← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/bioperl/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/DB/GenBank.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/DB/GenBank.pm
1
 
# $Id: GenBank.pm 15052 2008-12-01 08:47:39Z heikki $
 
1
# $Id: GenBank.pm 16139 2009-09-18 21:11:23Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::DB::GenBank
4
4
#
 
5
# Please direct questions and support issues to <bioperl-l@bioperl.org> 
 
6
#
5
7
# Cared for by Aaron Mackey <amackey@virginia.edu>
6
8
#
7
9
# Copyright Aaron Mackey
129
131
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
130
132
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
131
133
 
 
134
=head2 Support 
 
135
 
 
136
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
137
 
 
138
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
139
 
 
140
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
141
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
142
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
143
with code and data examples if at all possible.
 
144
 
132
145
=head2 Reporting Bugs
133
146
 
134
147
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
244
257
  Function: Gets a Seq object by accession numbers
245
258
  Returns : a Bio::Seq object
246
259
  Args    : the accession number as a string
247
 
  Note    : For GenBank, this just calls the same code for get_Seq_by_id()
 
260
  Note    : For GenBank, this just calls the same code for get_Seq_by_id().
 
261
            Caveat: this normally works, but in rare cases simply passing the
 
262
            accession can lead to odd results, possibly due to unsynchronized
 
263
            NCBI ID servers. Using get_Seq_by_version() is slightly better, but
 
264
            using the unique identifier (GI) and get_Seq_by_id is the most
 
265
            consistent
248
266
  Throws  : "id does not exist" exception
249
267
 
250
268
=head2 get_Seq_by_gi
263
281
 Function: Gets a Bio::Seq object by sequence version
264
282
 Returns : A Bio::Seq object
265
283
 Args    : accession.version (as a string)
 
284
 Note    : Caveat: this normally works, but using the unique identifier (GI) and
 
285
           get_Seq_by_id is the most consistent
266
286
 Throws  : "acc.version does not exist" exception
267
287
 
268
288
=head1 Routines implemented by Bio::DB::NCBIHelper