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Viewing changes to src/plugins_3rdparty/hmm3/src/hmmer3/p7_config.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2011-11-02 13:29:07 UTC
  • mfrom: (1.2.1) (3.1.11 natty)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20111102132907-o34gwnt0uj5g6hen
Tags: 1.9.8+repack-1
* First release to Debian
  - added README.Debian
  - increased policy version to 3.9.2
  - added URLs for version control system
* Added debug package.

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removed removed

Lines of Context:
src/plugins_3rdparty/hmm3/src/hmmer3/p7_config.h
 
1
/* src/p7_config.h.  Generated from p7_config.h.in by configure.  */
 
2
/* @configure_input@
 
3
* p7config.h.in -> p7config.h
 
4
* 
 
5
* p7config.h is generated from p7config.h.in by the ./configure script.
 
6
* DO NOT EDIT p7config.h; only edit p7config.h.in.
 
7
*
 
8
* Configuration of HMMER, including both system-dependent configuration
 
9
* (done by ./configure) and hardcoded configuration that someone might
 
10
* want to alter someday.
 
11
*
 
12
* Because this header may configure the behavior of system headers
 
13
* (for example, LFS support), it must be included before any other
 
14
* header file.
 
15
* 
 
16
* SRE, Mon Jan  1 16:07:28 2007 [Casa de Gatos] [Nirvana, Nevermind]
 
17
 * SVN $Id: p7_config.h.in 2884 2009-08-23 21:28:54Z eddys $
 
18
*/
 
19
#ifndef P7_CONFIGH_INCLUDED
 
20
#define P7_CONFIGH_INCLUDED
 
21
 
 
22
 
 
23
/*****************************************************************
 
24
* 1. Compile-time constants that control HMMER's computational 
 
25
*    behavior (memory and processor use), and output formatting.
 
26
*    It can be edited and configured manually before compilation.
 
27
*****************************************************************/
 
28
 
 
29
/* p7_RAMLIMIT controls the switch from fast full DP to slow
 
30
* linear-memory divide and conquer. Default devotes 32 MB/thread.
 
31
*/
 
32
#ifndef p7_RAMLIMIT
 
33
#define p7_RAMLIMIT   32
 
34
#endif
 
35
 
 
36
/* p7_ALILENGTH controls length of displayed alignment lines.
 
37
*/
 
38
#ifndef p7_ALILENGTH
 
39
#define p7_ALILENGTH       50
 
40
#endif
 
41
 
 
42
/*****************************************************************
 
43
* 2. Compile-time constants that control empirically tuned HMMER
 
44
*    default parameters. You can edit it, but you ought not to, 
 
45
*    unless you're trying to improve on our empirical data.
 
46
*****************************************************************/
 
47
 
 
48
/* Relative entropy target defaults:
 
49
* For proteins, hmmbuild's effective sequence number calculation
 
50
* aims to achieve a certain relative entropy per match emission.
 
51
* (= average score per match emission).
 
52
* These are empirically tuned constants, from the work of Steve Johnson.
 
53
*/
 
54
#define p7_ETARGET_AMINO  0.59 /* bits */
 
55
#define p7_ETARGET_DNA    0.59 /* bits */
 
56
#define p7_ETARGET_OTHER  1.0  /* bits */ /* if you define your own alphabet, set this */
 
57
 
 
58
#define p7_SEQDBENV          "BLASTDB"
 
59
#define p7_HMMDBENV          "PFAMDB"
 
60
 
 
61
/*****************************************************************
 
62
* 3. The next section probably shouldn't be edited at all, unless
 
63
*    you really know what you're doing. It controls some fundamental
 
64
*    parameters in HMMER that occasionally get reconfigured in
 
65
*    experimental versions, or for variants of HMMER that work on
 
66
*    non-biological alphabets.
 
67
*****************************************************************/
 
68
 
 
69
/* The symbol alphabet is handled by ESL_ALPHABET objects, which
 
70
* dynamically allocate; but sometimes HMMER uses statically-allocated
 
71
* space, and it's useful to know a reasonable maximum for
 
72
* symbol alphabet size.
 
73
*/
 
74
#define p7_MAXABET    20      /* maximum size of alphabet (4 or 20)              */
 
75
#define p7_MAXCODE    29      /* maximum degenerate alphabet size (18 or 29)     */
 
76
 
 
77
/* p7_MAX_SC_TXTLEN has to be large enough to represent a score as a
 
78
* string, including \0 and a sign.
 
79
*/
 
80
#define p7_MAX_SC_TXTLEN   11         
 
81
 
 
82
/* In Forward algorithm implementations, we use a table lookup in
 
83
* p7_FLogsum() to calculate summed probabilities in log
 
84
* space. p7_INTSCALE defines the precision of the calculation; the
 
85
* default of 1000.0 means rounding differences to the nearest 0.001
 
86
* nat. p7_LOGSUM_TBL defines the size of the lookup table; the
 
87
* default of 16000 means entries are calculated for differences of 0
 
88
* to 16.000 nats (when p7_INTSCALE is 1000.0).  e^{-p7_LOGSUM_TBL /
 
89
* p7_INTSCALE} should be on the order of the machine FLT_EPSILON,
 
90
* typically 1.2e-7.
 
91
*/
 
92
#define p7_INTSCALE     1000.0f
 
93
#define p7_LOGSUM_TBL   16000
 
94
 
 
95
/* Other stuff.
 
96
*/
 
97
#define p7_MAXDCHLET  20      /* maximum # Dirichlet components in mixture prior */
 
98
 
 
99
 
 
100
/*****************************************************************
 
101
* 4. The final section isn't meant to be human editable at all.
 
102
*    It is configured automatically by the ./configure script. 
 
103
*****************************************************************/
 
104
 
 
105
/* Version info - set once for whole package in configure.ac
 
106
*/
 
107
#define HMMER_VERSION "3.0"
 
108
#define HMMER_DATE "March 2010"
 
109
#define HMMER_COPYRIGHT "Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute."
 
110
#define HMMER_LICENSE "Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)."
 
111
#define HMMER_URL "http://hmmer.org/"
 
112
 
 
113
/* Large file support (must precede any header file inclusion.)
 
114
*/
 
115
/* #undef _FILE_OFFSET_BITS */
 
116
/* #undef _LARGE_FILES */
 
117
/* #undef _LARGEFILE_SOURCE */
 
118
 
 
119
/* Choice of optimized implementation (one and only one must be set)
 
120
*/
 
121
#define p7_IMPL_SSE 1
 
122
/* #undef p7_IMPL_VMX */
 
123
/* #undef p7_IMPL_DUMMY */
 
124
 
 
125
/* Optional parallel implementations
 
126
*/
 
127
#define HAVE_SSE2 1
 
128
/* #undef HAVE_MPI */
 
129
/* #undef HMMER_PVM */
 
130
// ! we use our own threads !
 
131
/* #undef HMMER_THREADS */
 
132
/* #undef HAVE_PTHREAD_ATTR_SETSCOPE */
 
133
/* #undef HAVE_PTHREAD_SETCONCURRENCY */
 
134
 
 
135
#define HAVE_FLUSH_ZERO_MODE 1
 
136
 
 
137
/* Debugging hooks
 
138
*/
 
139
/* #undef p7_DEBUGGING */
 
140
 
 
141
#endif /*P7_CONFIGH_INCLUDED*/
 
142
/*****************************************************************
 
143
* HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
 
144
* Version 3.0; March 2010
 
145
* Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute.
 
146
* Other copyrights also apply. See the COPYRIGHT file for a full list.
 
147
* 
 
148
* HMMER is distributed under the terms of the GNU General Public License
 
149
* (GPLv3). See the LICENSE file for details.
 
150
*****************************************************************/