← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Assembly/core.t

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Assembly/core.t
93
93
    -file   => test_input_file('assembly_with_singlets.ace'),
94
94
    -format => 'ace-consed',
95
95
);
96
 
is( $aio->variant, 'consed'  );
 
96
is $aio->variant, 'consed', 'consed';
97
97
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new(
98
98
    -file   => test_input_file('assembly_with_singlets.ace'),
99
99
    -format => 'ace',
100
100
);
101
 
is( $aio->variant, 'consed'  );
102
 
ok( $aio->variant('454')     );
103
 
is( $aio->variant, '454'     );
 
101
is $aio->variant, 'consed';
 
102
ok $aio->variant('454');
 
103
is $aio->variant, '454';
104
104
 
105
105
#
106
106
# Some PHRAP input
109
109
my $in = Bio::Assembly::IO->new
110
110
    (-file => test_input_file('consed_project','edit_dir','test_project.phrap.out'),
111
111
     -verbose => -1);
112
 
isa_ok($in, 'Bio::Assembly::IO');
 
112
isa_ok $in, 'Bio::Assembly::IO';
113
113
while (my $contig = $in->next_contig) {
114
114
    isa_ok($contig, 'Bio::Assembly::Contig');
115
115
}
117
117
$in = Bio::Assembly::IO->new
118
118
    (-file => test_input_file('consed_project','edit_dir','test_project.phrap.out'),
119
119
     -verbose => -1);
120
 
isa_ok($in, 'Bio::Assembly::IO');
 
120
isa_ok $in, 'Bio::Assembly::IO';
121
121
my $sc;
122
122
TODO: {
123
123
    local $TODO = "phrap parser doesn't include the sequence string in the sequence objects.";
124
124
    $in->verbose(2);
125
125
    eval {$sc = $in->next_assembly};
126
 
    ok(!$@);
 
126
    ok !$@;
127
127
}
128
128
 
129
129
$in->verbose(-1);
130
130
$in = Bio::Assembly::IO->new
131
131
    (-file => test_input_file('consed_project','edit_dir','test_project.phrap.out'),
132
132
     -verbose => -1);
133
 
ok($sc = $in->next_assembly);
134
 
isa_ok($sc, 'Bio::Assembly::Scaffold');
 
133
ok $sc = $in->next_assembly;
 
134
isa_ok $sc, 'Bio::Assembly::Scaffold';
135
135
 
136
136
 
137
137
#
145
145
is $sc->annotation->get_all_annotation_keys, 0,"no annotations in Annotation collection?";
146
146
is $sc->get_nof_contigs, 1;
147
147
is $sc->get_nof_sequences_in_contigs, 2;
148
 
is($sc->get_nof_singlets, 2, "get_nof_singlets");
149
 
is($sc->get_contig_seq_ids, 2, "get_contig_seq_ids");
150
 
is($sc->get_contig_ids, 1, "get_contig_ids");
151
 
is($sc->get_singlet_ids, 2, "get_singlet_ids");
 
148
is $sc->get_nof_singlets, 2, "get_nof_singlets";
 
149
is $sc->get_contig_seq_ids, 2, "get_contig_seq_ids";
 
150
is $sc->get_contig_ids, 1, "get_contig_ids";
 
151
is $sc->get_singlet_ids, 2, "get_singlet_ids";
152
152
 
153
153
my @phrap_contigs = $sc->all_contigs();
154
154
isa_ok $phrap_contigs[0], "Bio::Assembly::Contig",'the contig is a Bio::Assembly::Contig';
157
157
isa_ok $singlets[0], "Bio::Assembly::Singlet", 'the singlet is a Bio::Assembly::Singlet';
158
158
 
159
159
my @contig_seq_ids;
160
 
ok(@contig_seq_ids = $sc->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids");
161
 
is(@contig_seq_ids, 2);
 
160
ok @contig_seq_ids = $sc->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids";
 
161
is @contig_seq_ids, 2;
162
162
for my $contig_seq_id (@contig_seq_ids) {
163
 
  ok (not $contig_seq_id =~ m/contig/i);
 
163
  ok not $contig_seq_id =~ m/contig/i;
164
164
}
165
165
my @contig_ids;
166
 
ok(@contig_ids = $sc->get_contig_ids, "get_contig_ids");
167
 
is(@contig_ids, 1);
 
166
ok @contig_ids = $sc->get_contig_ids, "get_contig_ids";
 
167
is @contig_ids, 1;
168
168
for my $contig_id (@contig_ids) {
169
 
  ok (not $contig_id =~ m/contig/i);
 
169
  ok not $contig_id =~ m/contig/i;
170
170
}
171
171
my @singlet_ids;
172
 
ok(@singlet_ids = $sc->get_singlet_ids, "get_singlet_ids");
173
 
is(@singlet_ids, 2);
 
172
ok @singlet_ids = $sc->get_singlet_ids, "get_singlet_ids";
 
173
is @singlet_ids, 2;
174
174
for my $singlet_id (@singlet_ids) {
175
 
  ok (not $singlet_id =~ m/contig/i);
 
175
  ok not $singlet_id =~ m/contig/i;
176
176
}
177
177
my @all_seq_ids;
178
 
ok(@all_seq_ids = $sc->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids");
 
178
ok @all_seq_ids = $sc->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids";
179
179
for my $seq_id (@all_seq_ids) {
180
 
  ok (not $seq_id =~ m/contig/i);
 
180
  ok not $seq_id =~ m/contig/i;
181
181
}
182
 
is(@all_seq_ids, 4);
 
182
is @all_seq_ids, 4;
183
183
 
184
184
#
185
185
# Testing ContigAnalysis
225
225
 
226
226
is $assembly->get_nof_contigs, 1;
227
227
is $assembly->get_nof_sequences_in_contigs, 2;
228
 
is($assembly->get_nof_singlets, 0, "get_nof_singlets");
229
 
is($assembly->get_contig_seq_ids, 2, "get_contig_seq_ids");
230
 
is($assembly->get_contig_ids, 1, "get_contig_ids");
231
 
is($assembly->get_singlet_ids, 0, "get_singlet_ids");
 
228
is $assembly->get_nof_singlets, 0, "get_nof_singlets";
 
229
is $assembly->get_contig_seq_ids, 2, "get_contig_seq_ids";
 
230
is $assembly->get_contig_ids, 1, "get_contig_ids";
 
231
is $assembly->get_singlet_ids, 0, "get_singlet_ids";
232
232
 
233
233
$aio = Bio::Assembly::IO->new(
234
234
    -file   => test_input_file('assembly_with_singlets.ace'),
256
256
is $test_reads[1], '5762101';
257
257
 
258
258
is $assembly->get_nof_sequences_in_contigs, 6;
259
 
is($assembly->get_nof_singlets, 33, "get_nof_singlets");
 
259
is $assembly->get_nof_singlets, 33, "get_nof_singlets";
260
260
@singlets = $assembly->all_singlets();
261
261
isa_ok $singlets[0], "Bio::Assembly::Contig", 'the singlet is a Bio::Assembly::Contig';
262
262
isa_ok $singlets[0], "Bio::Assembly::Singlet", 'the singlet is a Bio::Assembly::Singlet';
263
 
ok(@contig_seq_ids = $assembly->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids");
264
 
is(@contig_seq_ids, 6);
 
263
ok @contig_seq_ids = $assembly->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids";
 
264
is @contig_seq_ids, 6;
265
265
for my $contig_seq_id (@contig_seq_ids) {
266
 
  ok (not $contig_seq_id =~ m/contig/i);
 
266
  ok not $contig_seq_id =~ m/contig/i;
267
267
}
268
 
ok(@contig_ids = $assembly->get_contig_ids, "get_contig_ids");
269
 
is(@contig_ids, 3);
 
268
ok @contig_ids = $assembly->get_contig_ids, "get_contig_ids";
 
269
is @contig_ids, 3;
270
270
for my $contig_id (@contig_ids) {
271
 
  ok ($contig_id =~ m/contig/i);
 
271
  ok $contig_id =~ m/contig/i;
272
272
}
273
 
ok(@singlet_ids = $assembly->get_singlet_ids, "get_singlet_ids");
274
 
is(@singlet_ids, 33);
 
273
ok @singlet_ids = $assembly->get_singlet_ids, "get_singlet_ids";
 
274
is @singlet_ids, 33;
275
275
for my $singlet_id (@singlet_ids) {
276
 
  ok ($singlet_id =~ m/contig/i);
 
276
  ok $singlet_id =~ m/contig/i;
277
277
}
278
 
ok(@all_seq_ids = $assembly->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids");
 
278
ok @all_seq_ids = $assembly->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids";
279
279
for my $seq_id (@all_seq_ids) {
280
 
  ok (not $seq_id =~ m/contig/i);
 
280
  ok not $seq_id =~ m/contig/i;
281
281
}
282
282
is(@all_seq_ids, 39);
283
283
 
284
284
# bug 2758
285
 
ok( $aio = Bio::Assembly::IO->new(
 
285
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new(
286
286
    -file=>test_input_file('singlet_w_CT.ace'),
287
287
    -format=>'ace'
288
 
));
 
288
);
289
289
 
290
290
# ACE 454 variant
291
291
$aio = Bio::Assembly::IO->new(
311
311
my $right_pad_length = 81;
312
312
my $consensus_length = $left_pad_length + $sequence_length + $right_pad_length;
313
313
my $cons_seq  = $contig->get_consensus_sequence->seq;
314
 
is( length $cons_seq, $consensus_length );
 
314
is length $cons_seq, $consensus_length;
315
315
$cons_seq =~ m/^(-*).*?(-*)$/;
316
 
is( length $1, $left_pad_length, '454 ACE variant consensus check' );
317
 
is( length $2, $right_pad_length );
 
316
is length $1, $left_pad_length, '454 ACE variant consensus check';
 
317
is length $2, $right_pad_length;
318
318
my $cons_qual = $contig->get_consensus_quality->qual;
319
 
is( scalar @$cons_qual, $consensus_length );
 
319
is scalar @$cons_qual, $consensus_length;
320
320
$cons_qual = join ' ', @{$contig->get_consensus_quality->qual};
321
321
my $lpad = $left_pad_length x '0 ';
322
322
my $rpad = $right_pad_length x '0 ';
323
323
$cons_qual =~ m/^($lpad).*($rpad)$/;
324
 
ok( defined $1 );
325
 
ok( defined $2 );
 
324
ok defined $1;
 
325
ok defined $2;
326
326
 
327
327
# Writing ACE files
328
328
my $asm_infile  = '27-contig_Newbler.ace';
374
374
);
375
375
 
376
376
my $scaf_in = $asm_in->next_assembly;
377
 
isa_ok($scaf_in, 'Bio::Assembly::Scaffold');
378
 
is($scaf_in->id, 'NoName');
379
 
is($scaf_in->get_nof_contigs, 13);
380
 
is($scaf_in->get_nof_sequences_in_contigs, 36);
381
 
is($scaf_in->get_nof_singlets, 1);
 
377
isa_ok $scaf_in, 'Bio::Assembly::Scaffold';
 
378
is $scaf_in->id, 'NoName';
 
379
is $scaf_in->get_nof_contigs, 13;
 
380
is $scaf_in->get_nof_sequences_in_contigs, 36;
 
381
is $scaf_in->get_nof_singlets, 1;
382
382
my @contigseqids = sort qw(sdsu|SDSU1_RFPERU_001_A09.x01.phd.1
383
383
sdsu|SDSU1_RFPERU_001_B03.x01.phd.1 sdsu|SDSU1_RFPERU_001_B04.x01.phd.1
384
384
sdsu|SDSU1_RFPERU_001_E04.x01.phd.1 sdsu|SDSU_RFPERU_002_A01.x01.phd.1
401
401
my @contigids     = sort qw(106 144 148 17 185 2 210 36 453 500 613 668 93);
402
402
my @singletids    = sort qw(123);
403
403
my @singletseqids = sort qw(asdf);
404
 
is_deeply([sort $scaf_in->get_contig_seq_ids], \@contigseqids);
405
 
is_deeply([sort $scaf_in->get_contig_ids],     \@contigids   );
406
 
is_deeply([sort $scaf_in->get_singlet_ids],    \@singletids  );
407
 
isa_ok($scaf_in->get_seq_by_id('sdsu|SDSU1_RFPERU_001_A09.x01.phd.1'),'Bio::LocatableSeq');
 
404
is_deeply [sort $scaf_in->get_contig_seq_ids], \@contigseqids;
 
405
is_deeply [sort $scaf_in->get_contig_ids],     \@contigids   ;
 
406
is_deeply [sort $scaf_in->get_singlet_ids],    \@singletids  ;
 
407
isa_ok $scaf_in->get_seq_by_id('sdsu|SDSU1_RFPERU_001_A09.x01.phd.1'),'Bio::LocatableSeq';
408
408
$contig = $scaf_in->get_contig_by_id('106');
409
 
isa_ok($contig,'Bio::Assembly::Contig');
 
409
isa_ok $contig,'Bio::Assembly::Contig';
410
410
 
411
411
# check Contig object SeqFeature::Collection
412
412
# should add more specific Contig tests...
413
413
my @sfs = $contig->get_features_collection->features; # 5 contig features + 2 seqfeatures
414
 
is(scalar @sfs, 7);
415
 
is($sfs[1]->seq_id(), undef); # should this be undef?
416
 
ok( $contig->get_features_collection->get_features_by_type('_aligned_coord:sdsu|SDSU_RFPERU_006_E04.x01.phd.1') );
417
 
isa_ok($scaf_in->annotation, 'Bio::AnnotationCollectionI');
418
 
is($scaf_in->annotation->get_all_annotation_keys, 0, "no annotations in Annotation collection?");
 
414
is scalar @sfs, 7;
 
415
is $sfs[1]->seq_id(), undef; # should this be undef?
 
416
ok $contig->get_features_collection->get_features_by_type('_aligned_coord:sdsu|SDSU_RFPERU_006_E04.x01.phd.1');
 
417
isa_ok $scaf_in->annotation, 'Bio::AnnotationCollectionI';
 
418
is $scaf_in->annotation->get_all_annotation_keys, 0, "no annotations in Annotation collection?";
419
419
 
420
420
 
421
421
# Exporting an assembly
435
435
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new( -file => test_input_file($file),
436
436
                                  -format => 'maq' ), "init maq IO object";
437
437
ok $assembly = $aio->next_assembly, "get maq assy";
438
 
is( $assembly->get_nof_contigs, 11, "got all contigs");
 
438
is $assembly->get_nof_contigs, 11, "got all contigs";
439
439
ok open(my $tf, test_input_file($file)), "read test file as text";
440
440
my @lines = <$tf>;
441
 
is( $assembly->get_nof_contig_seqs, scalar @lines, "recorded all maq reads");
 
441
is $assembly->get_nof_contig_seqs, scalar @lines, "recorded all maq reads";
442
442
ok !$assembly->get_nof_singlets, "no singlets";
443
443
 
444
444
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new( -file => test_input_file($file),
445
445
                                  -format => 'maq' );
446
 
isa_ok($aio, 'Bio::Assembly::IO');
 
446
isa_ok $aio, 'Bio::Assembly::IO';
447
447
while (my $contig = $aio->next_contig) {
448
 
    isa_ok($contig, 'Bio::Assembly::Contig');
 
448
    isa_ok $contig, 'Bio::Assembly::Contig';
449
449
}
450
450
 
451
451
#
455
455
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new( -file => test_input_file($file),
456
456
                                  -format => 'maq' );
457
457
ok $assembly = $aio->next_assembly, "get maq assy";
458
 
isa_ok($aio, 'Bio::Assembly::IO');
459
 
 
460
 
 
461
 
ok(@contig_seq_ids = $assembly->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids");
462
 
is(@contig_seq_ids, 246);
 
458
isa_ok $aio, 'Bio::Assembly::IO';
 
459
 
 
460
 
 
461
ok @contig_seq_ids = $assembly->get_contig_seq_ids, "get_contig_seq_ids";
 
462
is @contig_seq_ids, 246;
463
463
for my $contig_seq_id (@contig_seq_ids) {
464
 
  ok (not $contig_seq_id =~ m/maq_assy/i);
 
464
  ok not $contig_seq_id =~ m/maq_assy/i;
465
465
}
466
466
 
467
 
ok(@contig_ids = $assembly->get_contig_ids, "get_contig_ids");
468
 
is(@contig_ids, 37);
 
467
ok @contig_ids = $assembly->get_contig_ids, "get_contig_ids";
 
468
is @contig_ids, 37;
469
469
for my $contig_id (@contig_ids) {
470
 
  ok ($contig_id =~ m/maq_assy/i);
 
470
  ok $contig_id =~ m/maq_assy/i;
471
471
}
472
472
 
473
 
ok(@singlet_ids = $assembly->get_singlet_ids, "get_singlet_ids");
474
 
is(@singlet_ids, 4);
 
473
ok @singlet_ids = $assembly->get_singlet_ids, "get_singlet_ids";
 
474
is @singlet_ids, 4;
475
475
for my $singlet_id (@singlet_ids) {
476
 
  ok ($singlet_id =~ m/maq_assy/i);
 
476
  ok $singlet_id =~ m/maq_assy/i;
477
477
}
478
478
 
479
 
ok(@all_seq_ids = $assembly->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids");
 
479
ok @all_seq_ids = $assembly->get_all_seq_ids, "get_all_seq_ids";
480
480
for my $seq_id (@all_seq_ids) {
481
 
  ok (not $seq_id =~ m/maq_assy/i);
 
481
  ok not $seq_id =~ m/maq_assy/i;
482
482
}
483
 
is(@all_seq_ids, 250);
 
483
is @all_seq_ids, 250;
484
484
 
485
485
ok $aio = Bio::Assembly::IO->new( -file => test_input_file($file),
486
486
                                  -format => 'maq' );
487
487
while (my $contig = $aio->next_contig) {
488
 
    isa_ok($contig, 'Bio::Assembly::Contig');
 
488
    isa_ok $contig, 'Bio::Assembly::Contig';
489
489
}
490
490
 
491
491
exit;