← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to asn/gbseq.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
asn/gbseq.asn
1
 
--$Revision: 6.5 $
 
1
--$Revision: 6.6 $
2
2
--*********************************************************
3
3
--
4
4
-- ASN.1 and XML for the components of a GenBank format sequence
5
5
-- J.Ostell 2002
 
6
-- Updated 14 December 2005
6
7
--
7
8
--*********************************************************
8
9
 
86
87
GBSeq ::= SEQUENCE {
87
88
        locus VisibleString ,
88
89
        length INTEGER ,
89
 
        strandedness INTEGER {
90
 
                not-set (0) ,
91
 
                single-stranded (1) ,
92
 
                double-stranded (2) ,
93
 
                mixed-stranded (3) } DEFAULT not-set ,
94
 
        moltype INTEGER {
95
 
                nucleic-acid (0) ,
96
 
                dna (1) ,
97
 
                rna (2) ,
98
 
                trna (3) ,
99
 
                rrna (4) ,
100
 
                mrna (5) ,
101
 
                urna (6) ,
102
 
                snrna (7) ,
103
 
                snorna (8) ,
104
 
                peptide (9) } DEFAULT nucleic-acid ,
105
 
        topology INTEGER {
106
 
                linear (1) ,
107
 
                circular (2) } DEFAULT linear ,
 
90
        strandedness VisibleString OPTIONAL ,
 
91
        moltype VisibleString ,
 
92
        topology VisibleString OPTIONAL ,
108
93
        division VisibleString ,
109
94
        update-date VisibleString ,
110
 
        create-date VisibleString ,
 
95
        create-date VisibleString OPTIONAL ,
111
96
        update-release VisibleString OPTIONAL ,
112
97
        create-release VisibleString OPTIONAL ,
113
98
        definition VisibleString ,
116
101
        accession-version VisibleString OPTIONAL ,
117
102
        other-seqids SEQUENCE OF GBSeqid OPTIONAL ,
118
103
        secondary-accessions SEQUENCE OF GBSecondary-accn OPTIONAL,
 
104
        project VisibleString OPTIONAL ,
119
105
        keywords SEQUENCE OF GBKeyword OPTIONAL ,
120
106
        segment VisibleString OPTIONAL ,
121
 
        source VisibleString ,
122
 
        organism VisibleString ,
123
 
        taxonomy VisibleString ,
124
 
        references SEQUENCE OF GBReference ,
 
107
        source VisibleString OPTIONAL ,
 
108
        organism VisibleString OPTIONAL ,
 
109
        taxonomy VisibleString OPTIONAL ,
 
110
        references SEQUENCE OF GBReference OPTIONAL ,
125
111
        comment VisibleString OPTIONAL ,
126
112
        primary VisibleString OPTIONAL ,
127
113
        source-db VisibleString OPTIONAL ,
138
124
 
139
125
        GBReference ::= SEQUENCE {
140
126
                reference VisibleString ,
 
127
                position VisibleString OPTIONAL ,
141
128
                authors SEQUENCE OF GBAuthor OPTIONAL ,
142
129
                consortium VisibleString OPTIONAL ,
143
130
                title VisibleString OPTIONAL ,
144
131
                journal VisibleString ,
145
 
                medline INTEGER OPTIONAL ,
 
132
                xref SET OF GBXref OPTIONAL ,
146
133
                pubmed INTEGER OPTIONAL ,
147
134
                remark VisibleString OPTIONAL }
148
135
 
149
136
        GBAuthor ::= VisibleString
150
137
 
 
138
    GBXref ::= SEQUENCE {
 
139
                dbname VisibleString ,
 
140
                id VisibleString }
 
141
 
151
142
        GBFeature ::= SEQUENCE {
152
143
                key VisibleString ,
153
144
                location VisibleString ,
154
145
                intervals SEQUENCE OF GBInterval OPTIONAL ,
 
146
                operator VisibleString OPTIONAL ,
 
147
                partial5 BOOLEAN OPTIONAL ,
 
148
                partial3 BOOLEAN OPTIONAL ,
155
149
                quals SEQUENCE OF GBQualifier OPTIONAL }
156
150
 
157
151
        GBInterval ::= SEQUENCE {
158
152
                from INTEGER OPTIONAL ,
159
153
                to INTEGER OPTIONAL ,
160
154
                point INTEGER OPTIONAL ,
 
155
                iscomp BOOLEAN OPTIONAL ,
 
156
                interbp BOOLEAN OPTIONAL ,
161
157
                accession VisibleString }
162
158
 
163
159
        GBQualifier ::= SEQUENCE {