← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/commons-math/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/test/org/apache/commons/math/stat/descriptive/MultivariateSummaryStatisticsTest.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Damien Raude-Morvan
  • Date: 2009-08-22 01:13:25 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090822011325-hi4peq1ua5weguwn
Tags: 2.0-1
* New upstream release.
* Set Maintainer field to Debian Java Team
* Add myself as Uploaders
* Switch to Quilt patch system:
  - Refresh all patchs
  - Remove B-D on dpatch, Add B-D on quilt
  - Include patchsys-quilt.mk in debian/rules
* Bump Standards-Version to 3.8.3:
  - Add a README.source to describe patch system
* Maven POMs:
  - Add a Build-Depends-Indep dependency on maven-repo-helper
  - Use mh_installpom and mh_installjar to install the POM and the jar to the
    Maven repository
* Use default-jdk/jre:
  - Depends on java5-runtime-headless
  - Build-Depends on default-jdk
  - Use /usr/lib/jvm/default-java as JAVA_HOME
* Move api documentation to /usr/share/doc/libcommons-math-java/api
* Build-Depends on junit4 instead of junit

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/test/org/apache/commons/math/stat/descriptive/MultivariateSummaryStatisticsTest.java
1
 
/*
2
 
 * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
3
 
 * contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
4
 
 * this work for additional information regarding copyright ownership.
5
 
 * The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
6
 
 * (the "License"); you may not use this file except in compliance with
7
 
 * the License.  You may obtain a copy of the License at
8
 
 * 
9
 
 *      http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
10
 
 * 
11
 
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
12
 
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
13
 
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
14
 
 * See the License for the specific language governing permissions and
15
 
 * limitations under the License.
16
 
 */
17
 
package org.apache.commons.math.stat.descriptive;
18
 
 
19
 
 
20
 
import junit.framework.Test;
21
 
import junit.framework.TestCase;
22
 
import junit.framework.TestSuite;
23
 
 
24
 
import org.apache.commons.math.DimensionMismatchException;
25
 
import org.apache.commons.math.TestUtils;
26
 
import org.apache.commons.math.stat.descriptive.moment.Mean;
27
 
 
28
 
/**
29
 
 * Test cases for the {@link MultivariateSummaryStatistics} class.
30
 
 *
31
 
 * @version $Revision: 566833 $ $Date: 2007-08-16 13:36:33 -0700 (Thu, 16 Aug 2007) $
32
 
 */
33
 
 
34
 
public class MultivariateSummaryStatisticsTest extends TestCase {
35
 
 
36
 
    public MultivariateSummaryStatisticsTest(String name) {
37
 
        super(name);
38
 
    }
39
 
    
40
 
    public static Test suite() {
41
 
        TestSuite suite = new TestSuite(MultivariateSummaryStatisticsTest.class);
42
 
        suite.setName("MultivariateSummaryStatistics tests");
43
 
        return suite;
44
 
    }
45
 
 
46
 
    public void testSetterInjection() throws Exception {
47
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
48
 
        u.setMeanImpl(new StorelessUnivariateStatistic[] {
49
 
                        new sumMean(), new sumMean()
50
 
                      });
51
 
        u.addValue(new double[] { 1, 2 });
52
 
        u.addValue(new double[] { 3, 4 });
53
 
        assertEquals(4, u.getMean()[0], 1E-14);
54
 
        assertEquals(6, u.getMean()[1], 1E-14);
55
 
        u.clear();
56
 
        u.addValue(new double[] { 1, 2 });
57
 
        u.addValue(new double[] { 3, 4 });
58
 
        assertEquals(4, u.getMean()[0], 1E-14);
59
 
        assertEquals(6, u.getMean()[1], 1E-14);
60
 
        u.clear();
61
 
        u.setMeanImpl(new StorelessUnivariateStatistic[] {
62
 
                        new Mean(), new Mean()
63
 
                      }); // OK after clear
64
 
        u.addValue(new double[] { 1, 2 });
65
 
        u.addValue(new double[] { 3, 4 });
66
 
        assertEquals(2, u.getMean()[0], 1E-14);
67
 
        assertEquals(3, u.getMean()[1], 1E-14);
68
 
    }
69
 
    
70
 
    public void testSetterIllegalState() throws Exception {
71
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
72
 
        u.addValue(new double[] { 1, 2 });
73
 
        u.addValue(new double[] { 3, 4 });
74
 
        try {
75
 
            u.setMeanImpl(new StorelessUnivariateStatistic[] {
76
 
                            new sumMean(), new sumMean()
77
 
                          });
78
 
            fail("Expecting IllegalStateException");
79
 
        } catch (IllegalStateException ex) {
80
 
            // expected
81
 
        }
82
 
    }
83
 
    
84
 
    /**
85
 
     * Bogus mean implementation to test setter injection.
86
 
     * Returns the sum instead of the mean.
87
 
     */
88
 
    static class sumMean implements StorelessUnivariateStatistic {   
89
 
        private static final long serialVersionUID = 6492471391340853423L;
90
 
        private double sum = 0;
91
 
        private long n = 0;
92
 
        public double evaluate(double[] values, int begin, int length) {
93
 
            return 0;
94
 
        }
95
 
        public double evaluate(double[] values) {
96
 
            return 0;
97
 
        }
98
 
        public void clear() {
99
 
          sum = 0; 
100
 
          n = 0;
101
 
        }
102
 
        public long getN() {
103
 
            return n;
104
 
        }
105
 
        public double getResult() {
106
 
            return sum;
107
 
        }
108
 
        public void increment(double d) {
109
 
            sum += d;
110
 
            n++;
111
 
        }
112
 
        public void incrementAll(double[] values, int start, int length) {
113
 
        }
114
 
        public void incrementAll(double[] values) {
115
 
        }   
116
 
    }
117
 
 
118
 
    public void testDimension() {
119
 
        try {
120
 
            new MultivariateSummaryStatistics(2, true).addValue(new double[3]);
121
 
        } catch (DimensionMismatchException dme) {
122
 
            // expected behavior
123
 
        } catch (Exception e) {
124
 
            fail("wrong exception caught");
125
 
        }
126
 
    }
127
 
 
128
 
    /** test stats */
129
 
    public void testStats() throws DimensionMismatchException {
130
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
131
 
        assertEquals(0, u.getN());
132
 
        u.addValue(new double[] { 1, 2 });
133
 
        u.addValue(new double[] { 2, 3 });
134
 
        u.addValue(new double[] { 2, 3 });
135
 
        u.addValue(new double[] { 3, 4 });
136
 
        assertEquals( 4, u.getN());
137
 
        assertEquals( 8, u.getSum()[0], 1.0e-10);
138
 
        assertEquals(12, u.getSum()[1], 1.0e-10);
139
 
        assertEquals(18, u.getSumSq()[0], 1.0e-10);
140
 
        assertEquals(38, u.getSumSq()[1], 1.0e-10);
141
 
        assertEquals( 1, u.getMin()[0], 1.0e-10);
142
 
        assertEquals( 2, u.getMin()[1], 1.0e-10);
143
 
        assertEquals( 3, u.getMax()[0], 1.0e-10);
144
 
        assertEquals( 4, u.getMax()[1], 1.0e-10);
145
 
        assertEquals(2.4849066497880003102, u.getSumLog()[0], 1.0e-10);
146
 
        assertEquals( 4.276666119016055311, u.getSumLog()[1], 1.0e-10);
147
 
        assertEquals( 1.8612097182041991979, u.getGeometricMean()[0], 1.0e-10);
148
 
        assertEquals( 2.9129506302439405217, u.getGeometricMean()[1], 1.0e-10);
149
 
        assertEquals( 2, u.getMean()[0], 1.0e-10);
150
 
        assertEquals( 3, u.getMean()[1], 1.0e-10);
151
 
        assertEquals(Math.sqrt(2.0 / 3.0), u.getStandardDeviation()[0], 1.0e-10);
152
 
        assertEquals(Math.sqrt(2.0 / 3.0), u.getStandardDeviation()[1], 1.0e-10);
153
 
        assertEquals(2.0 / 3.0, u.getCovariance().getEntry(0, 0), 1.0e-10);
154
 
        assertEquals(2.0 / 3.0, u.getCovariance().getEntry(0, 1), 1.0e-10);
155
 
        assertEquals(2.0 / 3.0, u.getCovariance().getEntry(1, 0), 1.0e-10);
156
 
        assertEquals(2.0 / 3.0, u.getCovariance().getEntry(1, 1), 1.0e-10);
157
 
        u.clear();
158
 
        assertEquals(0, u.getN());    
159
 
    }     
160
 
 
161
 
    public void testN0andN1Conditions() throws Exception {
162
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(1, true);
163
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getMean()[0]));
164
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getStandardDeviation()[0]));
165
 
 
166
 
        /* n=1 */
167
 
        u.addValue(new double[] { 1 });
168
 
        assertEquals(1.0, u.getMean()[0], 1.0e-10);
169
 
        assertEquals(1.0, u.getGeometricMean()[0], 1.0e-10);
170
 
        assertEquals(0.0, u.getStandardDeviation()[0], 1.0e-10);
171
 
 
172
 
        /* n=2 */               
173
 
        u.addValue(new double[] { 2 });
174
 
        assertTrue(u.getStandardDeviation()[0] > 0);
175
 
 
176
 
    }
177
 
 
178
 
    public void testNaNContracts() throws DimensionMismatchException {
179
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(1, true);
180
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getMean()[0])); 
181
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getMin()[0])); 
182
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getStandardDeviation()[0])); 
183
 
        assertTrue(Double.isNaN(u.getGeometricMean()[0]));
184
 
 
185
 
        u.addValue(new double[] { 1.0 });
186
 
        assertFalse(Double.isNaN(u.getMean()[0])); 
187
 
        assertFalse(Double.isNaN(u.getMin()[0])); 
188
 
        assertFalse(Double.isNaN(u.getStandardDeviation()[0])); 
189
 
        assertFalse(Double.isNaN(u.getGeometricMean()[0]));
190
 
 
191
 
    }
192
 
 
193
 
    public void testSerialization() throws DimensionMismatchException {
194
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
195
 
        // Empty test
196
 
        TestUtils.checkSerializedEquality(u);
197
 
        MultivariateSummaryStatistics s = (MultivariateSummaryStatistics) TestUtils.serializeAndRecover(u);
198
 
        assertEquals(u, s);
199
 
 
200
 
        // Add some data
201
 
        u.addValue(new double[] { 2d, 1d });
202
 
        u.addValue(new double[] { 1d, 1d });
203
 
        u.addValue(new double[] { 3d, 1d });
204
 
        u.addValue(new double[] { 4d, 1d });
205
 
        u.addValue(new double[] { 5d, 1d });
206
 
 
207
 
        // Test again
208
 
        TestUtils.checkSerializedEquality(u);
209
 
        s = (MultivariateSummaryStatistics) TestUtils.serializeAndRecover(u);
210
 
        assertEquals(u, s);
211
 
 
212
 
    }
213
 
 
214
 
    public void testEqualsAndHashCode() throws DimensionMismatchException {
215
 
        MultivariateSummaryStatistics u = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
216
 
        MultivariateSummaryStatistics t = null;
217
 
        int emptyHash = u.hashCode();
218
 
        assertTrue(u.equals(u));
219
 
        assertFalse(u.equals(t));
220
 
        assertFalse(u.equals(new Double(0)));
221
 
        t = new MultivariateSummaryStatistics(2, true);
222
 
        assertTrue(t.equals(u));
223
 
        assertTrue(u.equals(t));
224
 
        assertEquals(emptyHash, t.hashCode());
225
 
 
226
 
        // Add some data to u
227
 
        u.addValue(new double[] { 2d, 1d });
228
 
        u.addValue(new double[] { 1d, 1d });
229
 
        u.addValue(new double[] { 3d, 1d });
230
 
        u.addValue(new double[] { 4d, 1d });
231
 
        u.addValue(new double[] { 5d, 1d });
232
 
        assertFalse(t.equals(u));
233
 
        assertFalse(u.equals(t));
234
 
        assertTrue(u.hashCode() != t.hashCode());
235
 
 
236
 
        //Add data in same order to t
237
 
        t.addValue(new double[] { 2d, 1d });
238
 
        t.addValue(new double[] { 1d, 1d });
239
 
        t.addValue(new double[] { 3d, 1d });
240
 
        t.addValue(new double[] { 4d, 1d });
241
 
        t.addValue(new double[] { 5d, 1d });
242
 
        assertTrue(t.equals(u));
243
 
        assertTrue(u.equals(t));
244
 
        assertEquals(u.hashCode(), t.hashCode());   
245
 
 
246
 
        // Clear and make sure summaries are indistinguishable from empty summary
247
 
        u.clear();
248
 
        t.clear();
249
 
        assertTrue(t.equals(u));
250
 
        assertTrue(u.equals(t));
251
 
        assertEquals(emptyHash, t.hashCode());
252
 
        assertEquals(emptyHash, u.hashCode());
253
 
    }
254
 
 
255
 
}