← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/seq/bp_extract_feature_seq.pl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/seq/bp_extract_feature_seq.pl
 
1
#!perl
 
2
use strict;
 
3
use warnings;
 
4
use Bio::SeqIO;
 
5
use Getopt::Long;
 
6
# Author Jason Stajich <jason@bioperl.org>
 
7
 
 
8
=head1 NAME
 
9
 
 
10
bp_extract_feature_seq - extract the corresponding sequence for a specified feature type
 
11
 
 
12
=head1 SYNOPSIS
 
13
 
 
14
bp_extract_feature_seq [--format FORMAT] [--feature CDS] [--output FILE] [--input] FILE
 
15
 
 
16
=head1 DESCRIPTION
 
17
 
 
18
This script will extract the sequence for all the features you specify.
 
19
 
 
20
=head1 OPTIONS
 
21
 
 
22
=over
 
23
 
 
24
=item B<-i>, B<--input>
 
25
 
 
26
Specifies the sequence file to be read.
 
27
 
 
28
=item B<--format>
 
29
 
 
30
Format of the file specifed by B<--input>. If not given, it will try to guess the
 
31
correct format from the file extension.
 
32
 
 
33
=item B<--feature>
 
34
 
 
35
Feature to be extracted. By default, it extracts the CDS feature.
 
36
 
 
37
=item B<-o>, B<--output>
 
38
 
 
39
File where the extracted features will be saved. If not specified, STDOUT is used.
 
40
 
 
41
=back
 
42
 
 
43
=head1 FEEDBACK
 
44
 
 
45
=head2 Mailing Lists
 
46
 
 
47
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
 
48
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
 
49
the Bioperl mailing list. Your participation is much appreciated.
 
50
 
 
51
  L<bioperl-l@bioperl.org>                  - General discussion
 
52
  L<http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists>  - About the mailing lists
 
53
 
 
54
=head2 Reporting Bugs
 
55
 
 
56
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
 
57
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
 
58
email or the web:
 
59
 
 
60
  L<https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/>
 
61
 
 
62
=head1 AUTHOR
 
63
 
 
64
 Jason Stajich <jason-at-bioperl-dot-org>
 
65
 
 
66
=cut
 
67
 
 
68
my ($input,$format,$featuretype,$output);
 
69
$featuretype ='CDS';
 
70
GetOptions(
 
71
           'i|input:s' => \$input,
 
72
           'format:s'  => \$format,
 
73
           'feature:s' => \$featuretype,
 
74
           'o|output:s'=> \$output);
 
75
 
 
76
$input || shift if @ARGV;
 
77
 
 
78
my $in = new Bio::SeqIO(-file => $input,
 
79
                        -format => $format);
 
80
my $out;
 
81
if ($output ) {
 
82
    $out = new Bio::SeqIO(-file => ">$output", -format => 'fasta');
 
83
} else { 
 
84
    $out = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta'); # use STDOUT for output
 
85
}
 
86
 
 
87
my $count = 1;
 
88
while( my $seq = $in->next_seq ) {
 
89
    foreach my $f ( grep { $_->primary_tag =~ /$featuretype/i }
 
90
                    $seq->get_SeqFeatures ) {
 
91
        my $s = $f->spliced_seq;
 
92
        if( $featuretype =~ /gene|CDS/ ) {
 
93
            $s->display_id($f->has_tag('gene') ? join(',',sort $f->each_tag_value('gene')) :
 
94
                           $f->has_tag('label') ? join(',',$f->each_tag_value('label')): 
 
95
                           $s->display_id);
 
96
        } else {
 
97
            $s->display_id(sprintf("%s_%s_%d",
 
98
                                   $seq->display_id,
 
99
                                   $f->primary_tag,
 
100
                                   $count++));
 
101
        }
 
102
        $out->write_seq($s);
 
103
    }
 
104
}