← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/grass/vivid-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to raster/r.li/r.li.pielou/description.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Bas Couwenberg
  • Date: 2015-02-20 23:12:08 UTC
  • mfrom: (8.2.6 experimental)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20150220231208-1u6qvqm84v430b10
Tags: 7.0.0-1~exp1
* New upstream release.
* Update python-ctypes-ternary.patch to use if/else instead of and/or.
* Drop check4dev patch, rely on upstream check.
* Add build dependency on libpq-dev to grass-dev for libpq-fe.h.
* Drop patches applied upstream, refresh remaining patches.
* Update symlinks for images switched from jpg to png.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
raster/r.li/r.li.pielou/description.html
1
 
<h2>DESCRIPTION</h2>
2
 
 
3
 
<em>r.li.pielou</em>  calculates the "Pielou's diversity index" as: <br>
4
 
<img src="r_li_pielou.png" alt="r.li.pielou formula"> <br>
5
 
with:
6
 
<ul>
7
 
  <li><b>J</b>: Pielou eveness index</li>
8
 
  <li><b>H'</b>: Shannon index</li>
9
 
  <li><b>S</b>: number of classes</li>
10
 
</ul>
11
 
 
12
 
<h2>NOTES</h2>
13
 
 
14
 
Do not use absolute path names for the <b>output</b> map/file.
15
 
If the "moving window" method was selected in <b>r.li.setup</b>, then the
16
 
output will be a raster map, otherwise an ASCII file will be generated in
17
 
the <tt>$HOME/.r.li/output/</tt> folder.
18
 
<p>
19
 
<!-- TODO: verify next: -->
20
 
If the input raster contains NULL value cells, <em>r.li.pielou</em>
21
 
returns -1 for these cells. <br>
22
 
If you want to change these -1 values to NULL, run subsequently on the resulting map:
23
 
<div class="code"><pre>
24
 
r.null setnull=-1 map=my_map
25
 
</pre></div>
26
 
after index calculation.
27
 
 
28
 
<h2>EXAMPLES</h2>
29
 
To calculate Pielou's diversity index on map <em>my_map</em>, using
30
 
<em>my_conf</em> configuration file (previously defined with
31
 
<em>r.li.setup</em>) and saving results in <em>my_out</em>, run:
32
 
<div class="code"><pre>
33
 
r.li.pielou map=my_map conf=my_conf output=my_out
34
 
</pre></div>
35
 
<p>
36
 
 
37
 
Forest map (Spearfish sample dataset) example:
38
 
<div class="code"><pre>
39
 
g.region rast=landcover.30m -p
40
 
r.mapcalc "forests = if(landcover.30m >= 41 && landcover.30m <= 43,1,null())"
41
 
r.li.pielou map=forests conf=movwindow7 out=forests_pielou_mov7
42
 
r.univar forests_pielou_mov7
43
 
</pre></div>
44
 
 
45
 
<h2>SEE ALSO</h2>
46
 
<em>
47
 
<a href="r.li.html">r.li</a> - package overview<br>
48
 
<a href="r.li.setup.html">r.li.setup</a>
49
 
</em>
50
 
 
51
 
<h2>REFERENCES</h2>
52
 
McGarigal, K., and B. J. Marks. 1995. FRAGSTATS: spatial pattern
53
 
analysis program for quantifying landscape structure. USDA For. Serv.
54
 
Gen. Tech. Rep. PNW-351. (<a href="http://treesearch.fs.fed.us/pubs/3064">PDF</a>)
55
 
 
56
 
<h2>AUTHORS</h2>
57
 
Luca Delucchi and Duccio Rocchini, Fondazione E. Mach (Italy), based on the <em>r.li.shannon</em> code
58
 
developed by Serena Pallecchi student of Computer Science University of Pisa (Italy).<br>
59
 
 
60
 
<p>
61
 
<i>Last changed: $Date: 2014-02-19 01:26:04 +0100 (Wed, 19 Feb 2014) $</i>