← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/rpsblast_no_hits.bls

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/rpsblast_no_hits.bls
 
1
RPS-BLAST 2.2.18 [Mar-02-2008]
 
2
 
 
3
Database: CDD.v.2.13 
 
4
           24,083 sequences; 5,982,884 total letters
 
5
 
 
6
Searching..................................................done
 
7
 
 
8
Query= lcl|YP_134044.1|Plus1 F 4437 4742 NC_006391 hypothetical
 
9
protein {Haloarcula marismortui ATCC 43049}
 
10
         (101 letters)
 
11
 
 
12
 ***** No hits found ******
 
13
 
 
14
 
 
15
Query= lcl|YP_134045.1|Plus1 F 4742 5065 NC_006391 transcription
 
16
regulator {Haloarcula marismortui ATCC 43049}
 
17
         (107 letters)
 
18
 
 
19
 ***** No hits found ******
 
20
 
 
21
 
 
22
Query= lcl|YP_134046.1|Plus1 F 5275 5808 NC_006391 hypothetical
 
23
protein {Haloarcula marismortui ATCC 43049}
 
24
         (177 letters)
 
25
 
 
26
 ***** No hits found ******
 
27
 
 
28
 
 
29
  Database: CDD.v.2.13
 
30
    Posted date:  Nov 8, 2007  6:30 PM
 
31
  Number of letters in database: 5,982,884
 
32
  Number of sequences in database:  24,083
 
33
  
 
34
Lambda     K      H
 
35
   0.308    0.126    0.352 
 
36
 
 
37
Gapped
 
38
Lambda     K      H
 
39
   0.267   0.0606    0.140 
 
40
 
 
41
 
 
42
Matrix: BLOSUM62
 
43
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 
44
Number of Sequences: 24083
 
45
Number of Hits to DB: 200,397,591
 
46
Number of extensions: 14170162
 
47
Number of successful extensions: 17150
 
48
Number of sequences better than 1.0e-005: 6
 
49
Number of HSP's gapped: 17124
 
50
Number of HSP's successfully gapped: 29
 
51
Length of database: 5,982,884
 
52
Neighboring words threshold: 11
 
53
Window for multiple hits: 40
 
54
X1: 15 ( 6.7 bits)
 
55
X2: 38 (14.6 bits)
 
56
X3: 64 (24.7 bits)
 
57
S1: 40 (20.8 bits)
 
58
S2: 102 (43.3 bits)