 
24
        </NODE>
 
25
        <NODE name="fitter" description="Settings for the modefitter (Fits a model to the data determinging the probapility that they represent a feature.)">
 
26
          <ITEM name="tolerance_stdev_bounding_box" value="3" type="float" description="Bounding box has range [minimim of data, maximum of data] enlarged by tolerance_stdev_bounding_box times the standard deviation of the data"  />
 
27
          <ITEM name="intensity_cutoff_factor" value="0.03" type="float" description="Cutoff peaks with a predicted intensity below intensity_cutoff_factor times the maximal intensity of the model"  />
 
28
          <ITEM name="feature_intensity_sum" value="1" type="int" description="Determines what is reported as feature intensity.#br#1: the sum of peak intensities;#br#0: the maximum intensity of all peaks"  />
 
29
          <NODE name="min_num_peaks" description="Required number of peaks for a feature.">
 
30
            <ITEM name="final" value="5" type="int" description="Minimum number of peaks left after cutoff. If smaller, feature will be discarded."  />
 
31
            <ITEM name="extended" value="10" type="int" description="Minimum number of peaks after extension. If smaller, feature will be discarded."  />
 
32
          </NODE>
 
33
          <NODE name="mz" description="Model settings in m/z dimension.">
 
34
            <ITEM name="interpolation_step" value="0.03" type="float" description="Interpolation step size for m/z."  />
 
35
            <NODE name="model_type" description="">
 
36
              <ITEM name="first" value="1" type="int" description="Numeric id of first m/z model fitted (usually indicating the charge state), 0 = no isotope pattern (fit a single gaussian)."  />
 
37
              <ITEM name="last" value="2" type="int" description="Numeric id of last m/z model fitted (usually indicating the charge state), 0 = no isotope pattern (fit a single gaussian)."  />
 
38
            </NODE>
 
39
          </NODE>
 
40
          <NODE name="quality" description="Fitting quality settings.">
 
41
            <ITEM name="type" value="Correlation" type="string" description="Type of the quality measure used to assess the fit of model vs data ('Correlation','EuclidianDistance','RankCorrelation')."  />
 
42
            <ITEM name="minimum" value="0.65" type="float" description="Minimum quality of fit, features below this threshold are discarded."  />
 
43
          </NODE>
 
44
          <NODE name="isotope_model" description="Settings of the isotope model (m/z).">
 
45
            <NODE name="stdev" description="Instrument resolution settings for m/z dimension.">
 
46
              <ITEM name="first" value="0.16" type="float" description="First standard deviation to be considered for isotope model."  />
 
47
              <ITEM name="last" value="0.16" type="float" description="Last standard deviation to be considered for isotope model."  />
 
48
              <ITEM name="step" value="0.04" type="float" description="Step size for standard deviations considered for isotope model."  />
 
49
            </NODE>
 
50
            <NODE name="averagines" description="Averagines are used to approximate the number of atoms (C,H,N,O,S) which a peptide of a given mass contains.">
 
51
              <ITEM name="C" value="0.0443" type="float" description="Number of C atoms per Dalton of the mass."  />
 
52
              <ITEM name="H" value="0.007" type="float" description="Number of H atoms per Dalton of the mass."  />
 
53
              <ITEM name="N" value="0.0012" type="float" description="Number of N atoms per Dalton of the mass."  />
 
54
              <ITEM name="O" value="0.013" type="float" description="Number of O atoms per Dalton of the mass."  />
 
55
              <ITEM name="S" value="0.00037" type="float" description="Number of S atoms per Dalton of the mass."  />
 
56
            </NODE>
 
57
            <NODE name="isotope" description="">
 
58
              <ITEM name="trim_right_cutoff" value="0.001" type="float" description="Cutoff for averagine distribution, trailing isotopes below this relative intensity are not considered."  />
 
59
              <ITEM name="maximum" value="4" type="int" description="Maximum number of isotopes being used for the IsotopeModel."  />
 
60
              <ITEM name="distance" value="1.000495" type="float" description="Distance between consecutive isotopic peaks."  />
 
61
            </NODE>
 
62
          </NODE>
 
63
        </NODE>
 
64
      </NODE>
 
65
    </NODE>
 
66
  </NODE>
 
67
</PARAMETERS>