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Viewing changes to Bio/Search/HSP/HMMERHSP.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

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Lines of Context:
Bio/Search/HSP/HMMERHSP.pm
18
18
=head1 SYNOPSIS
19
19
 
20
20
    use Bio::Search::HSP::HMMERHSP;
21
 
    # us it just like a Bio::Search::HSP::GenericHSP object
 
21
    # use it just like a Bio::Search::HSP::GenericHSP object
22
22
 
23
23
=head1 DESCRIPTION
24
24
 
65
65
 
66
66
=cut
67
67
 
68
 
 
69
68
# Let the code begin...
70
69
 
71
 
 
72
70
package Bio::Search::HSP::HMMERHSP;
73
71
use strict;
74
72
 
82
80
 Returns : Bio::Search::HSP::HMMERHSP
83
81
 Args    :
84
82
 
85
 
Plus Bio::Seach::HSP::GenericHSP methods
 
83
Plus Bio::Search::HSP::GenericHSP methods
86
84
 
87
 
           -algorithm => algorithm used (BLASTP, TBLASTX, FASTX, etc)
88
 
           -evalue    => evalue
89
 
           -pvalue    => pvalue
90
 
           -bits      => bit value for HSP
91
 
           -score     => score value for HSP (typically z-score but depends on
92
 
                                              analysis)
93
 
           -hsp_length=> Length of the HSP (including gaps)
94
 
           -identical => # of residues that that matched identically
95
 
           -conserved => # of residues that matched conservatively 
96
 
                           (only protein comparisions; 
97
 
                            conserved == identical in nucleotide comparisons)
98
 
           -hsp_gaps   => # of gaps in the HSP
99
 
           -query_gaps => # of gaps in the query in the alignment
100
 
           -hit_gaps   => # of gaps in the subject in the alignment    
101
 
           -query_name  => HSP Query sequence name (if available)
102
 
           -query_start => HSP Query start (in original query sequence coords)
103
 
           -query_end   => HSP Query end (in original query sequence coords)
104
 
           -hit_name    => HSP Hit sequence name (if available)
105
 
           -hit_start   => HSP Hit start (in original hit sequence coords)
106
 
           -hit_end     => HSP Hit end (in original hit sequence coords)
107
 
           -hit_length  => total length of the hit sequence
108
 
           -query_length=> total length of the query sequence
109
 
           -query_seq   => query sequence portion of the HSP
110
 
           -hit_seq     => hit sequence portion of the HSP
111
 
           -homology_seq=> homology sequence for the HSP
112
 
           -hit_frame   => hit frame (only if hit is translated protein)
113
 
           -query_frame => query frame (only if query is translated protein)
 
85
    -algorithm    => algorithm used (BLASTP, TBLASTX, FASTX, etc)
 
86
    -evalue       => evalue
 
87
    -pvalue       => pvalue
 
88
    -bits         => bit value for HSP
 
89
    -score        => score value for HSP (typically z-score but depends on
 
90
                                                   analysis)
 
91
    -hsp_length   => Length of the HSP (including gaps)
 
92
    -identical    => # of residues that that matched identically
 
93
    -conserved    => # of residues that matched conservatively 
 
94
                     (only protein comparisions - 
 
95
                     conserved == identical in nucleotide comparisons)
 
96
    -hsp_gaps     => # of gaps in the HSP
 
97
    -query_gaps   => # of gaps in the query in the alignment
 
98
    -hit_gaps     => # of gaps in the subject in the alignment    
 
99
    -query_name   => HSP Query sequence name (if available)
 
100
    -query_start  => HSP Query start (in original query sequence coords)
 
101
    -query_end    => HSP Query end (in original query sequence coords)
 
102
    -hit_name     => HSP Hit sequence name (if available)
 
103
    -hit_start    => HSP Hit start (in original hit sequence coords)
 
104
    -hit_end      => HSP Hit end (in original hit sequence coords)
 
105
    -hit_length   => total length of the hit sequence
 
106
    -query_length => total length of the query sequence
 
107
    -query_seq    => query sequence portion of the HSP
 
108
    -hit_seq      => hit sequence portion of the HSP
 
109
    -homology_seq => homology sequence for the HSP
 
110
    -hit_frame    => hit frame (only if hit is translated protein)
 
111
    -query_frame  => query frame (only if query is translated protein)
114
112
 
115
113
=cut
116
114
 
338
336
 Throws    : n/a.
339
337
 Comments  : 
340
338
 
341
 
See Also   : L<Bio::Search::BlastUtils::collapse_nums()|Bio::Search::BlastUtils>, L<Bio::Search::Hit::HitI::seq_inds()|Bio::Search::Hit::HitI>
 
339
See Also   : L<Bio::Search::BlastUtils::collapse_nums()|Bio::Search::BlastUtils>, 
 
340
L<Bio::Search::Hit::HitI::seq_inds()|Bio::Search::Hit::HitI>
342
341
 
343
342
=cut
344
343