← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to sequin/sequin.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
sequin/sequin.h
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   1/22/95
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.349 $
 
32
* $Revision: 6.376 $
33
33
*
34
34
* File Description: 
35
35
*
235
235
extern void ConsolidateLikeModifiersWithSemicolons (IteM i);
236
236
extern void ConsolidateLikeModifiersWithoutSemicolons (IteM i);
237
237
 
238
 
extern void CountryLookup (IteM i);
 
238
extern void CountryLookupWithoutCapFix (IteM i);
 
239
extern void CountryLookupWithCapFix (IteM i);
239
240
extern void ExtractProteinFeaturesFromNote (IteM i);
240
241
extern void ConvertPseudoCDSToMiscFeat (IteM i);
241
242
extern void ProcessPseudoMiscFeat (IteM i);
242
243
extern void ParseInfluenzaAVirusNames (IteM i);
243
244
extern void AddStrainAndSerotypeToInfluenzaAVirusNames (IteM i);
 
245
extern void FixupInfluenzaAVirusNames(IteM i);
244
246
extern void EditPubs (IteM i);
245
247
extern void RemovePubConsortiums (IteM i);
246
248
 
248
250
extern void TrimOrganismName (IteM i);
249
251
extern void SUCSubmitterProc (IteM i);
250
252
 
 
253
extern CharPtr FixInfluenzaVirusName (CharPtr orig_name);
 
254
 
251
255
extern void ConfirmSequencesFormParsing (ForM f, FormActnFunc putItAllTogether);
252
256
 
253
257
extern ForM CreateHelpForm (Int2 left, Int2 top, CharPtr title,
343
347
extern void EnableFeaturesPerTarget (BaseFormPtr bfp);
344
348
extern void EnableAnalysisItems (BaseFormPtr bfp, Boolean isDocSum);
345
349
 
346
 
extern void ExtendSeqLocToEnd (SeqLocPtr slp, BioseqPtr bsp, Boolean end5);
 
350
extern Int4 ExtendSeqLocToEnd (SeqLocPtr slp, BioseqPtr bsp, Boolean end5);
 
351
extern void ExtendSeqLocToPosition (SeqLocPtr slp, Boolean end5, Int4 pos);
347
352
 
348
353
#define REGISTER_BIOSEQ_SEG_EDIT ObjMgrProcLoad(OMPROC_EDIT,"Edit Bioseq Seg","BioseqSegEditor",OBJ_BIOSEQ_SEG,0,OBJ_BIOSEQ_SEG,0,NULL,BioseqSegEditFunc,PROC_PRIORITY_DEFAULT)
349
354
extern Int2 LIBCALLBACK BioseqSegEditFunc (Pointer data);
453
458
extern void ApplyImpFeat (IteM i);
454
459
extern void AdjustCDSLocationsForGapsCallback (SeqFeatPtr sfp, Pointer userdata);
455
460
extern void AdjustCDSLocationsForGaps (IteM i);
 
461
extern void AdjustCDSLocationsForGapsKnownAndUnknown (IteM i);
456
462
extern void LoadTPAAccessionNumbersFromFile (IteM i);
457
463
extern void LoadSecondaryAccessionNumbersFromFile (IteM i);
458
464
extern void LoadHistoryAccessionNumbersFromFile (IteM i);
706
712
  Boolean skip_import
707
713
);
708
714
 
 
715
extern void RemoveOldName (OrgRefPtr orp);
709
716
extern void SetTaxNameAndRemoveTaxRef (OrgRefPtr orp, CharPtr taxname);
710
717
 
711
718
extern void MergeFeatureIntervalsToParts (SeqFeatPtr sfp, Boolean ordered);
812
819
extern void FeatureCitationEditor (IteM i);
813
820
extern void FeatureExperimentEditor (IteM i);
814
821
extern void FeatureInferenceEditor (IteM i);
 
822
extern void FeaturePseudoEditor (IteM i);
815
823
extern void ApplySourceQual (IteM i);
816
824
extern void PublicApplySourceQual (IteM i);
817
825
extern void EditSourceQual (IteM i);
918
926
 
919
927
extern StringConstraintPtr StringConstraintFree (StringConstraintPtr scp);
920
928
 
 
929
typedef struct pseudoconstraint
 
930
{
 
931
  Boolean is_pseudo;
 
932
  Int4    featdef_type;
 
933
} PseudoConstraintData, PNTR PseudoConstraintPtr;
 
934
 
921
935
#define CHOICE_CONSTRAINT_ANY          1
922
936
#define CHOICE_CONSTRAINT_QUAL_PRESENT 3
923
937
#define CHOICE_CONSTRAINT_STRING       5
 
938
#define CHOICE_CONSTRAINT_PSEUDO       7
924
939
 
925
940
typedef struct choiceconstraint
926
941
{
927
942
  Int4                constraint_type;
928
943
  ValNodePtr          qual_choice;
929
944
  StringConstraintPtr string_constraint;
 
945
  PseudoConstraintPtr pseudo_constraint;
930
946
  FreeValNodeProc     free_vn_proc;
931
947
  CopyValNodeDataProc copy_vn_proc;
932
948
} ChoiceConstraintData, PNTR ChoiceConstraintPtr;
933
949
 
 
950
extern ChoiceConstraintPtr ChoiceConstraintFree (ChoiceConstraintPtr scp);
 
951
 
934
952
typedef struct filterset 
935
953
{
936
954
  StringConstraintPtr   scp;
953
971
typedef void (*RemoveDescriptorFieldString) PROTO ((SeqDescrPtr, Pointer, FilterSetPtr));
954
972
typedef void (*FeatureActionProc) PROTO ((SeqFeatPtr, Pointer, FilterSetPtr));
955
973
typedef void (*DescriptorActionProc) PROTO ((SeqDescrPtr, Pointer, FilterSetPtr));
 
974
typedef Boolean (*OkToPreSample) PROTO ((Uint2 entityID));
956
975
 
957
976
extern void 
958
977
OperateOnSeqEntryConstrainedObjects 
977
996
 
978
997
extern ValNodePtr ValNodeFuncFree (ValNodePtr vnp, FreeValNodeProc free_vn_proc);
979
998
 
980
 
#define CONVERT_TYPE_MOVE 0
981
 
#define CONVERT_TYPE_COPY 1
982
 
#define CONVERT_TYPE_SWAP 2
 
999
typedef struct textportion
 
1000
{
 
1001
  Int4    start_choice;
 
1002
  CharPtr start_text;
 
1003
  Int4    end_choice;
 
1004
  CharPtr end_text;
 
1005
  Boolean insensitive;
 
1006
  Boolean whole_word;
 
1007
} TextPortionData, PNTR TextPortionPtr;
 
1008
 
 
1009
extern TextPortionPtr TextPortionFree (TextPortionPtr tp);
 
1010
extern void 
 
1011
FindTextPortionInString 
 
1012
(CharPtr        str, 
 
1013
 TextPortionPtr tp, 
 
1014
 CharPtr PNTR   ploc, 
 
1015
 Int4Ptr        plen);
 
1016
 
 
1017
extern DialoG TextPortionDialog (GrouP h);
 
1018
 
 
1019
#define CONVERT_TYPE_MOVE  0
 
1020
#define CONVERT_TYPE_COPY  1
 
1021
#define CONVERT_TYPE_SWAP  2
 
1022
#define CONVERT_TYPE_PARSE 3
983
1023
 
984
1024
typedef struct convertfield
985
1025
{
995
1035
  RemoveDescriptorFieldString remove_d_str_func;
996
1036
  NameFromValNodeProc         name_field_func;
997
1037
  FilterSetPtr                fsp;
 
1038
  TextPortionPtr              text_portion;
 
1039
  Boolean                     strip_name_from_text;
 
1040
  Boolean                     remove_parsed;
998
1041
} ConvertFieldData, PNTR ConvertFieldPtr;
999
1042
 
1000
1043
extern DialoG StringConstraintDialog (GrouP h, CharPtr label, Boolean clear_btn);
1157
1200
 Nlm_ChangeNotifyProc     change_notify,
1158
1201
 Pointer                  change_userdata);
1159
1202
 
1160
 
typedef struct textportion
1161
 
{
1162
 
  Int4    start_choice;
1163
 
  CharPtr start_text;
1164
 
  Int4    end_choice;
1165
 
  CharPtr end_text;
1166
 
  Boolean insensitive;
1167
 
  Boolean whole_word;
1168
 
} TextPortionData, PNTR TextPortionPtr;
1169
 
 
1170
 
extern TextPortionPtr TextPortionFree (TextPortionPtr tp);
1171
 
extern void 
1172
 
FindTextPortionInString 
1173
 
(CharPtr        str, 
1174
 
 TextPortionPtr tp, 
1175
 
 CharPtr PNTR   ploc, 
1176
 
 Int4Ptr        plen);
1177
 
 
1178
 
extern DialoG TextPortionDialog (GrouP h);
1179
 
 
1180
1203
extern DialoG 
1181
1204
ConstraintChoiceDialog 
1182
1205
(GrouP                     h, 
1186
1209
 CopyValNodeDataProc       copy_vn_proc,
1187
1210
 CharPtr                   present_name,
1188
1211
 CharPtr                   text_name,
1189
 
 Boolean                   clear_btn);
 
1212
 Boolean                   clear_btn,
 
1213
 Boolean                   use_pseudo);
1190
1214
extern DialoG SourceConstraintDialog (GrouP h, Boolean clear_btn);
 
1215
extern Boolean DoesOneSourceMatchConstraint (BioSourcePtr biop, ChoiceConstraintPtr scp);
1191
1216
extern DialoG CDSGeneProtConstraintDialog (GrouP h, Boolean clear_btn);
1192
1217
extern DialoG 
1193
1218
FilterGroup 
1266
1291
 
1267
1292
 
1268
1293
extern void ApplyGDSKeyword (IteM i);
1269
 
extern void ApplyGDSKeywordWithStringConstraint (IteM i);
 
1294
extern void ApplyTPAInferentialKeyword (IteM i);
 
1295
extern void ApplyTPAExperimentalKeyword (IteM i);
 
1296
extern void ApplyKeywordWithStringConstraint (IteM i);
 
1297
extern void RemoveKeywordWithStringConstraint (IteM i);
 
1298
 
1270
1299
#if defined(OS_UNIX) || defined(OS_MSWIN)
1271
1300
extern Int2 LIBCALLBACK CorrectRNAStrandedness (Pointer data);
1272
1301
#endif
1330
1359
 
1331
1360
extern void ConvertSelectedGapFeaturesToKnown (IteM i);
1332
1361
extern void ConvertSelectedGapFeaturesToUnknown (IteM i);
1333
 
extern void ConvertAdjacentKnownGapsToSingleGaps (IteM i);
 
1362
extern void CombineAdjacentGaps (IteM i);
1334
1363
 
1335
1364
extern void MarkGenesWithPseudoFeaturesPseudo (IteM i);
1336
 
extern void ConvertPseudoProteinNamesToProteinDescriptions (IteM i);
1337
1365
 
1338
1366
typedef struct gaplocinfo 
1339
1367
{
1355
1383
extern void RemoveUnindexedFeatures (IteM i);
1356
1384
extern void CopyLocusToLocusTag (IteM i);
1357
1385
 
 
1386
extern void ConvertCDSToMiscFeat (SeqFeatPtr sfp);
 
1387
extern void AdjustCodingRegionsEndingInGap (IteM i);
 
1388
 
 
1389
extern void ConvertCodingRegionsWithInternalKnownGapToMiscFeat (IteM i);
 
1390
 
 
1391
extern void FixOneAlignmentOverGaps (SeqAlignPtr salp, Uint2 entityID);
 
1392
extern void ConsolidateSegmentsOverKnownLengthGaps (SeqAlignPtr salp);
 
1393
 
 
1394
extern void CreateDiscrepancyReportWindow (BaseFormPtr bfp);
 
1395
extern void ConvertGapFeaturesToUnknown (IteM i);
 
1396
extern void ChangeKnownGapLength (IteM i);
 
1397
extern void AddFlankingNsToKnownLengthGaps (IteM i);
 
1398
 
 
1399
extern Int2 GetSequinAppParam (CharPtr section, CharPtr type, CharPtr dflt, CharPtr buf, Int2 buflen);
 
1400
extern Boolean DoBioseqFeaturesMatchSequenceConstraint (BioseqPtr bsp, ValNodePtr feat_list, StringConstraintPtr scp);
 
1401
extern void ResetCapitalization (Boolean first_is_upper, CharPtr pString);
 
1402
extern Int2 LIBCALLBACK ReorderSetByAccession (Pointer data);
 
1403
 
 
1404
extern void MapFeaturesToProteinSequence(IteM i);
 
1405
 
1358
1406
#ifdef __cplusplus
1359
1407
}
1360
1408
#endif