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  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
asn/asn.all
740
740
END
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741
    
742
742
 
743
 
--$Revision: 6.11 $
 
743
--$Revision: 6.12 $
744
744
--**********************************************************************
745
745
--
746
746
--  NCBI Sequence elements
752
752
NCBI-Sequence DEFINITIONS ::=
753
753
BEGIN
754
754
 
755
 
EXPORTS Annotdesc, Bioseq, GIBB-mol, Heterogen, Numbering, Pubdesc,
756
 
        Seq-annot, Seq-descr, Seq-hist, Seq-literal, Seqdesc;
 
755
EXPORTS Annotdesc, Annot-descr, Bioseq, GIBB-mol, Heterogen, Numbering, Pubdesc,
 
756
        Seq-annot, Seq-data, Seq-descr, Seq-ext, Seq-hist, Seq-inst,Seq-literal, 
 
757
        Seqdesc;
757
758
 
758
759
IMPORTS Date, Int-fuzz, Dbtag, Object-id, User-object FROM NCBI-General
759
760
        Seq-align FROM NCBI-Seqalign
2889
2890
    
2890
2891
END
2891
2892
 
2892
 
--$Revision: 6.5 $
 
2893
--$Revision: 6.6 $
2893
2894
--*********************************************************
2894
2895
--
2895
2896
-- ASN.1 and XML for the components of a GenBank format sequence
2896
2897
-- J.Ostell 2002
 
2898
-- Updated 14 December 2005
2897
2899
--
2898
2900
--*********************************************************
2899
2901
 
2977
2979
GBSeq ::= SEQUENCE {
2978
2980
        locus VisibleString ,
2979
2981
        length INTEGER ,
2980
 
        strandedness INTEGER {
2981
 
                not-set (0) ,
2982
 
                single-stranded (1) ,
2983
 
                double-stranded (2) ,
2984
 
                mixed-stranded (3) } DEFAULT not-set ,
2985
 
        moltype INTEGER {
2986
 
                nucleic-acid (0) ,
2987
 
                dna (1) ,
2988
 
                rna (2) ,
2989
 
                trna (3) ,
2990
 
                rrna (4) ,
2991
 
                mrna (5) ,
2992
 
                urna (6) ,
2993
 
                snrna (7) ,
2994
 
                snorna (8) ,
2995
 
                peptide (9) } DEFAULT nucleic-acid ,
2996
 
        topology INTEGER {
2997
 
                linear (1) ,
2998
 
                circular (2) } DEFAULT linear ,
 
2982
        strandedness VisibleString OPTIONAL ,
 
2983
        moltype VisibleString ,
 
2984
        topology VisibleString OPTIONAL ,
2999
2985
        division VisibleString ,
3000
2986
        update-date VisibleString ,
3001
 
        create-date VisibleString ,
 
2987
        create-date VisibleString OPTIONAL ,
3002
2988
        update-release VisibleString OPTIONAL ,
3003
2989
        create-release VisibleString OPTIONAL ,
3004
2990
        definition VisibleString ,
3007
2993
        accession-version VisibleString OPTIONAL ,
3008
2994
        other-seqids SEQUENCE OF GBSeqid OPTIONAL ,
3009
2995
        secondary-accessions SEQUENCE OF GBSecondary-accn OPTIONAL,
 
2996
        project VisibleString OPTIONAL ,
3010
2997
        keywords SEQUENCE OF GBKeyword OPTIONAL ,
3011
2998
        segment VisibleString OPTIONAL ,
3012
 
        source VisibleString ,
3013
 
        organism VisibleString ,
3014
 
        taxonomy VisibleString ,
3015
 
        references SEQUENCE OF GBReference ,
 
2999
        source VisibleString OPTIONAL ,
 
3000
        organism VisibleString OPTIONAL ,
 
3001
        taxonomy VisibleString OPTIONAL ,
 
3002
        references SEQUENCE OF GBReference OPTIONAL ,
3016
3003
        comment VisibleString OPTIONAL ,
3017
3004
        primary VisibleString OPTIONAL ,
3018
3005
        source-db VisibleString OPTIONAL ,
3029
3016
 
3030
3017
        GBReference ::= SEQUENCE {
3031
3018
                reference VisibleString ,
 
3019
                position VisibleString OPTIONAL ,
3032
3020
                authors SEQUENCE OF GBAuthor OPTIONAL ,
3033
3021
                consortium VisibleString OPTIONAL ,
3034
3022
                title VisibleString OPTIONAL ,
3035
3023
                journal VisibleString ,
3036
 
                medline INTEGER OPTIONAL ,
 
3024
                xref SET OF GBXref OPTIONAL ,
3037
3025
                pubmed INTEGER OPTIONAL ,
3038
3026
                remark VisibleString OPTIONAL }
3039
3027
 
3040
3028
        GBAuthor ::= VisibleString
3041
3029
 
 
3030
    GBXref ::= SEQUENCE {
 
3031
                dbname VisibleString ,
 
3032
                id VisibleString }
 
3033
 
3042
3034
        GBFeature ::= SEQUENCE {
3043
3035
                key VisibleString ,
3044
3036
                location VisibleString ,
3045
3037
                intervals SEQUENCE OF GBInterval OPTIONAL ,
 
3038
                operator VisibleString OPTIONAL ,
 
3039
                partial5 BOOLEAN OPTIONAL ,
 
3040
                partial3 BOOLEAN OPTIONAL ,
3046
3041
                quals SEQUENCE OF GBQualifier OPTIONAL }
3047
3042
 
3048
3043
        GBInterval ::= SEQUENCE {
3049
3044
                from INTEGER OPTIONAL ,
3050
3045
                to INTEGER OPTIONAL ,
3051
3046
                point INTEGER OPTIONAL ,
 
3047
                iscomp BOOLEAN OPTIONAL ,
 
3048
                interbp BOOLEAN OPTIONAL ,
3052
3049
                accession VisibleString }
3053
3050
 
3054
3051
        GBQualifier ::= SEQUENCE {
3059
3056
                
3060
3057
END
3061
3058
 
3062
 
--$Revision: 1.5 $
 
3059
--$Revision: 1.6 $
3063
3060
--************************************************************************
3064
3061
--
3065
3062
-- ASN.1 and XML for the components of a GenBank/EMBL/DDBJ sequence record
3066
3063
-- The International Nucleotide Sequence Database (INSD) collaboration
 
3064
-- Version 1.4, 19 September 2005
3067
3065
--
3068
3066
--************************************************************************
3069
3067
 
3089
3086
--    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/collab/FT/index.html
3090
3087
--
3091
3088
--    URLs for DDBJ, EMBL, and GenBank Release Notes :
 
3089
--    ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ddbj/ddbjrel.txt
3092
3090
--    http://www.ebi.ac.uk/embl/Documentation/Release_notes/current/relnotes.html
3093
3091
--    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt
3094
3092
--
3157
3154
        topology VisibleString OPTIONAL ,
3158
3155
        division VisibleString ,
3159
3156
        update-date VisibleString ,
3160
 
        create-date VisibleString ,
 
3157
        create-date VisibleString OPTIONAL ,
3161
3158
        update-release VisibleString OPTIONAL ,
3162
3159
        create-release VisibleString OPTIONAL ,
3163
3160
        definition VisibleString ,
3166
3163
        accession-version VisibleString OPTIONAL ,
3167
3164
        other-seqids SEQUENCE OF INSDSeqid OPTIONAL ,
3168
3165
        secondary-accessions SEQUENCE OF INSDSecondary-accn OPTIONAL,
 
3166
        project VisibleString OPTIONAL ,
3169
3167
        keywords SEQUENCE OF INSDKeyword OPTIONAL ,
3170
3168
        segment VisibleString OPTIONAL ,
3171
3169
        source VisibleString OPTIONAL ,
3186
3184
 
3187
3185
        INSDKeyword ::= VisibleString
3188
3186
 
 
3187
-- INSDReference_position contains a string value indicating the
 
3188
-- basepair span(s) to which a reference applies. The allowable
 
3189
-- formats are:
 
3190
-- 
 
3191
--   X..Y  : Where X and Y are integers separated by two periods,
 
3192
--           X >= 1 , Y <= sequence length, and X <= Y 
 
3193
--
 
3194
--           Multiple basepair spans can exist, separated by a
 
3195
--           semi-colon and a space. For example : 10..20; 100..500
 
3196
--             
 
3197
--   sites : The string literal 'sites', indicating that a reference
 
3198
--           provides sequence annotation information, but the specific
 
3199
--           basepair spans are either not captured, or were too numerous
 
3200
--           to record.
 
3201
-- 
 
3202
--           The 'sites' literal string is singly occuring, and
 
3203
--            cannot be used in conjunction with any X..Y basepair spans.
 
3204
-- 
 
3205
--   References that lack an INSDReference_position element apply
 
3206
--   to the entire sequence.
 
3207
 
3189
3208
        INSDReference ::= SEQUENCE {
3190
3209
                reference VisibleString ,
 
3210
                position VisibleString OPTIONAL ,
3191
3211
                authors SEQUENCE OF INSDAuthor OPTIONAL ,
3192
3212
                consortium VisibleString OPTIONAL ,
3193
3213
                title VisibleString OPTIONAL ,
3194
3214
                journal VisibleString ,
3195
 
                medline INTEGER OPTIONAL ,
 
3215
                xref SET OF INSDXref OPTIONAL ,
3196
3216
                pubmed INTEGER OPTIONAL ,
3197
3217
                remark VisibleString OPTIONAL }
3198
3218
 
3199
3219
        INSDAuthor ::= VisibleString
3200
3220
 
 
3221
-- INSDXref provides a method for referring to records in
 
3222
-- other databases. INSDXref_dbname is a string value that
 
3223
-- provides the name of the database, and INSDXref_dbname
 
3224
-- is a string value that provides the record's identifier
 
3225
-- in that database.
 
3226
 
 
3227
    INSDXref ::= SEQUENCE {
 
3228
                dbname VisibleString ,
 
3229
                id VisibleString }
 
3230
 
 
3231
-- INSDFeature_operator contains a string value describing
 
3232
-- the relationship among a set of INSDInterval within
 
3233
-- INSDFeature_intervals. The allowable formats are:
 
3234
-- 
 
3235
--   join :  The string literal 'join' indicates that the
 
3236
--           INSDInterval intervals are biologically joined
 
3237
--           together into a contiguous molecule.
 
3238
-- 
 
3239
--   order : The string literal 'order' indicates that the
 
3240
--           INSDInterval intervals are in the presented
 
3241
--           order, but they are not necessarily contiguous.
 
3242
-- 
 
3243
--   Either 'join' or 'order' is required if INSDFeature_intervals
 
3244
--   is comprised of more than one INSDInterval .
 
3245
 
3201
3246
        INSDFeature ::= SEQUENCE {
3202
3247
                key VisibleString ,
3203
3248
                location VisibleString ,
3204
3249
                intervals SEQUENCE OF INSDInterval OPTIONAL ,
 
3250
                operator VisibleString OPTIONAL ,
 
3251
                partial5 BOOLEAN OPTIONAL ,
 
3252
                partial3 BOOLEAN OPTIONAL ,
3205
3253
                quals SEQUENCE OF INSDQualifier OPTIONAL }
3206
3254
 
 
3255
-- INSDInterval_iscomp is a boolean indicating whether
 
3256
-- an INSDInterval_from / INSDInterval_to location
 
3257
-- represents a location on the complement strand.
 
3258
-- When INSDInterval_iscomp is TRUE, it essentially
 
3259
-- confirms that a 'from' value which is greater than
 
3260
-- a 'to' value is intentional, because the location
 
3261
-- is on the opposite strand of the presented sequence.
 
3262
 
 
3263
-- INSDInterval_interbp is a boolean indicating whether
 
3264
-- a feature (such as a restriction site) is located
 
3265
-- between two adjacent basepairs. When INSDInterval_iscomp
 
3266
-- is TRUE, the 'from' and 'to' values must differ by
 
3267
-- exactly one base.
 
3268
 
3207
3269
        INSDInterval ::= SEQUENCE {
3208
3270
                from INTEGER OPTIONAL ,
3209
3271
                to INTEGER OPTIONAL ,
3210
3272
                point INTEGER OPTIONAL ,
 
3273
                iscomp BOOLEAN OPTIONAL ,
 
3274
                interbp BOOLEAN OPTIONAL ,
3211
3275
                accession VisibleString }
3212
3276
 
3213
3277
        INSDQualifier ::= SEQUENCE {