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Viewing changes to algo/blast/core/blast_encoding.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_encoding.h
1
1
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___BLAST_ENCODING__H
2
2
#define ALGO_BLAST_CORE___BLAST_ENCODING__H
3
3
 
4
 
/*  $Id: blast_encoding.h,v 1.6 2005/05/10 16:07:35 camacho Exp $
 
4
/*  $Id: blast_encoding.h,v 1.9 2006/04/28 20:43:41 camacho Exp $
5
5
 * ===========================================================================
6
6
 *
7
7
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
78
78
/** Translates between ncbieaa and ncbistdaa. */
79
79
extern const Uint1 AMINOACID_TO_NCBISTDAA[];
80
80
 
 
81
#define BLAST2NA_SIZE 4     /**< Size of compressed nucleic acid alphabet */
81
82
#define BLASTNA_SIZE 16     /**< Size of nucleic acid alphabet */
82
83
#define BLASTAA_SIZE 26     /**< Size of aminoacid alphabet */
83
84
 
87
88
#define BLASTAA_SEQ_CODE 11 /**< == Seq_code_ncbistdaa */
88
89
#define NCBI4NA_SEQ_CODE 4  /**< == Seq_code_ncbi4na */ 
89
90
 
 
91
/** Sentinel byte for protein sequences */
 
92
extern const Uint1 kProtSentinel;
 
93
/** Sentinel nibble for nucleotide sequences */
 
94
extern const Uint1 kNuclSentinel;
 
95
 
90
96
#ifdef __cplusplus
91
97
}
92
98
#endif
97
103
/*
98
104
 * ===========================================================================
99
105
 * $Log: blast_encoding.h,v $
 
106
 * Revision 1.9  2006/04/28 20:43:41  camacho
 
107
 * Remove C++-style comments
 
108
 *
 
109
 * Revision 1.8  2006/03/31 17:31:49  camacho
 
110
 * Added constants for sentinel values
 
111
 *
 
112
 * Revision 1.7  2005/12/19 16:19:18  papadopo
 
113
 * add define for size of ncbi2na alphabet
 
114
 *
100
115
 * Revision 1.6  2005/05/10 16:07:35  camacho
101
116
 * Changed *_ENCODING #defines to EBlastEncoding enumeration
102
117
 *