← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/blastpri.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/blastpri.h
32
32
 
33
33
******************************************************************************/
34
34
 
35
 
/* $Revision: 6.120 $ 
 
35
/* $Revision: 6.122 $ 
36
36
* $Log: blastpri.h,v $
 
37
* Revision 6.122  2006/04/26 12:42:36  madden
 
38
* BlastSetUserErrorString and BlastDeleteUserErrorString moved from blastool.c to blfmtutl.c
 
39
*
 
40
* Revision 6.121  2005/12/29 19:56:06  madden
 
41
* Moved functions to print tabular output to blfmtutl
 
42
*
37
43
* Revision 6.120  2005/12/01 15:10:23  madden
38
44
* Gave BLASTCheckHSPInclusion external linkage (i.e. removed the static specifier).
39
45
*
939
945
 
940
946
Int4 BlastDeleteHeap PROTO((BLASTHeapPtr which_heap, Int4 position));
941
947
 
942
 
/* Functions used for printing error messages. */
943
 
 
944
 
Uint1 BlastSetUserErrorString(CharPtr string, SeqIdPtr sip, Boolean use_id);
945
 
void BlastDeleteUserErrorString(Uint1 err_id);
946
 
 
947
948
 
948
949
 
949
950
/* Functions used in OOF calculations */
990
991
 
991
992
int LIBCALLBACK BlastPrintAlignInfo PROTO((VoidPtr srch));
992
993
int LIBCALLBACK MegaBlastPrintAlignInfo PROTO((VoidPtr srch));
993
 
void BlastPrintTabulatedResults PROTO((SeqAlignPtr seqalign, BioseqPtr query_bsp, SeqLocPtr query_slp, Int4 num_alignments, CharPtr blast_program, Boolean is_ungapped, Boolean believe_query, Int4 q_shift, Int4 s_shift, FILE *fp, Boolean print_query_info));
994
 
void BlastPrintTabulatedResultsEx PROTO((SeqAlignPtr seqalign, BioseqPtr query_bsp, SeqLocPtr query_slp, Int4 num_alignments, CharPtr blast_program, Boolean is_ungapped, Boolean believe_query, Int4 q_shift, Int4 s_shift, FILE *fp, int *num_formatted, Boolean print_query_info));
995
 
 
996
 
void BlastPrintTabularResults(SeqAlignPtr seqalign, BioseqPtr query_bsp,
997
 
        SeqLocPtr query_slp, Int4 num_alignments, CharPtr blast_program, 
998
 
        Boolean is_ungapped, Boolean is_ooframe, Boolean believe_query, 
999
 
        Int4 q_shift, Int4 s_shift, FILE *fp, int *num_formatted, 
1000
 
        Boolean print_query_info);
1001
994
 
1002
995
void
1003
996
BlastProcessGiLists PROTO((BlastSearchBlkPtr search,