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Viewing changes to algo/blast/core/pattern.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
algo/blast/core/pattern.h
1
 
/* $Id: pattern.h,v 1.8 2005/11/16 14:31:37 madden Exp $
 
1
/* $Id: pattern.h,v 1.9 2006/02/01 14:58:45 ivanov Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
175
175
 * @param patternSearch Pattern information [in]
176
176
 * @return Twice the number of hits (length of hitArray filled in)
177
177
*/
 
178
NCBI_XBLAST_EXPORT
178
179
Int4 FindPatternHits(Int4 * hitArray, const Uint1 * seq, Int4 len,
179
180
                     Boolean is_dna,
180
181
                     const SPHIPatternSearchBlk * patternSearch);
181
182
 
182
183
/** Allocates the pattern occurrences structure. */
 
184
NCBI_XBLAST_EXPORT
183
185
SPHIQueryInfo* SPHIQueryInfoNew(void);
184
186
 
185
187
/** Frees the pattern information structure. 
186
188
 * @param pat_info Structure to free. [in]
187
189
 * @return NULL.
188
190
 */
 
191
NCBI_XBLAST_EXPORT
189
192
SPHIQueryInfo*
190
193
SPHIQueryInfoFree(SPHIQueryInfo* pat_info);
191
194
 
193
196
 * @param pat_info Structure to copy [in]
194
197
 * @return New structure.
195
198
 */
 
199
NCBI_XBLAST_EXPORT
196
200
SPHIQueryInfo* 
197
201
SPHIQueryInfoCopy(SPHIQueryInfo* pat_info);
198
202
 
206
210
 * @param pattern_info Structure containing pattern occurrences. Must be 
207
211
 *                     allocated before this call. [out]
208
212
 */
 
213
NCBI_XBLAST_EXPORT
209
214
Int4 PHIGetPatternOccurrences(const SPHIPatternSearchBlk * pattern_blk,
210
215
                              const BLAST_SequenceBlk    * query,
211
216
                              const BlastSeqLoc          * location,