← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/ugene/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to data/weight_matrix/blosum35.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2011-11-02 13:29:07 UTC
  • mfrom: (1.2.1) (3.1.11 natty)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20111102132907-o34gwnt0uj5g6hen
Tags: 1.9.8+repack-1
* First release to Debian
  - added README.Debian
  - increased policy version to 3.9.2
  - added URLs for version control system
* Added debug package.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
data/weight_matrix/blosum35.txt
 
1
#  Matrix made by matblas from blosum35.iij
 
2
#  * column uses minimum score
 
3
#  BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/4 Bit Units
 
4
#  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
 
5
#  Cluster Percentage: >= 35
 
6
#  Entropy =   0.2111, Expected =  -0.1550
 
7
   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
 
8
A  5 -1 -1 -1 -2  0 -1  0 -2 -1 -2  0  0 -2 -2  1  0 -2 -1  0 -1 -1  0 -5 
 
9
R -1  8 -1 -1 -3  2 -1 -2 -1 -3 -2  2  0 -1 -2 -1 -2  0  0 -1 -1  0 -1 -5 
 
10
N -1 -1  7  1 -1  1 -1  1  1 -1 -2  0 -1 -1 -2  0  0 -2 -2 -2  4  0  0 -5 
 
11
D -1 -1  1  8 -3 -1  2 -2  0 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2  5  1 -1 -5 
 
12
C -2 -3 -1 -3 15 -3 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -2 -5 
 
13
Q  0  2  1 -1 -3  7  2 -2 -1 -2 -2  0 -1 -4  0  0  0 -1  0 -3  0  4 -1 -5 
 
14
E -1 -1 -1  2 -1  2  6 -2 -1 -3 -1  1 -2 -3  0  0 -1 -1 -1 -2  0  5 -1 -5 
 
15
G  0 -2  1 -2 -3 -2 -2  7 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2  1 -2 -1 -2 -3  0 -2 -1 -5 
 
16
H -2 -1  1  0 -4 -1 -1 -2 12 -3 -2 -2  1 -3 -1 -1 -2 -4  0 -4  0 -1 -1 -5 
 
17
I -1 -3 -1 -3 -4 -2 -3 -3 -3  5  2 -2  1  1 -1 -2 -1 -1  0  4 -2 -3  0 -5 
 
18
L -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -2  2  5 -2  3  2 -3 -2  0  0  0  2 -2 -2  0 -5 
 
19
K  0  2  0 -1 -2  0  1 -1 -2 -2 -2  5  0 -1  0  0  0  0 -1 -2  0  1  0 -5 
 
20
M  0  0 -1 -3 -4 -1 -2 -1  1  1  3  0  6  0 -3 -1  0  1  0  1 -2 -2  0 -5 
 
21
F -2 -1 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3  1  2 -1  0  8 -4 -1 -1  1  3  1 -2 -3 -1 -5 
 
22
P -2 -2 -2 -1 -4  0  0 -2 -1 -1 -3  0 -3 -4 10 -2  0 -4 -3 -3 -1  0 -1 -5 
 
23
S  1 -1  0 -1 -3  0  0  1 -1 -2 -2  0 -1 -1 -2  4  2 -2 -1 -1  0  0  0 -5 
 
24
T  0 -2  0 -1 -1  0 -1 -2 -2 -1  0  0  0 -1  0  2  5 -2 -2  1 -1 -1  0 -5 
 
25
W -2  0 -2 -3 -5 -1 -1 -1 -4 -1  0  0  1  1 -4 -2 -2 16  3 -2 -3 -1 -1 -5 
 
26
Y -1  0 -2 -2 -5  0 -1 -2  0  0  0 -1  0  3 -3 -1 -2  3  8  0 -2 -1 -1 -5 
 
27
V  0 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4  4  2 -2  1  1 -3 -1  1 -2  0  5 -2 -2  0 -5 
 
28
B -1 -1  4  5 -2  0  0  0  0 -2 -2  0 -2 -2 -1  0 -1 -3 -2 -2  5  0 -1 -5 
 
29
Z -1  0  0  1 -2  4  5 -2 -1 -3 -2  1 -2 -3  0  0 -1 -1 -1 -2  0  4  0 -5 
 
30
X  0 -1  0 -1 -2 -1 -1 -1 -1  0  0  0  0 -1 -1  0  0 -1 -1  0 -1  0 -1 -5 
 
31
* -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5  1