← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/Writer/GbrowseGFF.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/Writer/GbrowseGFF.pm
1
1
#-----------------------------------------------------------------
2
 
# $Id: GbrowseGFF.pm 11565 2007-07-09 01:35:40Z cjfields $
 
2
# $Id: GbrowseGFF.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
3
3
#
4
4
# BioPerl module Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF.pm
5
5
#
 
6
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
7
#
6
8
# Cared for by Mark Wilkinson <markw@illuminae.com>
7
9
#
8
10
# You may distribute this module under the same terms as perl itself
49
51
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
50
52
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
51
53
 
 
54
=head2 Support 
 
55
 
 
56
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
57
 
 
58
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
59
 
 
60
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
61
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
62
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
63
with code and data examples if at all possible.
 
64
 
52
65
=head2 Reporting Bugs
53
66
 
54
67
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
94
107
    ($self->{'_evalue'},
95
108
     $self->{'_cigar'},
96
109
     $self->{'_prefix'},
97
 
     $self->{'signif'} ) = $self->_rearrange([qw(E_VALUE OUTPUT_CIGAR PREFIX
 
110
     $self->{'_signif'} ) = $self->_rearrange([qw(E_VALUE OUTPUT_CIGAR PREFIX
98
111
                                                 OUTPUT_SIGNIF)], @args);
99
112
    $self->{'_evalue'} && warn( "Use of the -e_value argument is deprecated.\nIn future, use \$writer->filter(\"type\", \&code) instead.\n\tparsing will proceed correctly with this e_value\n");
100
113
    $self->{Gbrowse_HSPID} = 0;