← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/ugene/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/plugins/dna_stat/src/DistanceMatrixMSAProfileDialog.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2011-11-02 13:29:07 UTC
  • mfrom: (1.2.1) (3.1.11 natty)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20111102132907-o34gwnt0uj5g6hen
Tags: 1.9.8+repack-1
* First release to Debian
  - added README.Debian
  - increased policy version to 3.9.2
  - added URLs for version control system
* Added debug package.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/plugins/dna_stat/src/DistanceMatrixMSAProfileDialog.h
 
1
/**
 
2
 * UGENE - Integrated Bioinformatics Tools.
 
3
 * Copyright (C) 2008-2011 UniPro <ugene@unipro.ru>
 
4
 * http://ugene.unipro.ru
 
5
 *
 
6
 * This program is free software; you can redistribute it and/or
 
7
 * modify it under the terms of the GNU General Public License
 
8
 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
 
9
 * of the License, or (at your option) any later version.
 
10
 *
 
11
 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
12
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
13
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
 
14
 * GNU General Public License for more details.
 
15
 *
 
16
 * You should have received a copy of the GNU General Public License
 
17
 * along with this program; if not, write to the Free Software
 
18
 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston,
 
19
 * MA 02110-1301, USA.
 
20
 */
 
21
 
 
22
#ifndef _U2_DISTANCE_MATRIX_MSA_PROFILE_DIALOG_H_
 
23
#define _U2_DISTANCE_MATRIX_MSA_PROFILE_DIALOG_H_
 
24
 
 
25
#include "ui/ui_DistanceMatrixMSAProfileDialog.h"
 
26
 
 
27
#include <U2Core/global.h>
 
28
#include <U2Core/Task.h>
 
29
#include <U2Core/MAlignment.h>
 
30
 
 
31
#include <QtCore/QHash>
 
32
#include <QtCore/QSet>
 
33
 
 
34
namespace U2 {
 
35
 
 
36
class MSAEditor;
 
37
 
 
38
class DistanceMatrixMSAProfileDialog : public QDialog, public Ui_DistanceMatrixMSAProfileDialog {
 
39
    Q_OBJECT
 
40
 
 
41
public:
 
42
    DistanceMatrixMSAProfileDialog(QWidget* p, MSAEditor* ctx);
 
43
 
 
44
    virtual void accept();
 
45
 
 
46
private slots:
 
47
    
 
48
    void sl_selectFile();
 
49
    void sl_formatChanged(bool);
 
50
 
 
51
private:
 
52
    MSAEditor* ctx;
 
53
};
 
54
 
 
55
enum DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat {
 
56
    DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat_Show,
 
57
    DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat_CSV,
 
58
    DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat_HTML
 
59
};
 
60
 
 
61
class DistanceMatrixMSAProfileTaskSettings {
 
62
public:
 
63
    DistanceMatrixMSAProfileTaskSettings(){ 
 
64
        outFormat = DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat_Show; 
 
65
        usePercents = false;
 
66
    }
 
67
 
 
68
    QString                         algoName;    // selected algorithm
 
69
    QString                         profileName; // usually object name
 
70
    QString                         profileURL;  // document url
 
71
    MAlignment                      ma;
 
72
    bool                            usePercents; //report percents but not counts
 
73
    DistanceMatrixMSAProfileOutputFormat   outFormat;   
 
74
    QString                         outURL;    
 
75
};
 
76
 
 
77
class DistanceMatrixMSAProfileTask : public Task {
 
78
    Q_OBJECT
 
79
public:
 
80
    DistanceMatrixMSAProfileTask(const DistanceMatrixMSAProfileTaskSettings& s);
 
81
 
 
82
    virtual void prepare();
 
83
    
 
84
    QList<Task*> onSubTaskFinished(Task* subTask);
 
85
    //void run();    
 
86
    ReportResult report();
 
87
 
 
88
private:
 
89
    
 
90
    DistanceMatrixMSAProfileTaskSettings   s;        
 
91
    QString                         resultText;
 
92
};
 
93
 
 
94
}//namespace
 
95
 
 
96
#endif