~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

#!/usr/bin/perl

 

=head1 NAME

 

bp_index.pl - indexes files for use by bp_fetch.pl

 

=head1 SYNOPSIS

 

bp_index.pl index_name file1 file2 etc.

 

=head1 DESCRIPTION

 

bp_index.pl builds a bioperl index for the sequence files given in the

argument list, under the index name. For example

 

   bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

 

would build an index called 'nrdb' as the index name for the file

nrdb.fasta, and

 

   bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat

 

would build an index called swiss for all the files in /data/swiss

which end in .dat which are in EMBL format.

 

The indexes are built using the Bio/Index/* modules, in particular,

Bio::Index::EMBL and the Bio::Index::Fasta modules. Any script which

uses these modules can use the index. A good example script is bp_fetch

which fetches sequences and pipes them to STDOUT, for example

 

   bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN

 

gets the ROA1_HUMAN sequence from the swiss index and writes it as

fasta format on STDOUT.

 

=head1 OPTIONS

 

  -fmt  <format>   - Fasta (default), swiss or EMBL

  -dir  <dir>      - directory where the index files are found

                     (overrides BIOPERL_INDEX environment variable)

 

Options for expert use

 

  -type <db_type>  - DBM_file type. 

                     (overrides BIOPERL_INDEX_TYPE environment variable)

  -v               - report every index addition (debugging)

 

=head1 ENVIRONMENT

 

bp_index and bp_fetch coordinate where the databases lie using the

enviroment variable BIOPERL_INDEX. This can be overridden using the

-dir option. There is no default value, so you must use the -dir option 

or set BIOPERL_INDEX.

 

The DB type is coordinated with BIOPERL_INDEX_TYPE which if it

is not there, defaults to whatever the bioperl modules have installed,

which itself defaults to SDBM_File.

 

=head1 USING IT YOURSELF

 

bp_index.pl is a script that drives the Index modules. If you want to 

use this script heavily in your work, if it is Perl based, it is 

almost certainly better to look at the code in this script and copy

it across (probably you will be more likely to want to use the bp_fetch

code).

 

=head1 EXTENDING IT

 

bp_index is just a wrapper around James Gilbert's excellent Index modules

found in bioperl

 

=head1 FEEDBACK

 

=head2 Mailing Lists

 

User feedback is an integral part of the evolution of this and other

Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to

the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.

 

  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion

  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists

 

=head2 Reporting Bugs

 

Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track

of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the

web:

 

  https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

 

=head1 AUTHOR - Ewan Birney

 

Ewan Birney E<lt>birney@ebi.ac.ukE<gt>

 

=cut

 

#'

use strict;

 

#

# Doofus catcher for people who are trying this script without

# installing bioperl

#

 

BEGIN {

    eval {

        require Bio::Index::Fasta;

        require Bio::Index::EMBL;

        require Bio::Index::Swissprot;

        require Bio::Index::GenBank;

        require Bio::Index::SwissPfam;

    };

    if ( $@ ) {

        # one up from here is Bio directory - we hope!

        push(@INC,"..");

        eval {

            require Bio::Index::Fasta;

            require Bio::Index::EMBL;

        };

        if ( $@ ) {

            print STDERR ("\nbp_index cannot find Bio::Index::Fasta and Bio::Index::EMBL\nbp_index needs to have bioperl installed for it to run.\nBioperl is very easy to install\nSee http://bio.perl.org for more information\n\n");

            exit(1);

        } else {

            print STDERR ("\nYou are running bp_index.pl without installing bioperl.\nYou have done it from bioperl/scripts, and so we can find the necessary information\nbut it is much better to install bioperl\n\nPlease read the README in the bioperl distribution\n\n");

        }

    }

}

 

my $dir = $ENV{'BIOPERL_INDEX'};

my $type = $ENV{'BIOPERL_INDEX_TYPE'};

my $fmt = 'Fasta';

my $verbose = 0;

 

use Getopt::Long;

&GetOptions("f|fmt=s" => \$fmt,

            "d|dir=s" => \$dir,

            "t|type=s" => \$type,

            "v!" => \$verbose);

 

exec('perldoc',$0) unless @ARGV;

 

my $name = shift;

 

if( !$dir ) {

    print STDERR "\nNo directory specified for index\nDirectory must be specified by the environment varaible BIOPERL_INDEX or -dir option\ngo bp_index with no arguments for more help\n\n";

    exit(1);

}

 

#

# Reset the type if needed

#

 

if( $type ) {

   $Bio::Index::Abstract::USE_DBM_TYPE = $type;

}

#

# Rock and roll...

# 

my $index;

$_ = $fmt;

SWITCH : {

    /Fasta/i && do {

        $index = Bio::Index::Fasta->new("$dir/$name", 'WRITE');

        last;

    };

    /EMBL/i && do {

        $index = Bio::Index::EMBL->new("$dir/$name", 'WRITE');

        last;

    };

    /swisspfam|pfam/i && do {

        $index = Bio::Index::SwissPfam->new("$dir/$name", 'WRITE');

        last;

    };

    /swiss/i && do {

        $index = Bio::Index::Swissprot->new("$dir/$name", 'WRITE');

        last;

    };

    /GenBank/i && do {

        $index = Bio::Index::GenBank->new("$dir/$name", 'WRITE');

        last;

    };

    die("No index format called $fmt");

}

 

if( $verbose != 0 ) {

  $index->verbose(1);

}

 

$index->make_index(@ARGV);

 

# finished. Neat eh.

 

#

# if you are using this in a script, to 

# to force deallocation + closing of the index, go

# $index = undef;

#