← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/utilities/bp_dbsplit.pl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/utilities/bp_dbsplit.pl
 
1
#!perl
 
2
#-*-Perl-*-
 
3
 
 
4
=head1 NAME
 
5
 
 
6
bp_dbsplit - script to split an input set of database(s) into smaller pieces
 
7
 
 
8
=head1 SYNOPSIS
 
9
 
 
10
  bp_dbsplit.PLS --size 50 [-i inputfile] [-if inputformat] [-of outputformat]
 
11
              [--prefix outputprefix] [ < file1 file 2  OR file1 file2]
 
12
 
 
13
=head1 DESCRIPTION
 
14
 
 
15
This script will take as input a list of filenames or a single file or
 
16
from STDIN a sequence database and split the database into separate
 
17
files of X numbers of sequences.  You specify X with the C<--size/-s>
 
18
parameter.  The input and output sequence format is any that is
 
19
supported by bioperl (fasta,embl,genbank,gcg, swissprot, etc).
 
20
 
 
21
You can specify the input data either as a single file with -i
 
22
filename, or as a single file as an argument like
 
23
 
 
24
  % bp_dbsplit file1 file2
 
25
 
 
26
or as a list of sequence data with 
 
27
 
 
28
  % cat file1 file2 file3 | bp_dbsplit
 
29
 
 
30
You'll want to use the C<--prefix> to specify what the output prefix will
 
31
be.
 
32
 
 
33
=head1 FEEDBACK
 
34
 
 
35
=head2 Mailing Lists
 
36
 
 
37
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
 
38
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
 
39
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
 
40
 
 
41
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
42
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
 
43
 
 
44
=head2 Reporting Bugs
 
45
 
 
46
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
 
47
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
 
48
the web:
 
49
 
 
50
  https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
 
51
 
 
52
=head1 AUTHOR
 
53
 
 
54
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org
 
55
 
 
56
=cut
 
57
 
 
58
use strict;
 
59
use warnings;
 
60
use Bio::SeqIO;
 
61
use Bio::SeqIO::MultiFile;
 
62
 
 
63
use Getopt::Long;
 
64
my $dbsize = 100;
 
65
my $prefix;
 
66
my ($informat,$outformat,$infile) = ( 'fasta', 'fasta');
 
67
 
 
68
GetOptions (
 
69
            's|size:s'     => \$dbsize,
 
70
            'if:s'         => \$informat,
 
71
            'of:s'         => \$outformat,
 
72
            'i:s'          => \$infile,
 
73
            'p|prefix:s'   => \$prefix,
 
74
            
 
75
);
 
76
if( @ARGV == 1 ) {
 
77
    $infile = shift @ARGV;
 
78
}
 
79
$prefix ||= $infile || $ARGV[0] || 'db';
 
80
 
 
81
my $in;
 
82
if( @ARGV ) {
 
83
    $in = new Bio::SeqIO::MultiFile(-files => [@ARGV],
 
84
                                    -format => $informat || 'fasta');
 
85
} elsif( $infile ) {
 
86
    $in = new Bio::SeqIO(-file  => $infile,
 
87
                         -format=> $informat);
 
88
} else { 
 
89
    $in = new Bio::SeqIO(-format=> $informat);
 
90
}
 
91
my $count = 1;
 
92
my $out = new Bio::SeqIO(-format => $outformat,
 
93
                         -file   => ">$prefix.$count");
 
94
my $scount = 0;
 
95
while( my $seq = $in->next_seq ) {    
 
96
    if( ++$scount > $dbsize && $count ) { 
 
97
        $out->close();
 
98
        undef($out);
 
99
        $count++;
 
100
        $out = new Bio::SeqIO(-format => $outformat,
 
101
                              -file   => ">$prefix.$count");
 
102
        $scount = 1;
 
103
    }
 
104
    $out->write_seq($seq);
 
105
}
 
106
 
 
107
 
 
108
__END__