← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/subutil.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
Re-merge with Debian

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/subutil.h
31
31
*   
32
32
* Version Creation Date: 11/3/93
33
33
*
34
 
* $Revision: 6.50 $
 
34
* $Revision: 6.54 $
35
35
*
36
36
* File Description: Utilities for creating ASN.1 submissions
37
37
*
42
42
*
43
43
*
44
44
* $Log: subutil.h,v $
 
45
* Revision 6.54  2006/05/05 19:49:40  kans
 
46
* added StructuredComment user object creation functions
 
47
*
 
48
* Revision 6.53  2006/02/06 19:00:15  kans
 
49
* added CreateFeatureFetchPolicyUserObject
 
50
*
 
51
* Revision 6.52  2006/01/23 16:39:57  kans
 
52
* added CreateAnnotDescCommentPolicyUserObject
 
53
*
 
54
* Revision 6.51  2006/01/17 18:25:07  kans
 
55
* support for genomeprojectsdb user object
 
56
*
45
57
* Revision 6.50  2005/06/10 14:06:16  kans
46
58
* added GENOME_hydrogenosome define
47
59
*
1679
1691
  Int4 to
1680
1692
);
1681
1693
 
 
1694
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateGenomeProjectsDBUserObject (
 
1695
  void
 
1696
);
 
1697
NLM_EXTERN UserObjectPtr AddIDsToGenomeProjectsDBUserObject (
 
1698
  UserObjectPtr uop,
 
1699
  Int4 projectID,
 
1700
  Int4 parentID
 
1701
);
 
1702
 
 
1703
/* annot desc comment policy user object */
 
1704
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateAnnotDescCommentPolicyUserObject (
 
1705
  Boolean showInCommentBlock
 
1706
);
 
1707
 
 
1708
/* feature fetch policy user object */
 
1709
 
 
1710
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateFeatureFetchPolicyUserObject (
 
1711
  CharPtr policy
 
1712
);
 
1713
 
 
1714
/* structured comment user object for flatfile presentation */
 
1715
 
 
1716
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateStructuredCommentUserObject (void);
 
1717
 
 
1718
NLM_EXTERN void AddItemStructuredCommentUserObject (
 
1719
  UserObjectPtr uop,
 
1720
  CharPtr field,
 
1721
  CharPtr str
 
1722
);
 
1723
 
1682
1724
 
1683
1725
#ifdef __cplusplus
1684
1726
}
1739
1781
                ( symbol "R", name "Arginine"),
1740
1782
                ( symbol "S", name "Serine"),
1741
1783
                ( symbol "T", name "Threoine"),
 
1784
                { symbol "U", name "Selenocysteine"},
1742
1785
                ( symbol "V", name "Valine"),
1743
1786
                ( symbol "W", name "Tryptophan" ),
1744
1787
                ( symbol "X", name "Undetermined or atypical"),
1753
1796
*   Genetic Code id's and names from /ncbi/data/gc.prt
1754
1797
*      gc.prt lists the legal start codons and genetic codes fully
1755
1798
*   
1756
 
                name "Standard" ,
1757
 
                id 1 ,
1758
 
 
1759
 
                name "Vertebrate Mitochondrial" ,
1760
 
                id 2 ,
1761
 
 
1762
 
                name "Yeast Mitochondrial" ,
1763
 
                id 3 ,
1764
 
 
1765
 
                name "Mold Mitochondrial and Mycoplasma" ,
1766
 
                id 4 ,
1767
 
 
1768
 
                name "Invertebrate Mitochondrial" ,
1769
 
                id 5 ,
1770
 
 
1771
 
                name "Ciliate Macronuclear and Daycladacean" ,
1772
 
                id 6 ,
1773
 
 
1774
 
                name "Protozoan Mitochondrial (and Kinetoplast)" ,
1775
 
                id 7 ,
1776
 
 
1777
 
                name "Plant Mitochondrial" ,
1778
 
                id 8 ,
1779
 
 
1780
 
                name "Echinoderm Mitochondrial" ,
1781
 
                id 9 ,
1782
 
 
1783
 
                name "Euplotid Macronuclear" ,
1784
 
                id 10 ,
1785
 
 
1786
 
                name "Eubacterial" ,
1787
 
                id 11 ,
 
1799
                name "Standard" ,
 
1800
                id 1 ,
 
1801
 
 
1802
                name "Vertebrate Mitochondrial" ,
 
1803
                id 2 ,
 
1804
 
 
1805
                name "Yeast Mitochondrial" ,
 
1806
                id 3 ,
 
1807
 
 
1808
                name "Mold Mitochondrial and Mycoplasma" ,
 
1809
                id 4 ,
 
1810
 
 
1811
                name "Invertebrate Mitochondrial" ,
 
1812
                id 5 ,
 
1813
 
 
1814
                name "Ciliate Macronuclear and Daycladacean" ,
 
1815
                id 6 ,
 
1816
 
 
1817
                name "Echinoderm Mitochondrial" ,
 
1818
                id 9 ,
 
1819
 
 
1820
                name "Euplotid Macronuclear" ,
 
1821
                id 10 ,
 
1822
 
 
1823
                name "Bacterial and Plant Plastid" ,
 
1824
                id 11 ,
 
1825
 
 
1826
                name "Alternative Yeast Nuclear" ,
 
1827
                id 12 ,
 
1828
 
 
1829
                name "Ascidian Mitochondrial" ,
 
1830
                id 13 ,
 
1831
 
 
1832
                name "Alternative Flatworm Mitochondrial" ,
 
1833
                id 14 ,
 
1834
 
 
1835
                name "Blepharisma Macronuclear" ,
 
1836
                id 15 ,
 
1837
 
 
1838
                name "Chlorophycean Mitochondrial" ,
 
1839
                id 16 ,
 
1840
 
 
1841
                name "Trematode Mitochondrial" ,
 
1842
                id 21 ,
 
1843
 
 
1844
                name "Scenedesmus obliquus Mitochondrial" ,
 
1845
                id 22 ,
 
1846
 
 
1847
                name "Thraustochytrium Mitochondrial" ,
 
1848
                id 23 ,
1788
1849
 
1789
1850
*   
1790
1851
*