← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/AlignIO/clustalw.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/AlignIO/clustalw.pm
1
 
# $Id: clustalw.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
 
1
# $Id: clustalw.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::AlignIO::clustalw
4
4
#
38
38
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
39
39
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
40
40
 
 
41
=head2 Support 
 
42
 
 
43
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
44
 
 
45
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
46
 
 
47
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
48
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
49
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
50
with code and data examples if at all possible.
 
51
 
41
52
=head2 Reporting Bugs
42
53
 
43
54
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
202
213
    # not sure if this should be a default option - or we can pass in
203
214
    # an option to do this in the future? --jason stajich
204
215
    # $aln->map_chars('\.','-');
205
 
    undef $aln if ( !defined $end || $end <= 0 );
206
 
    return $aln;
 
216
    
 
217
    # no sequences added, so just return
 
218
    return $aln if $aln->num_sequences;
 
219
    return;
207
220
}
208
221
 
209
222
=head2 write_aln