← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/commons-math/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/test/R/covarianceTestCases

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Damien Raude-Morvan
  • Date: 2009-08-22 01:13:25 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090822011325-hi4peq1ua5weguwn
Tags: 2.0-1
* New upstream release.
* Set Maintainer field to Debian Java Team
* Add myself as Uploaders
* Switch to Quilt patch system:
  - Refresh all patchs
  - Remove B-D on dpatch, Add B-D on quilt
  - Include patchsys-quilt.mk in debian/rules
* Bump Standards-Version to 3.8.3:
  - Add a README.source to describe patch system
* Maven POMs:
  - Add a Build-Depends-Indep dependency on maven-repo-helper
  - Use mh_installpom and mh_installjar to install the POM and the jar to the
    Maven repository
* Use default-jdk/jre:
  - Depends on java5-runtime-headless
  - Build-Depends on default-jdk
  - Use /usr/lib/jvm/default-java as JAVA_HOME
* Move api documentation to /usr/share/doc/libcommons-math-java/api
* Build-Depends on junit4 instead of junit

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/test/R/covarianceTestCases
 
1
# Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
 
2
# contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
 
3
# this work for additional information regarding copyright ownership.
 
4
# The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
 
5
# (the "License"); you may not use this file except in compliance with
 
6
# the License.  You may obtain a copy of the License at
 
7
#
 
8
#      http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 
9
#
 
10
# Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 
11
# distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 
12
# WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 
13
# See the License for the specific language governing permissions and
 
14
# limitations under the License.
 
15
#
 
16
#------------------------------------------------------------------------------
 
17
# R source file to validate covariance tests in
 
18
# org.apache.commons.math.stat.correlation.CovarianceTest
 
19
#
 
20
# To run the test, install R, put this file and testFunctions
 
21
# into the same directory, launch R from this directory and then enter
 
22
# source("<name-of-this-file>")
 
23
#
 
24
#------------------------------------------------------------------------------
 
25
tol <- 1E-9                       # error tolerance for tests
 
26
#------------------------------------------------------------------------------
 
27
# Function definitions
 
28
 
 
29
source("testFunctions")           # utility test functions
 
30
options(digits=16)                    # override number of digits displayed
 
31
 
 
32
# function to verify covariance computations
 
33
verifyCovariance <- function(matrix, expectedCovariance, name) {
 
34
    covariance <- cov(matrix)
 
35
    output <- c("Covariance test dataset = ", name)
 
36
    if (assertEquals(expectedCovariance,covariance,tol,"Covariances")) {
 
37
        displayPadded(output, SUCCEEDED, WIDTH)
 
38
    } else {
 
39
        displayPadded(output, FAILED, WIDTH)
 
40
    }  
 
41
}
 
42
 
 
43
#--------------------------------------------------------------------------
 
44
cat("Covariance test cases\n")
 
45
 
 
46
# Longley
 
47
 
 
48
longley <- matrix(c(60323,83.0,234289,2356,1590,107608,1947,
 
49
                    61122,88.5,259426,2325,1456,108632,1948,
 
50
                    60171,88.2,258054,3682,1616,109773,1949,
 
51
                    61187,89.5,284599,3351,1650,110929,1950,
 
52
                    63221,96.2,328975,2099,3099,112075,1951,
 
53
                    63639,98.1,346999,1932,3594,113270,1952,
 
54
                    64989,99.0,365385,1870,3547,115094,1953,
 
55
                    63761,100.0,363112,3578,3350,116219,1954,
 
56
                    66019,101.2,397469,2904,3048,117388,1955,
 
57
                    67857,104.6,419180,2822,2857,118734,1956,
 
58
                    68169,108.4,442769,2936,2798,120445,1957,
 
59
                    66513,110.8,444546,4681,2637,121950,1958,
 
60
                    68655,112.6,482704,3813,2552,123366,1959,
 
61
                    69564,114.2,502601,3931,2514,125368,1960,
 
62
                    69331,115.7,518173,4806,2572,127852,1961,
 
63
                    70551,116.9,554894,4007,2827,130081,1962),
 
64
                    nrow = 16, ncol = 7, byrow = TRUE)
 
65
 
 
66
expectedCovariance <- matrix(c(
 
67
         12333921.73333333246, 3.679666000000000e+04, 343330206.333333313,
 
68
         1649102.666666666744, 1117681.066666666651, 23461965.733333334, 16240.93333333333248,
 
69
         36796.66000000000, 1.164576250000000e+02, 1063604.115416667,
 
70
         6258.666250000000, 3490.253750000000, 73503.000000000, 50.92333333333334,
 
71
         343330206.33333331347, 1.063604115416667e+06, 9879353659.329166412,
 
72
         56124369.854166664183, 30880428.345833335072, 685240944.600000024, 470977.90000000002328,
 
73
         1649102.66666666674, 6.258666250000000e+03, 56124369.854166664,
 
74
         873223.429166666698, -115378.762499999997, 4462741.533333333, 2973.03333333333330,
 
75
         1117681.06666666665, 3.490253750000000e+03, 30880428.345833335,
 
76
         -115378.762499999997, 484304.095833333326, 1764098.133333333, 1382.43333333333339,
 
77
         23461965.73333333433, 7.350300000000000e+04, 685240944.600000024,
 
78
         4462741.533333333209, 1764098.133333333302, 48387348.933333330, 32917.40000000000146,
 
79
         16240.93333333333, 5.092333333333334e+01, 470977.900000000,
 
80
         2973.033333333333, 1382.433333333333, 32917.40000000, 22.66666666666667),
 
81
         nrow = 7, ncol = 7, byrow = TRUE)
 
82
         
 
83
 verifyCovariance(longley, expectedCovariance, "longley")
 
84
 
 
85
 # Swiss Fertility
 
86
 
 
87
 fertility <- matrix(c(80.2,17.0,15,12,9.96,
 
88
  83.1,45.1,6,9,84.84,
 
89
  92.5,39.7,5,5,93.40,
 
90
  85.8,36.5,12,7,33.77,
 
91
  76.9,43.5,17,15,5.16,
 
92
  76.1,35.3,9,7,90.57,
 
93
  83.8,70.2,16,7,92.85,
 
94
  92.4,67.8,14,8,97.16,
 
95
  82.4,53.3,12,7,97.67,
 
96
  82.9,45.2,16,13,91.38,
 
97
  87.1,64.5,14,6,98.61,
 
98
  64.1,62.0,21,12,8.52,
 
99
  66.9,67.5,14,7,2.27,
 
100
  68.9,60.7,19,12,4.43,
 
101
  61.7,69.3,22,5,2.82,
 
102
  68.3,72.6,18,2,24.20,
 
103
  71.7,34.0,17,8,3.30,
 
104
  55.7,19.4,26,28,12.11,
 
105
  54.3,15.2,31,20,2.15,
 
106
  65.1,73.0,19,9,2.84,
 
107
  65.5,59.8,22,10,5.23,
 
108
  65.0,55.1,14,3,4.52,
 
109
  56.6,50.9,22,12,15.14,
 
110
  57.4,54.1,20,6,4.20,
 
111
  72.5,71.2,12,1,2.40,
 
112
  74.2,58.1,14,8,5.23,
 
113
  72.0,63.5,6,3,2.56,
 
114
  60.5,60.8,16,10,7.72,
 
115
  58.3,26.8,25,19,18.46,
 
116
  65.4,49.5,15,8,6.10,
 
117
  75.5,85.9,3,2,99.71,
 
118
  69.3,84.9,7,6,99.68,
 
119
  77.3,89.7,5,2,100.00,
 
120
  70.5,78.2,12,6,98.96,
 
121
  79.4,64.9,7,3,98.22,
 
122
  65.0,75.9,9,9,99.06,
 
123
  92.2,84.6,3,3,99.46,
 
124
  79.3,63.1,13,13,96.83,
 
125
  70.4,38.4,26,12,5.62,
 
126
  65.7,7.7,29,11,13.79,
 
127
  72.7,16.7,22,13,11.22,
 
128
  64.4,17.6,35,32,16.92,
 
129
  77.6,37.6,15,7,4.97,
 
130
  67.6,18.7,25,7,8.65,
 
131
  35.0,1.2,37,53,42.34,
 
132
  44.7,46.6,16,29,50.43,
 
133
  42.8,27.7,22,29,58.33),
 
134
  nrow = 47, ncol = 5, byrow = TRUE)
 
135
   
 
136
 expectedCovariance <- matrix(c(
 
137
         156.0424976873265, 100.1691489361702, -64.36692876965772, -79.7295097132285, 241.5632030527289,
 
138
         100.169148936170251, 515.7994172062905, -124.39283071230344, -139.6574005550416, 379.9043755781684,
 
139
         -64.3669287696577, -124.3928307123034, 63.64662349676226, 53.5758556891767, -190.5606105457909,
 
140
         -79.7295097132285, -139.6574005550416, 53.57585568917669, 92.4560592044403, -61.6988297872340,
 
141
          241.5632030527289, 379.9043755781684, -190.56061054579092, -61.6988297872340, 1739.2945371877890),
 
142
          nrow = 5, ncol = 5, byrow = TRUE)
 
143
      
 
144
 verifyCovariance(fertility, expectedCovariance, "swiss fertility")
 
145
 
 
146
 displayDashes(WIDTH)
 
 
b'\\ No newline at end of file'