← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/PopGen/Genotype.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/PopGen/Genotype.pm
112
112
  my($class,@args) = @_;
113
113
 
114
114
  my $self = $class->SUPER::new(@args);
115
 
  my ($marker_name, $ind_id, $alleles) = $self->_rearrange([qw(MARKER_NAME
 
115
  my ($marker_name, $marker_type, $ind_id, $alleles) = $self->_rearrange([qw(MARKER_NAME
 
116
                                                               MARKER_TYPE
116
117
                                                               INDIVIDUAL_ID
117
118
                                                               ALLELES)],@args);
118
119
  defined $marker_name && $self->marker_name($marker_name);
 
120
  defined $marker_type && $self->marker_type($marker_type);
119
121
  defined $ind_id      && $self->individual_id($ind_id);
120
122
  if( defined $alleles ) {
121
123
      if( ref($alleles) =~ /array/i ) {
145
147
    return $self->{'_marker_name'};
146
148
}
147
149
 
 
150
=head2 marker_type
 
151
 
 
152
 Title   : marker_type
 
153
 Usage   : my $name = $genotype->marker_type();
 
154
 Function: Get the marker type for a genotype result
 
155
 Returns : M (microsatellite, or other multi-allelic 
 
156
           locus) or S (biallelic/SNP locus)
 
157
 Args    : [optional] marker type value to store
 
158
 
 
159
 
 
160
=cut
 
161
 
 
162
sub marker_type{
 
163
    my ($self) = shift;
 
164
    return $self->{'_marker_type'} = shift if @_;
 
165
    return $self->{'_marker_type'};
 
166
}
 
167
 
 
168
 
148
169
=head2 individual_id
149
170
 
150
171
 Title   : individual_id