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Viewing changes to doc/man/asn2gb.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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Lines of Context:
doc/man/asn2gb.1
1
 
.TH ASN2GB 1 2005-11-04 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
1
.TH ASN2GB 1 2006-05-29 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
2
2
.SH NAME
3
3
asn2gb \- convert ASN.1 biological data to a GenBank-style flat format
4
4
.SH SYNOPSIS
17
17
[\|\fB\-k\fP\ \fIN\fP\|]
18
18
[\|\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP\|]
19
19
[\|\fB\-m\fP\ \fImode\fP\|]
 
20
[\|\fB\-n\fP\ \fIfilename\fP\|]
20
21
[\|\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP\|]
21
22
[\|\fB\-p\fP\|]
22
23
[\|\fB\-q\fP\ \fIfilename\fP\|]
44
45
.RS
45
46
.PD 0
46
47
.IP a
47
 
Any (default)
 
48
Any (autodetected; default)
48
49
.IP e
49
 
Seq-entry
 
50
seq-Entry
50
51
.IP b
51
52
Bioseq
52
53
.IP s
53
 
Bioseq-set
 
54
bioseq-Set
54
55
.IP m
55
 
Seq-submit
 
56
seq-subMit
56
57
.IP t
57
 
Bioseq-set batch
 
58
baTch bioseq-set
58
59
.IP u
59
 
Seq-submit batch
 
60
batch seq-sUbmit
60
61
.PD
61
62
.RE
62
63
.TP
63
64
\fB\-b\fP
64
 
Bioseq-set is binary
 
65
Input file is binary
65
66
.TP
66
67
\fB\-c\fP
67
 
Bioseq-set is compressed
 
68
Batch file is compressed
68
69
.TP
69
70
\fB\-d\fP
70
71
Seq-loc minus strand
155
156
.PD
156
157
.RE
157
158
.TP
 
159
\fB\-n\fP\ \fIfilename\fP
 
160
Asn2Flat Executable (default = asn2flat)
 
161
.TP
158
162
\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP
159
163
Output file name (default = stdout)
160
164
.TP
162
166
Propagate top descriptors
163
167
.TP
164
168
\fB\-q\fP\ \fIfilename\fP
165
 
Gbdjoin Executable (default = /netopt/genbank/subtool/bin/gbdjoin)
 
169
Ffdiff Executable (default = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)
166
170
.TP
167
171
\fB\-r\fP
168
172
Enable remote fetching
190
194
Report
191
195
.IP 2
192
196
Sequin/Release
 
197
.IP 3
 
198
asn2gb/asn2flat
 
199
.IP 4
 
200
asn2flat BSEC/nocleanup
 
201
.IP 5
 
202
oldasn2gb/newasn2gb
193
203
.PD
194
204
.RE
195
205
\fB\-u\fP\ \fIN\fP
216
226
.BR asn2ff (1),
217
227
.BR asn2fsa (1),
218
228
.BR asn2xml (1),
219
 
.BR asndhuff (1).
 
229
.BR asndhuff (1),
 
230
.BR insdseqget (1).