← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Assembly/IO/tigr.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Assembly/IO/tigr.pm
1
 
# $Id: tigr.pm 14941 2008-10-21 01:44:12Z fangly $
 
1
# $Id: tigr.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Assembly::IO::tigr
4
4
#
187
187
 
188
188
=head2 Mailing Lists
189
189
 
 
190
 
190
191
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
191
 
BioPerl modules. Send your comments and suggestions preferably to the
192
 
BioPerl mailing lists. Your participation is much appreciated.
193
 
 
194
 
  bioperl-l@bioperl.org                 - General discussion
195
 
  http://bio.perl.org/MailList.html     - About the mailing lists
 
192
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to the
 
193
Bioperl mailing lists  Your participation is much appreciated.
 
194
 
 
195
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
196
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
 
197
 
 
198
=head2 Support 
 
199
 
 
200
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
201
 
 
202
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
203
 
 
204
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
205
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
206
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
207
with code and data examples if at all possible.
196
208
 
197
209
=head2 Reporting Bugs
198
210
 
811
823
            my $contigobj = $scaffoldobj->get_contig_by_id($contigid);
812
824
 
813
825
            # Skip contigs of 1 sequence (singlets) if needed
814
 
            next if ($contigobj->no_sequences == 1) && (!$singlets);
 
826
            next if ($contigobj->num_sequences == 1) && (!$singlets);
815
827
            
816
828
            # Get contig information
817
829
            my $contanno = (grep
834
846
                $decimal_format, $self->_redundancy($contigobj));
835
847
            $contiginfo{'perc_N'}     = sprintf(
836
848
                $decimal_format, $self->_perc_N($contiginfo{'sequence'}));
837
 
            $contiginfo{'seqnum'}     = $contigobj->no_sequences;
 
849
            $contiginfo{'seqnum'}     = $contigobj->num_sequences;
838
850
            $contiginfo{'full_cds'}   = ($contanno->get_tag_values('full_cds'))[0];
839
851
            $contiginfo{'cds_start'}  = ($contanno->get_tag_values('cds_start'))[0];
840
852
            $contiginfo{'cds_end'}    = ($contanno->get_tag_values('cds_end'))[0];