← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/utilities/bp_sreformat.PLS

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/utilities/bp_sreformat.PLS
1
 
#!perl
2
 
# Author:  Jason Stajich <jason-at-bioperl-dot-org>
3
 
# Purpose: Bioperl implementation of Sean Eddy's sreformat
4
 
#          We're not as clever as Sean's squid library though so
5
 
#          you have to specify the input format rather than letting
6
 
#          the application guess.
7
 
 
8
 
use strict;
9
 
use Bio::SeqIO;
10
 
use Bio::AlignIO;
11
 
use Getopt::Long;
12
 
 
13
 
my $USAGE = "bp_sreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
14
 
 
15
 
-h/--help               Print this help
16
 
-if/--informat          Specify the input format
17
 
-of/--outformat         Specify the output format
18
 
-i/--input              Specify the input file name
19
 
                        (to pass in data on STDIN use minus sign as filename)
20
 
-o/--output             Specify the output file name
21
 
                        (to pass data out on STDOUT use minus sign as filename)
22
 
--msa                   Specify this is multiple sequence alignment data
23
 
--special=specialparams Specify special params supported by some formats
24
 
                        Comma or space separated please.
25
 
                        These include:
26
 
                        nointerleaved   -- for phylip,non-interleaved format
27
 
                        idlinebreak     -- for phylip, makes it molphy format
28
 
                        percentages     -- for clustalw, show % id per line
29
 
                        flat            -- don't show start-end in seqid
30
 
                        linelength      -- line length for clustalw
31
 
                        mrbayes         -- for MrBayes proper NEXUS output
32
 
";
33
 
 
34
 
 
35
 
my ($input,$output,$informat,$outformat,$msa,$special);
36
 
 
37
 
GetOptions(
38
 
           'h|help'          => sub { print STDERR ($USAGE); exit(0) },
39
 
           'i|input:s'         => \$input,
40
 
           'o|output:s'        => \$output,
41
 
           'if|informat:s'     => \$informat,
42
 
           'of|outformat:s'    => \$outformat,
43
 
           'msa'               => \$msa,
44
 
           's|special:s'       => \$special,
45
 
           );
46
 
 
47
 
unless( defined $informat && defined $outformat ) { 
48
 
    die(sprintf("Cannot proceed without a defined input and output you gave (%s,%s)\n",
49
 
                defined $informat ? $informat : "''" ,
50
 
                defined $outformat ? $outformat : "''"));
51
 
}
52
 
 
53
 
my ($in,$out);
54
 
my @extra;
55
 
if( $special ) {
56
 
    @extra = map { my @rc;
57
 
                   if( /nointerleaved/) {
58
 
                       @rc = ('-interleaved' => '0');
59
 
                   } elsif( /mrbayes/ ) {
60
 
                       @rc = ('-show_symbols' => 0,
61
 
                              '-show_endblock' => 0);
62
 
                   } elsif( /(\S+)\=(\S+)/ ) { @rc = ( "-$1" => $2) } 
63
 
                   else{ @rc = ("-$_" => 1) }
64
 
                   @rc;
65
 
               } split(/[\s,]/,$special);
66
 
}
67
 
# guess we're talking about MSA if any of the standard MSA names are used
68
 
if( $informat =~ /nexus|phylip|clustal|maf|stockholm|bl2seq|msf/ ||
69
 
    $outformat =~ /nexus|phylip|clustal|maf|stockholm|bl2seq|msf/ ) {
70
 
    $msa = 1;
71
 
}
72
 
 
73
 
if( $msa ) {
74
 
    eval {
75
 
        if( defined $input ) {
76
 
            $in = new Bio::AlignIO(-format => $informat, -file => $input);
77
 
        } else {
78
 
            $in = new Bio::AlignIO(-format => $informat, -fh => \*ARGV);
79
 
        }
80
 
    };
81
 
    if( $@ ) {
82
 
        die("Unknown MSA format to bioperl $informat\n");
83
 
    }
84
 
    eval {
85
 
        if( $output ) {
86
 
            $out = new Bio::AlignIO(-format => $outformat,
87
 
                                    -file => ">$output", @extra);
88
 
        } else {
89
 
            # default to STDOUT for output
90
 
            $out = new Bio::AlignIO(-format => $outformat,@extra);
91
 
        }
92
 
    };
93
 
    if( $@ ) {
94
 
        die("Unknown MSA format to bioperl $outformat\n");
95
 
    }
96
 
    while( my $aln = $in->next_aln) { 
97
 
         if( $special =~ /flat/ ) {$aln->set_displayname_flat(1); }
98
 
         $out->write_aln($aln) }
99
 
 
100
 
} else {
101
 
    eval {
102
 
        if( defined $input ) {
103
 
            $in = new Bio::SeqIO(-format => $informat, -file => $input);
104
 
        } else { 
105
 
            $in = new Bio::SeqIO(-format => $informat, -fh => \*ARGV);
106
 
        }
107
 
    };
108
 
    if( $@ ) {
109
 
        if( $@ =~ /Could not open/ ) {
110
 
            die("Could not open input file: $input\n");
111
 
        } else { 
112
 
            die("Unknown sequence format to bioperl $informat\n");
113
 
        }       
114
 
    }
115
 
    eval {
116
 
           if( $output ) {
117
 
               $out = new Bio::SeqIO(-format => $outformat,
118
 
                                     -file => ">$output");
119
 
           } else {
120
 
               # default to STDOUT for output
121
 
               $out = new Bio::SeqIO(-format => $outformat);
122
 
           }
123
 
       };
124
 
    if( $@ ) {
125
 
        if( $@ =~ /Could not open/ ) {
126
 
            die("Could not open output file: $output\n");
127
 
        } else { 
128
 
            die("Unknown sequence format to bioperl $outformat: $@\n");
129
 
        }
130
 
    }
131
 
    while( my $seq = $in->next_seq ) {
132
 
        $out->write_seq($seq);
133
 
    }
134
 
}
135
 
 
136
 
=head1 NAME
137
 
 
138
 
bpsreformat - convert sequence formats
139
 
 
140
 
=head1 DESCRIPTION
141
 
 
142
 
This script uses the SeqIO system that allows conversion of sequence
143
 
formats either sequence data or multiple sequence alignment data.  The
144
 
name comes from the fact that Sean Eddy's program sreformat (part of
145
 
the HMMER pkg) already does this.  Sean's program tries to guess the
146
 
input formats while in our code we currently require your to specify what
147
 
the input and output formats are and if the data is from a multiple
148
 
sequence alignment or from straight sequence files.
149
 
 
150
 
Usage:
151
 
 
152
 
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
153
 
 
154
 
  -h/--help        Print this help
155
 
 
156
 
  -if/--informat   Specify the input format
157
 
 
158
 
  -of/--outformat  Specify the output format
159
 
 
160
 
  -i/--input       Specify the input file name
161
 
                   (to pass in data on STDIN use minus sign as filename)
162
 
  -o/--output      Specify the output file name
163
 
                   (to pass data out on STDOUT use minus sign as filename)
164
 
 
165
 
  --msa            Specify this is multiple sequence alignment data
166
 
 
167
 
  --special        Will pass on special parameters to the AlignIO/SeqIO
168
 
                   object -- most of these are for Bio::AlignIO objects
169
 
                   Comma separated list of the following
170
 
                   nointerleaved   -- for phylip,non-interleaved format
171
 
                   idlinebreak     -- for phylip, makes it molphy format
172
 
                   percentages     -- for clustalw, show % id per line
173
 
 
174
 
=cut