← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/Bio-DB-GFF/bp_process_sgd.pl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/Bio-DB-GFF/bp_process_sgd.pl
 
1
#!/usr/bin/perl
 
2
 
 
3
# This script will convert from SGD format to GFF format
 
4
# See http://db.yeastgenome.org/schema/Schema.html
 
5
 
 
6
use strict;
 
7
use warnings;
 
8
 
 
9
# hard-coded length data that I couldn't get directly
 
10
my %CHROMOSOMES = (I => 230_203,
 
11
                   II => 813_139,
 
12
                   III => 316_613,
 
13
                   IV  => 1_531_929,
 
14
                   V   => 576_869,
 
15
                   VI => 270_148,
 
16
                   VII => 1_090_937,
 
17
                   VIII => 562_639,
 
18
                   IX => 439_885,
 
19
                   X => 745_444,
 
20
                   XI => 666_445,
 
21
                   XII => 1_078_173,
 
22
                   XIII => 924_430,
 
23
                   XIV => 784_328,
 
24
                   XV  => 1_091_284,
 
25
                   XVI => 948_061,
 
26
                   Mit => 85_779);
 
27
my @ROMAN = qw(I II III IV V VI VII VIII IX X
 
28
               XI XII XIII XIV XV XVI Mit);
 
29
 
 
30
if ($ARGV[0] =~ /^--?h/) {
 
31
  die <<USAGE;
 
32
 Usage: $0 <SGD features file>
 
33
 
 
34
This script massages the SGD sequence annotation flat files located at
 
35
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab
 
36
into a version of the GFF format suitable for display by the generic
 
37
genome browser.
 
38
 
 
39
To use this script, get the SGD chromosomal_features.tab file from the
 
40
FTP site listed above, and run the following command:
 
41
 
 
42
  % process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
 
43
 
 
44
The yeast.gff file can then be loaded into a Bio::DB::GFF database
 
45
using the following command:
 
46
 
 
47
  % bulk_load_gff.pl -d <databasename> yeast.gff
 
48
 
 
49
USAGE
 
50
;
 
51
}
 
52
 
 
53
# first print out chromosomes
 
54
# We hard coded the lengths because they are not available in the features table.
 
55
for my $chrom (sort keys %CHROMOSOMES) {
 
56
  print join("\t",$chrom,'chromosome','Component',1,$CHROMOSOMES{$chrom},'.','.','.',qq(Sequence "$chrom")),"\n";
 
57
}
 
58
 
 
59
# this is hard because the SGD idea of a feature doesn't really map onto the GFF idea.
 
60
while (<>) {
 
61
  chomp;
 
62
  my($id,$gene,$aliases,$type,$chromosome,$start,$stop,$strand,$sgdid,$sgdid2,$description,$date) = split "\t";
 
63
  my $ref = $ROMAN[$chromosome-1];
 
64
  $description =~ s/"/\\"/g;
 
65
  $description =~ s/;/\\;/g;
 
66
 
 
67
  $strand = $strand eq 'W' ? '+' : '-';
 
68
  ($start,$stop) = ($stop,$start) if $strand eq '-';
 
69
  die "Strand logic is messed up" if $stop < $start;
 
70
 
 
71
  if ($gene) {
 
72
     my @aliases = split(/\|/,$aliases);
 
73
     my $aliases = join " ; ",map {qq(Alias "$_")} @aliases;
 
74
     my $group = qq(Gene "$gene" ; Note "$description");
 
75
     $group .= " ; $aliases" if $aliases;
 
76
     print join("\t",$ref,'sgd','gene',$start,$stop,'.',$strand,'.',$group),"\n";
 
77
     $description .= "\\; AKA @aliases" if @aliases;
 
78
  }
 
79
 
 
80
  print join("\t",$ref,'sgd',$type,$start,$stop,'.',$strand,'.',qq($type "$id" ; Note "$description")),"\n";
 
81
}
 
82
 
 
83
__END__
 
84
 
 
85
=head1 NAME
 
86
 
 
87
bp_process_sgd.pl - Massage SGD annotation flat files into a version suitable for the Generic Genome Browser
 
88
 
 
89
=head1 SYNOPSIS
 
90
 
 
91
  % bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
 
92
 
 
93
=head1 DESCRIPTION
 
94
 
 
95
This script massages the SGD sequence annotation flat files located at
 
96
ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/data_dump/feature/chromosomal_features.tab
 
97
into a version of the GFF format suitable for display by the generic
 
98
genome browser.
 
99
 
 
100
To use this script, get the SGD chromosomal_features.tab file from the
 
101
FTP site listed above, and run the following command:
 
102
 
 
103
  % bp_process_sgd.pl chromosomal_features.tab > yeast.gff
 
104
 
 
105
The yeast.gff file can then be loaded into a Bio::DB::GFF database
 
106
using the following command:
 
107
 
 
108
  % bulk_load_gff.pl -d <databasename> yeast.gff
 
109
 
 
110
=head1 SEE ALSO
 
111
 
 
112
L<Bio::DB::GFF>, L<bulk_load_gff.pl>, L<load_gff.pl>
 
113
 
 
114
=head1 AUTHOR
 
115
 
 
116
Lincoln Stein, lstein@cshl.org
 
117
 
 
118
Copyright (c) 2002 Cold Spring Harbor Laboratory
 
119
 
 
120
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
 
121
it under the same terms as Perl itself.  See DISCLAIMER.txt for
 
122
disclaimers of warranty.
 
123
 
 
124
=cut
 
125
 
 
126