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Viewing changes to algo/blast/core/blast_psi_priv.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_psi_priv.h
1
1
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___BLAST_PSI_PRIV__H
2
2
#define ALGO_BLAST_CORE___BLAST_PSI_PRIV__H
3
3
 
4
 
/*  $Id: blast_psi_priv.h,v 1.29 2005/05/24 12:49:24 camacho Exp $
 
4
/*  $Id: blast_psi_priv.h,v 1.30 2006/04/19 19:16:49 camacho Exp $
5
5
 * ===========================================================================
6
6
 *
7
7
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
571
571
__printMsa(const char* filename, const _PSIMsa* msa);
572
572
#endif /* _DEBUG */
573
573
 
 
574
/** Enable NCBI structure group customization to discard the query sequence,
 
575
 * as this really isn't the result of a PSI-BLAST iteration, but rather an
 
576
 * artificial consensus sequence of the multiple sequence alignment
 
577
 * constructed by them. This should be called after _PSIPurgeBiasedSegments.
 
578
 */
 
579
void
 
580
_PSIStructureGroupCustomization(_PSIMsa* msa);
 
581
 
 
582
/** Structure group validation function for multiple sequence alignment 
 
583
 * structure. Should be called after _PSIStructureGroupCustomization.
 
584
 * @param msa multiple sequence alignment data structure [in]
 
585
 * @return One of the errors defined above if validation fails or bad
 
586
 * parameter is passed in, else PSI_SUCCESS
 
587
 */
 
588
int
 
589
_PSIValidateMSA_StructureGroup(const _PSIMsa* msa);
 
590
 
574
591
#ifdef __cplusplus
575
592
}
576
593
#endif
580
597
 * ===========================================================================
581
598
 *
582
599
 * $Log: blast_psi_priv.h,v $
 
600
 * Revision 1.30  2006/04/19 19:16:49  camacho
 
601
 * Refactoring of structure group customization and addition of validation
 
602
 *
583
603
 * Revision 1.29  2005/05/24 12:49:24  camacho
584
604
 * doxygen fix
585
605
 *