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Viewing changes to asn/insdseq.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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asn/insdseq.asn
1
 
--$Revision: 1.5 $
 
1
--$Revision: 1.6 $
2
2
--************************************************************************
3
3
--
4
4
-- ASN.1 and XML for the components of a GenBank/EMBL/DDBJ sequence record
5
5
-- The International Nucleotide Sequence Database (INSD) collaboration
 
6
-- Version 1.4, 19 September 2005
6
7
--
7
8
--************************************************************************
8
9
 
28
28
--    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/collab/FT/index.html
29
29
--
30
30
--    URLs for DDBJ, EMBL, and GenBank Release Notes :
 
31
--    ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ddbj/ddbjrel.txt
31
32
--    http://www.ebi.ac.uk/embl/Documentation/Release_notes/current/relnotes.html
32
33
--    ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt
33
34
--
96
96
        topology VisibleString OPTIONAL ,
97
97
        division VisibleString ,
98
98
        update-date VisibleString ,
99
 
        create-date VisibleString ,
 
99
        create-date VisibleString OPTIONAL ,
100
100
        update-release VisibleString OPTIONAL ,
101
101
        create-release VisibleString OPTIONAL ,
102
102
        definition VisibleString ,
105
105
        accession-version VisibleString OPTIONAL ,
106
106
        other-seqids SEQUENCE OF INSDSeqid OPTIONAL ,
107
107
        secondary-accessions SEQUENCE OF INSDSecondary-accn OPTIONAL,
 
108
        project VisibleString OPTIONAL ,
108
109
        keywords SEQUENCE OF INSDKeyword OPTIONAL ,
109
110
        segment VisibleString OPTIONAL ,
110
111
        source VisibleString OPTIONAL ,
125
126
 
126
127
        INSDKeyword ::= VisibleString
127
128
 
 
129
-- INSDReference_position contains a string value indicating the
 
130
-- basepair span(s) to which a reference applies. The allowable
 
131
-- formats are:
 
132
-- 
 
133
--   X..Y  : Where X and Y are integers separated by two periods,
 
134
--           X >= 1 , Y <= sequence length, and X <= Y 
 
135
--
 
136
--           Multiple basepair spans can exist, separated by a
 
137
--           semi-colon and a space. For example : 10..20; 100..500
 
138
--             
 
139
--   sites : The string literal 'sites', indicating that a reference
 
140
--           provides sequence annotation information, but the specific
 
141
--           basepair spans are either not captured, or were too numerous
 
142
--           to record.
 
143
-- 
 
144
--           The 'sites' literal string is singly occuring, and
 
145
--            cannot be used in conjunction with any X..Y basepair spans.
 
146
-- 
 
147
--   References that lack an INSDReference_position element apply
 
148
--   to the entire sequence.
 
149
 
128
150
        INSDReference ::= SEQUENCE {
129
151
                reference VisibleString ,
 
152
                position VisibleString OPTIONAL ,
130
153
                authors SEQUENCE OF INSDAuthor OPTIONAL ,
131
154
                consortium VisibleString OPTIONAL ,
132
155
                title VisibleString OPTIONAL ,
133
156
                journal VisibleString ,
134
 
                medline INTEGER OPTIONAL ,
 
157
                xref SET OF INSDXref OPTIONAL ,
135
158
                pubmed INTEGER OPTIONAL ,
136
159
                remark VisibleString OPTIONAL }
137
160
 
138
161
        INSDAuthor ::= VisibleString
139
162
 
 
163
-- INSDXref provides a method for referring to records in
 
164
-- other databases. INSDXref_dbname is a string value that
 
165
-- provides the name of the database, and INSDXref_dbname
 
166
-- is a string value that provides the record's identifier
 
167
-- in that database.
 
168
 
 
169
    INSDXref ::= SEQUENCE {
 
170
                dbname VisibleString ,
 
171
                id VisibleString }
 
172
 
 
173
-- INSDFeature_operator contains a string value describing
 
174
-- the relationship among a set of INSDInterval within
 
175
-- INSDFeature_intervals. The allowable formats are:
 
176
-- 
 
177
--   join :  The string literal 'join' indicates that the
 
178
--           INSDInterval intervals are biologically joined
 
179
--           together into a contiguous molecule.
 
180
-- 
 
181
--   order : The string literal 'order' indicates that the
 
182
--           INSDInterval intervals are in the presented
 
183
--           order, but they are not necessarily contiguous.
 
184
-- 
 
185
--   Either 'join' or 'order' is required if INSDFeature_intervals
 
186
--   is comprised of more than one INSDInterval .
 
187
 
140
188
        INSDFeature ::= SEQUENCE {
141
189
                key VisibleString ,
142
190
                location VisibleString ,
143
191
                intervals SEQUENCE OF INSDInterval OPTIONAL ,
 
192
                operator VisibleString OPTIONAL ,
 
193
                partial5 BOOLEAN OPTIONAL ,
 
194
                partial3 BOOLEAN OPTIONAL ,
144
195
                quals SEQUENCE OF INSDQualifier OPTIONAL }
145
196
 
 
197
-- INSDInterval_iscomp is a boolean indicating whether
 
198
-- an INSDInterval_from / INSDInterval_to location
 
199
-- represents a location on the complement strand.
 
200
-- When INSDInterval_iscomp is TRUE, it essentially
 
201
-- confirms that a 'from' value which is greater than
 
202
-- a 'to' value is intentional, because the location
 
203
-- is on the opposite strand of the presented sequence.
 
204
 
 
205
-- INSDInterval_interbp is a boolean indicating whether
 
206
-- a feature (such as a restriction site) is located
 
207
-- between two adjacent basepairs. When INSDInterval_iscomp
 
208
-- is TRUE, the 'from' and 'to' values must differ by
 
209
-- exactly one base.
 
210
 
146
211
        INSDInterval ::= SEQUENCE {
147
212
                from INTEGER OPTIONAL ,
148
213
                to INTEGER OPTIONAL ,
149
214
                point INTEGER OPTIONAL ,
 
215
                iscomp BOOLEAN OPTIONAL ,
 
216
                interbp BOOLEAN OPTIONAL ,
150
217
                accession VisibleString }
151
218
 
152
219
        INSDQualifier ::= SEQUENCE {