← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/seqstats/bp_gccalc.pl

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2013-09-22 13:39:48 UTC
  • mfrom: (3.1.11 sid)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130922133948-c6z62zegjyp7ztou
Tags: 1.6.922-1
http://bugs.debian.org/722910
* New upstream release.
* Replaces and Breaks grinder (<< 0.5.3-3~) because of overlaping contents.
  Closes: #722910
* Stop Replacing and Breaking bioperl ( << 1.6.9 ): not needed anymore. 

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/seqstats/bp_gccalc.pl
 
1
#!perl
 
2
 
 
3
use strict;
 
4
use warnings;
 
5
 
 
6
use Bio::SeqIO;
 
7
use Bio::Tools::SeqStats;
 
8
use Getopt::Long;
 
9
my $format = 'fasta';
 
10
my $file;
 
11
my $help =0;
 
12
my $aggregate;
 
13
GetOptions(
 
14
            'f|format:s' => \$format,
 
15
            'i|in:s'     => \$file,
 
16
            'h|help|?'    => \$help,
 
17
            'a|aggregate!'=> \$aggregate,
 
18
            );
 
19
 
 
20
 
 
21
my $USAGE = "usage: gccalc.pl -f format -i filename\n";
 
22
if( $help ) {
 
23
    die $USAGE;
 
24
}
 
25
 
 
26
$file = shift unless $file;
 
27
my $seqin;
 
28
if( defined $file ) {
 
29
    print "Could not open file [$file]\n$USAGE" and exit unless -e $file;
 
30
    $seqin = new Bio::SeqIO(-format => $format,
 
31
                            -file   => $file);
 
32
} else {
 
33
    $seqin = new Bio::SeqIO(-format => $format,
 
34
                            -fh     => \*STDIN);
 
35
}
 
36
my ($total_base, $total_gc);
 
37
while( my $seq = $seqin->next_seq ) {
 
38
    next if( $seq->length == 0 );
 
39
    if( $seq->alphabet eq 'protein' ) {
 
40
        warn("gccalc does not work on amino acid sequences ...skipping this seq");
 
41
        next;
 
42
    }
 
43
 
 
44
    my $seq_stats  =  Bio::Tools::SeqStats->new('-seq'=>$seq);
 
45
    my $hash_ref = $seq_stats->count_monomers();  # for DNA sequence
 
46
    print "Seq: ", $seq->display_id, " ";
 
47
    print $seq->desc if $seq->desc;
 
48
    print " Len:", $seq->length, "\n";
 
49
    $total_base += $seq->length;
 
50
    $total_gc   += $hash_ref->{'G'} + $hash_ref->{'C'};
 
51
    printf "GC content is %.4f\n", ($hash_ref->{'G'} + $hash_ref->{'C'}) /
 
52
        $seq->length();
 
53
 
 
54
    foreach my $base (sort keys %{$hash_ref}) {
 
55
        print "Number of bases of type ", $base, "= ", $hash_ref->{$base},"\n";
 
56
    }
 
57
    print "--\n";
 
58
}
 
59
if( $aggregate ) {
 
60
  printf "Total GC content is %.4f out of %d bases\n", $total_gc / $total_base, $total_base;
 
61
}
 
62
# alternatively one could use code submitted by
 
63
# cckim@stanford.edu
 
64
 
 
65
sub calcgc {
 
66
    my $seq = $_[0];
 
67
    my @seqarray = split('',$seq);
 
68
    my $count = 0;
 
69
    foreach my $base (@seqarray) {
 
70
        $count++ if $base =~ /[G|C]/i;
 
71
    }
 
72
 
 
73
    my $len = $#seqarray+1;
 
74
    return $count / $len;
 
75
}
 
76
 
 
77
 
 
78
__END__
 
79
 
 
80
=head1 NAME
 
81
 
 
82
bp_gccalc - GC content of nucleotide sequences
 
83
 
 
84
=head1 SYNOPSIS
 
85
 
 
86
  bp_gccalc [-f/--format FORMAT] [-h/--help] filename
 
87
  or
 
88
  bp_gccalc [-f/--format FORMAT] < filename
 
89
  or
 
90
  bp_gccalc [-f/--format FORMAT] -i filename
 
91
 
 
92
=head1 DESCRIPTION
 
93
 
 
94
This scripts prints out the GC content for every nucleotide sequence
 
95
from the input file.
 
96
 
 
97
=head1 OPTIONS
 
98
 
 
99
The default sequence format is fasta.
 
100
 
 
101
The sequence input can be provided using any of the three methods:
 
102
 
 
103
=over 3
 
104
 
 
105
=item unnamed argument
 
106
 
 
107
  bp_gccalc filename
 
108
 
 
109
=item named argument
 
110
 
 
111
  bp_gccalc -i filename
 
112
 
 
113
=item standard input
 
114
 
 
115
  bp_gccalc < filename
 
116
 
 
117
=back
 
118
 
 
119
=head1 FEEDBACK
 
120
 
 
121
=head2 Mailing Lists
 
122
 
 
123
User feedback is an integral part of the evolution of this and other
 
124
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
 
125
the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
 
126
 
 
127
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
128
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
 
129
 
 
130
=head2 Reporting Bugs
 
131
 
 
132
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
 
133
of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
 
134
web:
 
135
 
 
136
  https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
 
137
 
 
138
=head1 AUTHOR - Jason Stajich
 
139
 
 
140
Email jason@bioperl.org
 
141
 
 
142
=head1 HISTORY
 
143
 
 
144
Based on script code (see bottom) submitted by cckim@stanford.edu
 
145
 
 
146
Submitted as part of bioperl script project 2001/08/06
 
147
 
 
148
=cut