← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/commons-math/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/test/java/org/apache/commons/math/stat/CertifiedDataTest.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Damien Raude-Morvan
  • Date: 2009-08-22 01:13:25 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090822011325-hi4peq1ua5weguwn
Tags: 2.0-1
* New upstream release.
* Set Maintainer field to Debian Java Team
* Add myself as Uploaders
* Switch to Quilt patch system:
  - Refresh all patchs
  - Remove B-D on dpatch, Add B-D on quilt
  - Include patchsys-quilt.mk in debian/rules
* Bump Standards-Version to 3.8.3:
  - Add a README.source to describe patch system
* Maven POMs:
  - Add a Build-Depends-Indep dependency on maven-repo-helper
  - Use mh_installpom and mh_installjar to install the POM and the jar to the
    Maven repository
* Use default-jdk/jre:
  - Depends on java5-runtime-headless
  - Build-Depends on default-jdk
  - Use /usr/lib/jvm/default-java as JAVA_HOME
* Move api documentation to /usr/share/doc/libcommons-math-java/api
* Build-Depends on junit4 instead of junit

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/test/java/org/apache/commons/math/stat/CertifiedDataTest.java
 
1
/*
 
2
 * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
 
3
 * contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
 
4
 * this work for additional information regarding copyright ownership.
 
5
 * The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
 
6
 * (the "License"); you may not use this file except in compliance with
 
7
 * the License.  You may obtain a copy of the License at
 
8
 * 
 
9
 *      http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 
10
 * 
 
11
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 
12
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 
13
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 
14
 * See the License for the specific language governing permissions and
 
15
 * limitations under the License.
 
16
 */
 
17
package org.apache.commons.math.stat;
 
18
 
 
19
import junit.framework.Test;
 
20
import junit.framework.TestCase;
 
21
import junit.framework.TestSuite;
 
22
 
 
23
import java.io.BufferedReader;
 
24
import java.io.InputStreamReader;
 
25
 
 
26
import org.apache.commons.math.stat.descriptive.SummaryStatistics;
 
27
import org.apache.commons.math.stat.descriptive.DescriptiveStatistics;
 
28
 
 
29
/**
 
30
 * Certified data test cases.
 
31
 * @version $Revision: 762087 $ $Date: 2009-04-05 10:20:18 -0400 (Sun, 05 Apr 2009) $
 
32
 */
 
33
public class CertifiedDataTest extends TestCase  {
 
34
 
 
35
    protected double mean = Double.NaN;
 
36
 
 
37
    protected double std = Double.NaN;
 
38
 
 
39
    /**
 
40
     * Certified Data Test Constructor
 
41
     * @param name
 
42
     */
 
43
    public CertifiedDataTest(String name) {
 
44
        super(name);
 
45
    }
 
46
 
 
47
    /**
 
48
     * @return The test suite
 
49
     */
 
50
    public static Test suite() {
 
51
        TestSuite suite = new TestSuite(CertifiedDataTest.class);
 
52
        suite.setName("Certified Tests");
 
53
        return suite;
 
54
    }
 
55
 
 
56
    /**
 
57
     * Test SummaryStatistics - implementations that do not store the data
 
58
     * and use single pass algorithms to compute statistics
 
59
    */
 
60
    public void testSummaryStatistics() throws Exception {
 
61
        SummaryStatistics u = new SummaryStatistics();
 
62
        loadStats("data/PiDigits.txt", u);
 
63
        assertEquals("PiDigits: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-13);
 
64
        assertEquals("PiDigits: mean", mean, u.getMean(), 1E-13);  
 
65
 
 
66
        loadStats("data/Mavro.txt", u);
 
67
        assertEquals("Mavro: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
68
        assertEquals("Mavro: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
69
        
 
70
        loadStats("data/Michelso.txt", u);
 
71
        assertEquals("Michelso: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-13);
 
72
        assertEquals("Michelso: mean", mean, u.getMean(), 1E-13);   
 
73
                                        
 
74
        loadStats("data/NumAcc1.txt", u);
 
75
        assertEquals("NumAcc1: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
76
        assertEquals("NumAcc1: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
77
        
 
78
        loadStats("data/NumAcc2.txt", u);
 
79
        assertEquals("NumAcc2: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
80
        assertEquals("NumAcc2: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
81
    }
 
82
 
 
83
    /**
 
84
     * Test DescriptiveStatistics - implementations that store full array of
 
85
     * values and execute multi-pass algorithms
 
86
     */
 
87
    public void testDescriptiveStatistics() throws Exception {
 
88
 
 
89
        DescriptiveStatistics u = new DescriptiveStatistics();
 
90
        
 
91
        loadStats("data/PiDigits.txt", u);
 
92
        assertEquals("PiDigits: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
93
        assertEquals("PiDigits: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
94
        
 
95
        loadStats("data/Mavro.txt", u);
 
96
        assertEquals("Mavro: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
97
        assertEquals("Mavro: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);        
 
98
        
 
99
        loadStats("data/Michelso.txt", u);
 
100
        assertEquals("Michelso: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
101
        assertEquals("Michelso: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);   
 
102
 
 
103
        loadStats("data/NumAcc1.txt", u);
 
104
        assertEquals("NumAcc1: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
105
        assertEquals("NumAcc1: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
106
        
 
107
        loadStats("data/NumAcc2.txt", u);
 
108
        assertEquals("NumAcc2: std", std, u.getStandardDeviation(), 1E-14);
 
109
        assertEquals("NumAcc2: mean", mean, u.getMean(), 1E-14);
 
110
    }
 
111
 
 
112
    /**
 
113
     * loads a DescriptiveStatistics off of a test file
 
114
     * @param file
 
115
     * @param statistical summary
 
116
     */
 
117
    private void loadStats(String resource, Object u) throws Exception {
 
118
        
 
119
        DescriptiveStatistics d = null;
 
120
        SummaryStatistics s = null;
 
121
        if (u instanceof DescriptiveStatistics) {
 
122
            d = (DescriptiveStatistics) u;
 
123
        } else {
 
124
            s = (SummaryStatistics) u;
 
125
        }
 
126
        u.getClass().getDeclaredMethod(
 
127
                "clear", new Class[]{}).invoke(u, new Object[]{});
 
128
        mean = Double.NaN;
 
129
        std = Double.NaN;
 
130
        
 
131
        BufferedReader in =
 
132
            new BufferedReader(
 
133
                    new InputStreamReader(
 
134
                            CertifiedDataTest.class.getResourceAsStream(resource)));
 
135
        
 
136
        String line = null;
 
137
        
 
138
        for (int j = 0; j < 60; j++) {
 
139
            line = in.readLine();
 
140
            if (j == 40) {
 
141
                mean =
 
142
                    Double.parseDouble(
 
143
                            line.substring(line.lastIndexOf(":") + 1).trim());
 
144
            }
 
145
            if (j == 41) {
 
146
                std =
 
147
                    Double.parseDouble(
 
148
                            line.substring(line.lastIndexOf(":") + 1).trim());
 
149
            }
 
150
        }
 
151
        
 
152
        line = in.readLine();
 
153
        
 
154
        while (line != null) {
 
155
            if (d != null) {
 
156
                d.addValue(Double.parseDouble(line.trim()));
 
157
            }  else {
 
158
                s.addValue(Double.parseDouble(line.trim()));
 
159
            }
 
160
            line = in.readLine();
 
161
        }
 
162
        
 
163
        in.close();
 
164
    }
 
165
}