← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/grass/vivid-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to raster/r.li/description.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Bas Couwenberg
  • Date: 2015-02-20 23:12:08 UTC
  • mfrom: (8.2.6 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150220231208-1u6qvqm84v430b10
Tags: 7.0.0-1~exp1
* New upstream release.
* Update python-ctypes-ternary.patch to use if/else instead of and/or.
* Drop check4dev patch, rely on upstream check.
* Add build dependency on libpq-dev to grass-dev for libpq-fe.h.
* Drop patches applied upstream, refresh remaining patches.
* Update symlinks for images switched from jpg to png.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
raster/r.li/description.html
1
 
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
2
 
<html>
3
 
<head>
4
 
<title>GRASS GIS manual: r.li - Landscape structure analysis package overview</title>
5
 
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
6
 
<link rel="stylesheet" href="grassdocs.css" type="text/css">
7
 
</head>
8
 
<body bgcolor="white">
9
 
 
10
 
<img src="grass_logo.png" alt="GRASS logo"><hr align=center size=6 noshade>
11
 
 
12
 
<h2>NAME</h2>
13
 
 
14
 
<em><b>r.li</b></em> - Landscape structure analysis package overview.
15
 
 
16
 
<h2>KEYWORDS</h2>
17
 
 
18
 
raster, landscape structure analysis, overview, landscape metrics,
19
 
landscape pattern, landscape analysis
20
 
 
21
 
 
22
 
<h2>DESCRIPTION</h2>
23
 
 
24
 
The <em>r.li</em> suite is a toolset for multiscale analysis of landscape structure.
25
 
It aims at replacing the <em>r.le</em> suite of modules through a client-server,
26
 
multiprocess implementation. External software for quantitative measures of landscape
27
 
structure is for example FRAGSTATS (McGarigal and Marks 1995).
28
 
<p>
29
 
The <em>r.li</em> suite offers a set of patch and diversity indices.
30
 
It supports analysis of landscapes composed of a mosaic of
31
 
patches, but, more generally, the modules work with any two-dimensional
32
 
raster map whose cell values are integer (e.g., 1, 2) or floating point
33
 
(e.g., 1.1, 3.2) values. The <em>r.li.setup</em> module has options for
34
 
controlling the shape, size, number, and distribution of sampling
35
 
areas used to collect information about the landscape structure.
36
 
Sampling area shapes can be the entire map or a moving
37
 
window of square, rectangular or circular shape. The size of
38
 
sampling areas can be changed, so that the landscape can be analyzed
39
 
at a variety of spatial scales simultaneously. Sampling areas may be
40
 
distributed across the landscape in a random, systematic, or
41
 
stratified-random manner, or as a moving window.
42
 
<p>
43
 
The <em>r.li</em> modules can calculate a number of measures that produce
44
 
single values as output (e.g. mean patch size in the sampling area),
45
 
as well as measures that produce a distribution of values as output
46
 
(e.g. frequency distribution of patch sizes in the sampling area). The
47
 
results are stored as raster maps.
48
 
 
49
 
<p>
50
 
The general procedure to calculate an index from a raster map is two-fold:
51
 
 
52
 
<ol>
53
 
<li>run <em>r.li.setup</em>: create a configuration file selecting the parts of
54
 
    raster to analyze.
55
 
 
56
 
<li>run one or more of the <em>r.li.<b>[index]</b></em> modules (e.g.,
57
 
    <em>r.li.<b>patchdensity</b></em>) to calculate the selected index
58
 
    using on the areas selected on configuration file.
59
 
</ol>
60
 
 
61
 
 
62
 
<h2>NOTE</h2>
63
 
 
64
 
The <em>r.li.daemon</em> module also has a "main" function front-end
65
 
which can be run, but it is only a template for development of new
66
 
indices so not built by default.
67
 
<!-- mhh ??: -->
68
 
The function itself has no meaning, it is only useful as an example and
69
 
for debugging.
70
 
 
71
 
<h2>EXAMPLE</h2>
72
 
 
73
 
Calculate a patch density index on the entire 'geology' raster map
74
 
in the Spearfish sample dataset, using a 5x5 moving window:
75
 
 
76
 
<ol>
77
 
<li> CREATE A NEW CONFIGURATION FILE
78
 
  <ol>
79
 
  <li> run 
80
 
<div class="code"><pre>
81
 
        r.li.setup
82
 
</pre></div>
83
 
  <li> The main <em>r.li.setup</em> window is displayed, click on "New"
84
 
  <li> The new configuration window is now displayed, enter the
85
 
        configuration file name (e.g., "my_conf", do not use absolute paths) 
86
 
        and the name of raster map (e.g., "geology").
87
 
        The other fields are not needed for this configuration.
88
 
  <li> Click on "Setup sampling frame", select "Whole map layer" and click "OK"
89
 
  <li> Click on "Setup sampling areas", select "Moving window" and click "OK"
90
 
  <li> Click on "Use keyboard to enter moving window dimension"
91
 
  <li> Select "Rectangle" and enter 5 in the "height" and "width" fields
92
 
  <li> Click on "Save settings"
93
 
  <li> Close the <em>r.li.setup</em> window
94
 
  </ol>
95
 
 
96
 
<li> CALCULATE PATCHDENSITY INDEX
97
 
  <ol>
98
 
  <li> set the region settings to the "<tt>geology</tt>" raster map:
99
 
<div class="code"><pre>
100
 
  g.region rast=geology -p
101
 
</pre></div>
102
 
 
103
 
  <li> run <em>r.li.patchdensity</em>:
104
 
<div class="code"><pre>
105
 
  r.li.patchdensity map=geology conf=my_conf out=patchdens
106
 
</pre></div>
107
 
  </ol>
108
 
</ol>
109
 
 
110
 
The resulting patch density is stored in "<tt>patchdens</tt>" raster map.
111
 
 
112
 
You can verify the result for example with contour lines:
113
 
<div class="code"><pre>
114
 
  r.contour in=patchdens out=patchdens step=5
115
 
  d.rast patchdens
116
 
  d.vect -c patchdens
117
 
</pre></div>
118
 
 
119
 
Note that if you want to run another index with the same area
120
 
configuration, you don't have to create another configuration file.
121
 
 
122
 
You can also use the same area configuration file on another map. The
123
 
program rescale it automatically. For instance if you have selected a
124
 
5x5 sample area on 100x100 raster map, and you use the same
125
 
configuration file on a 200x200 raster map, then the sample area is
126
 
10x10.
127
 
 
128
 
<h2>SEE ALSO</h2>
129
 
 
130
 
<b>Core modules</b>:
131
 
<ul>
132
 
  <li> <a href="r.li.daemon.html">r.li.daemon</a>: job launch daemon</li>
133
 
  <li> <a href="r.li.setup.html">r.li.setup</a>: Configuration editor for r.li.'index'</li>
134
 
</ul>
135
 
 
136
 
<b>Patch indices</b>:
137
 
<ul>
138
 
<li>Indices based on patch number:
139
 
<ul>
140
 
  <li> <a href="r.li.patchdensity.html">r.li.patchdensity</a>: Calculates patch density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
141
 
  <li> <a href="r.li.patchnum.html">r.li.patchnum</a>: Calculates patch number index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
142
 
</ul>
143
 
 
144
 
<li>Indices based on patch dimension:
145
 
<ul>
146
 
  <li> <a href="r.li.mps.html">r.li.mps</a>: Calculates mean patch size index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
147
 
  <li> <a href="r.li.padcv.html">r.li.padcv</a>: Calculates coefficient of variation of patch area on a raster map</li>
148
 
  <li> <a href="r.li.padrange.html">r.li.padrange</a>: Calculates range of patch area size on a raster map</li>
149
 
  <li> <a href="r.li.padsd.html">r.li.padsd</a>: Calculates standard deviation of patch area a raster map</li>
150
 
</ul>
151
 
 
152
 
<li>Indices based on patch shape:
153
 
<ul>
154
 
  <li> <a href="r.li.shape.html">r.li.shape</a>: Calculates shape index on a raster map</li>
155
 
</ul>
156
 
 
157
 
<li>Indices based on patch edge: <!-- border? -->
158
 
<ul>
159
 
  <li> <a href="r.li.edgedensity.html">r.li.edgedensity</a>: Calculates edge density index on a raster map, using a 4 neighbour algorithm</li>
160
 
</ul>
161
 
 
162
 
<li>Indices based on patch attributes:
163
 
<ul>
164
 
  <li> <a href="r.li.cwed.html">r.li.cwed</a>: Calculates contrast Weighted Edge Density index on a raster map</li>
165
 
  <li> <a href="r.li.mpa.html">r.li.mpa</a>: Calculates mean pixel attribute index on a raster map</li>
166
 
</ul>
167
 
 
168
 
</ul>
169
 
 
170
 
<b>Diversity indices</b>:
171
 
<ul>
172
 
  <li> <a href="r.li.dominance.html">r.li.dominance</a>: Calculates dominance diversity index on a raster map</li>
173
 
  <li> <a href="r.li.pielou.html">r.li.pielou</a>: Calculates Pielou eveness index on a raster map</li>
174
 
  <li> <a href="r.li.renyi.html">r.li.renyi</a>: Calculates Renyi entropy on a raster map</li>
175
 
  <li> <a href="r.li.richness.html">r.li.richness</a>: Calculates richness diversity index on a raster map</li>
176
 
  <li> <a href="r.li.shannon.html">r.li.shannon</a>: Calculates Shannon diversity index on a raster map</li>
177
 
  <li> <a href="r.li.simpson.html">r.li.simpson</a>: Calculates Simpson diversity index on a raster map</li>
178
 
</ul>
179
 
 
180
 
 
181
 
<h2>ADDING NEW INDICES</h2>
182
 
 
183
 
New indices can be defined and implemented by any C programmer, without
184
 
having to deal with all basic functions (IO etc.). The computing
185
 
architecture and the functions are clearly separated, thus allowing an
186
 
easy expandability. Every index is defined separately, placed in a
187
 
directory along with its Makefile for compiling it and a file
188
 
description.html which describes the index including a simple example of
189
 
use.
190
 
 
191
 
 
192
 
<h2>REFERENCES</h2>
193
 
 
194
 
McGarigal, K., and B. J. Marks. 1995. FRAGSTATS: spatial pattern
195
 
analysis program for quantifying landscape structure. USDA For. Serv.
196
 
Gen. Tech. Rep. PNW-351
197
 
 (<a href="http://www.fs.fed.us/pnw/pubs/gtr_351.pdf">PDF</a>).
198
 
 
199
 
 
200
 
<h2>AUTHORS</h2>
201
 
 
202
 
Claudio Porta and Lucio Davide Spano, students of Computer Science,
203
 
University of Pisa (Italy).<br>
204
 
Commission from Faunalia Pontedera (PI)<br>
205
 
 
206
 
<p>
207
 
<i>Last changed: $Date: 2014-02-19 01:26:04 +0100 (Wed, 19 Feb 2014) $</i>
208
 
 
209
 
<hr>
210
 
 
211
 
<p>
212
 
<a href="index.html">Main index</a>
213
 
 - <a href="raster.html">Raster index</a>
214
 
 - <a href="full_index.html">Full index</a>
215
 
<p>&copy; 2008-2014 <a href="http://grass.osgeo.org">GRASS Development Team</a>, GRASS GIS 6 Reference Manual</p>
216
 
</body>
217
 
</html>