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Viewing changes to Bio/Tools/EUtilities/Link/LinkSet.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

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removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/EUtilities/Link/LinkSet.pm
1
 
# $Id: LinkSet.pm 15163 2008-12-15 18:39:09Z cjfields $
 
1
# $Id: LinkSet.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet
4
4
#
 
5
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
6
#
5
7
# Cared for by Chris Fields
6
8
#
7
9
# Copyright Chris Fields
14
16
 
15
17
=head1 NAME
16
18
 
17
 
Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet
 
19
Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet - class for EUtils LinkSets
18
20
 
19
21
=head1 SYNOPSIS
20
22
 
37
39
  bioperl-l@lists.open-bio.org               - General discussion
38
40
  http://www.bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
39
41
 
 
42
=head2 Support 
 
43
 
 
44
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
45
 
 
46
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
47
 
 
48
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
49
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
50
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
51
with code and data examples if at all possible.
 
52
 
40
53
=head2 Reporting Bugs
41
54
 
42
55
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to
47
60
 
48
61
=head1 AUTHOR 
49
62
 
50
 
Email cjfields at uiuc dot edu
 
63
Email cjfields at bioperl dot org
51
64
 
52
65
=head1 APPENDIX
53
66
 
220
233
=cut
221
234
 
222
235
sub get_link_name {
223
 
    return ($_[0]->get_linknames)[0];
 
236
    return ($_[0]->get_link_names)[0];
224
237
}
225
238
 
226
239
=head2 get_submitted_ids
467
480
 
468
481
sub _add_submitted_ids {
469
482
    my ($self, $data) = @_;
470
 
    @{$self->{'_submitted_ids'}} = @{$data->{IdList}->{Id}} ;
 
483
    if (exists $data->{IdList}->{Id}) {
 
484
        @{$self->{'_submitted_ids'}} = @{$data->{IdList}->{Id}} ;
 
485
    }
471
486
}
472
487
 
473
488
sub _add_retrieved_ids {