← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/AlignIO/maf.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/AlignIO/maf.pm
1
 
# $Id: maf.pm 14522 2008-02-20 21:51:27Z cjfields $
 
1
# $Id: maf.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::AlignIO::maf
4
4
#
23
23
   print $aln, "\n";
24
24
 
25
25
   print $aln->length, "\n";
26
 
   print $aln->no_residues, "\n";
 
26
   print $aln->num_residues, "\n";
27
27
   print $aln->is_flush, "\n";
28
 
   print $aln->no_sequences, "\n";
 
28
   print $aln->num_sequences, "\n";
29
29
 
30
30
   $aln->splice_by_seq_pos(1);
31
31
 
48
48
 
49
49
=head1 FEEDBACK
50
50
 
 
51
=head2 Support 
 
52
 
 
53
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
54
 
 
55
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
56
 
 
57
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
58
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
59
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
60
with code and data examples if at all possible.
 
61
 
51
62
=head2 Reporting Bugs
52
63
 
53
64
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
168
179
        $aln->add_seq($seq);
169
180
    }
170
181
 
171
 
    return $aln;
 
182
    return $aln if $aln->num_sequences;
 
183
        return;
172
184
}
173
185
 
174
186
sub write_aln {