← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tools/EUtilities/elink_acheck.t

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tools/EUtilities/elink_acheck.t
1
 
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2
 
# $Id: epost.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
3
 
 
4
 
use strict;
5
 
use warnings;
6
 
 
7
 
BEGIN {
8
 
    use lib '.';
9
 
        use Bio::Root::Test;
10
 
        
11
 
        test_begin(-tests => 130,
12
 
                           -requires_module => 'XML::Simple');
13
 
        
14
 
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
15
 
    use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
16
 
}
17
 
 
18
 
# check -correspondence => 0 (default) - this is set up to return the
19
 
# exact same thing as correspondece = 1, tested below)
20
 
my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
21
 
    -eutil      => 'elink',
22
 
    -file       => test_input_file('eutils','elink_acheck.xml'));
23
 
 
24
 
isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
25
 
is(join(',',$eutil->get_databases), 'LinkOut,cdd,gene,genome,genomeprj,'.
26
 
   'nuccore,pmc,protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
27
 
 
28
 
# for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
29
 
is(join(',',$eutil->get_ids('cdd')), '730439,68536103,1621261,20807972', 'get_ids');
30
 
is(join(',',$eutil->get_ids('LinkOut')), '730439,1621261,20807972', 'get_ids');
31
 
my @ls = $eutil->get_LinkSets;
32
 
is(scalar(@ls), 4, 'uncorrelated LinkSets lump everything together');
33
 
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
34
 
   'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
35
 
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
36
 
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
37
 
 
38
 
# check data in LinkSets
39
 
is(join(',',$ls[0]->get_ids), '730439');
40
 
is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'LinkOut,cdd,pmc,protein,pubmed,structure,'.
41
 
   'taxonomy');
42
 
is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439');
43
 
is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
44
 
is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
45
 
   'protein_cdd_summary,protein_pmc,protein_protein,'.
46
 
   'protein_protein_cdart_summary,protein_protein_identical,protein_pubmed,'.
47
 
   'protein_structure_related,protein_taxonomy,ExternalLink');
48
 
is($ls[0]->has_scores, 0);
49
 
is($ls[0]->has_linkout, 1);
50
 
is($ls[0]->has_neighbor, 0);
51
 
my @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
52
 
is(scalar(@info), 11);
53
 
is($info[1]->get_database, 'cdd');
54
 
is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
55
 
is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
56
 
is($info[1]->get_link_description, undef);
57
 
is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
58
 
is($info[1]->get_priority, 128);
59
 
is($info[1]->get_html_tag, undef);
60
 
is($info[1]->get_url, undef);
61
 
 
62
 
is($info[10]->get_database, 'LinkOut');
63
 
is($info[10]->get_dbfrom, 'protein');
64
 
is($info[10]->get_link_name, 'ExternalLink');
65
 
is($info[10]->get_link_description, undef);
66
 
is($info[10]->get_link_menu_name, 'LinkOut');
67
 
is($info[10]->get_priority, 255);
68
 
is($info[10]->get_html_tag, 'LinkOut');
69
 
is($info[10]->get_url, undef);
70
 
 
71
 
# no UrlLinks
72
 
my @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
73
 
is(scalar(@urls), 0);
74
 
 
75
 
# HistoryI
76
 
is($ls[0]->get_webenv, undef);
77
 
is($ls[0]->get_query_key, undef);
78
 
 
79
 
is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
80
 
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
81
 
   'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
82
 
is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
83
 
is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
84
 
   'protein_cdd_summary,protein_gene,protein_genome,protein_genomeprj,'.
85
 
   'protein_nuccore,protein_pmc,protein_protein,protein_protein_cdart_summary,'.
86
 
   'protein_protein_identical,protein_proteinclusters,protein_pubmed,'.
87
 
   'protein_pubmed_refseq,protein_structure_related,protein_taxonomy');
88
 
is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
89
 
is($ls[1]->has_scores, 0);
90
 
is($ls[1]->has_linkout, 0);
91
 
is($ls[1]->has_neighbor, 0);
92
 
@info = $ls[1]->get_LinkInfo;
93
 
is(scalar(@info), 16);
94
 
is($info[1]->get_database, 'cdd');
95
 
is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
96
 
is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
97
 
is($info[1]->get_link_description, undef);
98
 
is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
99
 
is($info[1]->get_priority, 128);
100
 
is($info[1]->get_html_tag, undef);
101
 
is($info[1]->get_url, undef);
102
 
is($info[14]->get_database, 'structure');
103
 
is($info[14]->get_dbfrom, 'protein');
104
 
is($info[14]->get_link_name, 'protein_structure_related');
105
 
is($info[14]->get_link_description, undef);
106
 
is($info[14]->get_link_menu_name, undef);
107
 
is($info[14]->get_priority, 128);
108
 
is($info[14]->get_html_tag, 'Related Structure');
109
 
# Note the UID tag at end
110
 
is($info[14]->get_url, 'http://structure.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/'.
111
 
   'cblast.cgi?client=entrez&query_gi=<@UID@>');
112
 
 
113
 
# no UrlLinks
114
 
@urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
115
 
is(scalar(@urls), 0);
116
 
 
117
 
# HistoryI
118
 
is($ls[1]->get_webenv, undef);
119
 
is($ls[1]->get_query_key, undef);
120
 
 
121
 
# check -correspondence => 1
122
 
$eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
123
 
    -eutil      => 'elink',
124
 
    -file       => test_input_file('eutils','elink_acheck.xml'));
125
 
 
126
 
isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
127
 
is(join(',',$eutil->get_databases), 'LinkOut,cdd,gene,genome,genomeprj,'.
128
 
   'nuccore,pmc,protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
129
 
 
130
 
# for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
131
 
is(join(',',$eutil->get_ids('cdd')), '730439,68536103,1621261,20807972', 'get_ids');
132
 
is(join(',',$eutil->get_ids('LinkOut')), '730439,1621261,20807972', 'get_ids');
133
 
@ls = $eutil->get_LinkSets;
134
 
is(scalar(@ls), 4, 'correlated LinkSets separate ID data');
135
 
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
136
 
   'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
137
 
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
138
 
isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
139
 
 
140
 
# check data in LinkSets
141
 
is(join(',',$ls[0]->get_ids), '730439');
142
 
is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'LinkOut,cdd,pmc,protein,pubmed,structure,'.
143
 
   'taxonomy');
144
 
is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439');
145
 
is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
146
 
   'protein_cdd_summary,protein_pmc,protein_protein,'.
147
 
   'protein_protein_cdart_summary,protein_protein_identical,'.
148
 
   'protein_pubmed,protein_structure_related,protein_taxonomy,ExternalLink');
149
 
is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
150
 
is($ls[0]->has_scores, 0);
151
 
is($ls[0]->has_linkout, 1);
152
 
is($ls[0]->has_neighbor, 0);
153
 
@info = $ls[0]->get_LinkInfo;
154
 
is(scalar(@info), 11);
155
 
is($info[1]->get_database, 'cdd');
156
 
is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
157
 
is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
158
 
is($info[1]->get_link_description, undef);
159
 
is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
160
 
is($info[1]->get_priority, 128);
161
 
is($info[1]->get_html_tag, undef);
162
 
is($info[1]->get_url, undef);
163
 
 
164
 
is($info[10]->get_database, 'LinkOut');
165
 
is($info[10]->get_dbfrom, 'protein');
166
 
is($info[10]->get_link_name, 'ExternalLink');
167
 
is($info[10]->get_link_description, undef);
168
 
is($info[10]->get_link_menu_name, 'LinkOut');
169
 
is($info[10]->get_priority, 255);
170
 
is($info[10]->get_html_tag, 'LinkOut');
171
 
is($info[10]->get_url, undef);
172
 
 
173
 
# no UrlLinks
174
 
@urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
175
 
is(scalar(@urls), 0);
176
 
 
177
 
# HistoryI
178
 
is($ls[0]->get_webenv, undef);
179
 
is($ls[0]->get_query_key, undef);
180
 
 
181
 
is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
182
 
is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
183
 
   'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
184
 
is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
185
 
is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
186
 
is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
187
 
   'protein_cdd_summary,protein_gene,protein_genome,protein_genomeprj,'.
188
 
   'protein_nuccore,protein_pmc,protein_protein,protein_protein_cdart_summary,'.
189
 
   'protein_protein_identical,protein_proteinclusters,protein_pubmed,'.
190
 
   'protein_pubmed_refseq,protein_structure_related,protein_taxonomy');
191
 
is($ls[1]->has_scores, 0);
192
 
is($ls[1]->has_linkout, 0);
193
 
is($ls[1]->has_neighbor, 0);
194
 
@info = $ls[1]->get_LinkInfo;
195
 
is(scalar(@info), 16);
196
 
is($info[1]->get_database, 'cdd');
197
 
is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
198
 
is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
199
 
is($info[1]->get_link_description, undef);
200
 
is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
201
 
is($info[1]->get_priority, 128);
202
 
is($info[1]->get_html_tag, undef);
203
 
is($info[1]->get_url, undef);
204
 
is($info[14]->get_database, 'structure');
205
 
is($info[14]->get_dbfrom, 'protein');
206
 
is($info[14]->get_link_name, 'protein_structure_related');
207
 
is($info[14]->get_link_description, undef);
208
 
is($info[14]->get_link_menu_name, undef);
209
 
is($info[14]->get_priority, 128);
210
 
is($info[14]->get_html_tag, 'Related Structure');
211
 
# Note the UID tag at end
212
 
is($info[14]->get_url, 'http://structure.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/'.
213
 
   'cblast.cgi?client=entrez&query_gi=<@UID@>');
214
 
 
215
 
# no UrlLinks
216
 
@urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
217
 
is(scalar(@urls), 0);
218
 
 
219
 
# HistoryI
220
 
is($ls[1]->get_webenv, undef);
221
 
is($ls[1]->get_query_key, undef);
222