← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/exonerate.output.dontwork

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/exonerate.output.dontwork
 
1
Command line: [exonerate -q test_aa.fa -t test_cds.fa --model protein2dna]
 
2
Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
 
3
C4 Alignment display:
 
4
  Model: protein2dna
 
5
  Raw score: 1059
 
6
  Aligned positions 0->204 of query
 
7
  Aligned positions 2->614 of target
 
8
 
 
9
Query: SJCHGC00851 AA
 
10
Target: SJCHGC00851 CDS
 
11
 
 
12
   1 : ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG :  22
 
13
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
14
       ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG
 
15
   3 : CGTGCCCCTCGTCCTTCTTTGCTCTACTTCAACGTGTTTCTTTTGTTGGTTCATTCATTTTCAC :  66
 
16
 
 
17
  23 : lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe :  43
 
18
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
19
       lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe
 
20
  67 : AAGATAAAAAGGATGTGTTGAAGAAGTTAAACTCTACTTTACTTTCAATGGAAAACAGCTTATT : 129
 
21
 
 
22
  44 : uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn :  64
 
23
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
24
       uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn
 
25
 130 : AAAAGTTCAACAAAACATTCAAAACACTGACCACGAAGTAAAGAATTCGACAAAGAGAATAAAT : 192
 
26
 
 
27
  65 : LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL :  86
 
28
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
29
       LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL
 
30
 193 : AAAGTACTTGCACCTCACGGAAGAACAATTGACGAATATGTCAAATGCAAAACTAATGAATTTA : 258
 
31
 
 
32
  87 : ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr : 107
 
33
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
34
       ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr
 
35
 259 : AAGCTGAAGAAGGTTTATCTACAAATACTAAATTCTTAAAAGAGTTTATTCCTGGAACTTTTCG : 321
 
36
 
 
37
 108 : gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys : 128
 
38
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
39
       gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys
 
40
 322 : TGTTTATAGAAAATACCTGACTGATGAAGATATACATTGGAAAAACGCCGCTGAAGAACGGAAG : 384
 
41
 
 
42
 129 : AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP : 150
 
43
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
44
       AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP
 
45
 385 : GCAAAATATAAAACAATGGCCTTAGAGCACACTTCGGAAAAGTGTGATGAACTTGCTGATCAAT : 450
 
46
 
 
47
 151 : heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl : 171
 
48
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
49
       heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl
 
50
 451 : TTCCTGAAGCGTTTGTAGAAATTCAAGAACTTAAGGATCAAATATATGAACGACAAAGATACGA : 513
 
51
 
 
52
 172 : uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln : 192
 
53
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
54
       uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln
 
55
 514 : ATTACAATATGATTATATGTTTTATAAGTTTTTCGTGCTATTAGATATTTATAGAAAAGTGCAA : 576
 
56
 
 
57
 193 : AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln*** : 204
 
58
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
59
       AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln***
 
60
 577 : GCATTTGATGAAACACGTGAAGAACATGAGCAGTGA : 614
 
61
 
 
62
vulgar: SJCHGC00851 0 204 . SJCHGC00851 2 614 + 1059 M 204 612
 
63
-- completed exonerate analysis