← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/dpAlign.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/dpAlign.pm
1
 
## $Id: dpAlign.pm 14780 2008-08-02 03:56:53Z ymc $
 
1
## $Id: dpAlign.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
 
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::dpAlign
4
4
#
 
5
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
6
#
5
7
# Cared for by Yee Man Chan <ymc@yahoo.com>
6
8
#
7
9
# Copyright Yee Man Chan
130
132
BLOSUM62 by default. Currently the substitution matrix is not
131
133
configurable.
132
134
 
 
135
Note: If you supply LocatableSeq objects to pairwise_alignment,
 
136
pairwise_alignment_score, align_and_show or sequence_profile and
 
137
the sequence supplied contains gaps, these functions will treat 
 
138
these sequences as if they are without gaps.
 
139
 
133
140
=head1 DEPENDENCIES
134
141
 
135
142
This package comes with the main bioperl distribution. You also need
167
174
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
168
175
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
169
176
 
 
177
=head2 Support 
 
178
 
 
179
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
180
 
 
181
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
182
 
 
183
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
184
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
185
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
186
with code and data examples if at all possible.
 
187
 
170
188
=head2 Reporting Bugs
171
189
 
172
190
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
324
342
        $self->warn("cannot create sequence profile with length less than 2");
325
343
        return;
326
344
    }
 
345
    if ($seq1->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
346
       my $seqstr = $seq1->seq;
 
347
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
348
       $seq1 = Bio::Seq->new(-id => $seq1->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq1->alphabet);
 
349
    }
327
350
    # create engine objects
328
351
    $seq1->display_id('seq1') unless ( defined $seq1->id() );
329
352
 
368
391
        $self->warn("cannot align sequences with length less than 2");
369
392
        return;
370
393
    }
 
394
    if ($seq2->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
395
       my $seqstr = $seq2->seq;
 
396
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
397
       $seq2 = Bio::Seq->new(-id => $seq2->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq2->alphabet);
 
398
    }
371
399
    $self->set_memory_and_report();
372
400
    # create engine objects
373
401
    $seq2->display_id('seq2') unless ( defined $seq2->id() );
411
439
        $self->warn("cannot align sequences with length less than 2");
412
440
        return;
413
441
    }
 
442
    if ($seq1->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
443
       my $seqstr = $seq1->seq;
 
444
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
445
       $seq1 = Bio::Seq->new(-id => $seq1->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq1->alphabet);
 
446
    }
 
447
    if ($seq2->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
448
       my $seqstr = $seq2->seq;
 
449
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
450
       $seq2 = Bio::Seq->new(-id => $seq2->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq2->alphabet);
 
451
    }
414
452
    $self->set_memory_and_report();
415
453
    # create engine objects
416
454
    $seq1->display_id('seq1') unless ( defined $seq1->id() );
471
509
        $self->warn("cannot align sequences with length less than 2");
472
510
        return;
473
511
    }
 
512
    if ($seq1->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
513
       my $seqstr = $seq1->seq;
 
514
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
515
       $seq1 = Bio::Seq->new(-id => $seq1->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq1->alphabet);
 
516
    }
 
517
    if ($seq2->isa('Bio::LocatableSeq')) {
 
518
       my $seqstr = $seq2->seq;
 
519
       $seqstr =~ s/\-//g;
 
520
       $seq2 = Bio::Seq->new(-id => $seq2->id, -seq => $seqstr, -alphabet => $seq2->alphabet);
 
521
    }
474
522
    $self->set_memory_and_report();
475
523
    # create engine objects
476
524
    $seq1->display_id('seq1') unless ( defined $seq1->id() );