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Viewing changes to src/test/org/apache/commons/math/distribution/GammaDistributionTest.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Damien Raude-Morvan
  • Date: 2009-08-22 01:13:25 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090822011325-hi4peq1ua5weguwn
Tags: 2.0-1
* New upstream release.
* Set Maintainer field to Debian Java Team
* Add myself as Uploaders
* Switch to Quilt patch system:
  - Refresh all patchs
  - Remove B-D on dpatch, Add B-D on quilt
  - Include patchsys-quilt.mk in debian/rules
* Bump Standards-Version to 3.8.3:
  - Add a README.source to describe patch system
* Maven POMs:
  - Add a Build-Depends-Indep dependency on maven-repo-helper
  - Use mh_installpom and mh_installjar to install the POM and the jar to the
    Maven repository
* Use default-jdk/jre:
  - Depends on java5-runtime-headless
  - Build-Depends on default-jdk
  - Use /usr/lib/jvm/default-java as JAVA_HOME
* Move api documentation to /usr/share/doc/libcommons-math-java/api
* Build-Depends on junit4 instead of junit

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Lines of Context:
src/test/org/apache/commons/math/distribution/GammaDistributionTest.java
1
 
/*
2
 
 * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
3
 
 * contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
4
 
 * this work for additional information regarding copyright ownership.
5
 
 * The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
6
 
 * (the "License"); you may not use this file except in compliance with
7
 
 * the License.  You may obtain a copy of the License at
8
 
 * 
9
 
 *      http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
10
 
 * 
11
 
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
12
 
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
13
 
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
14
 
 * See the License for the specific language governing permissions and
15
 
 * limitations under the License.
16
 
 */
17
 
 
18
 
package org.apache.commons.math.distribution;
19
 
 
20
 
/**
21
 
 * Test cases for GammaDistribution.
22
 
 * Extends ContinuousDistributionAbstractTest.  See class javadoc for
23
 
 * ContinuousDistributionAbstractTest for details.
24
 
 * 
25
 
 * @version $Revision: 563850 $ $Date: 2007-08-08 06:18:46 -0700 (Wed, 08 Aug 2007) $
26
 
 */
27
 
public class GammaDistributionTest extends ContinuousDistributionAbstractTest {
28
 
    
29
 
    /**
30
 
     * Constructor for GammaDistributionTest.
31
 
     * @param name
32
 
     */
33
 
    public GammaDistributionTest(String name) {
34
 
        super(name);
35
 
    }
36
 
    
37
 
    //-------------- Implementations for abstract methods -----------------------
38
 
    
39
 
    /** Creates the default continuous distribution instance to use in tests. */
40
 
    public ContinuousDistribution makeDistribution() {
41
 
        return new GammaDistributionImpl(4d, 2d);
42
 
    }   
43
 
    
44
 
    /** Creates the default cumulative probability distribution test input values */
45
 
    public double[] makeCumulativeTestPoints() {
46
 
        // quantiles computed using R version 1.8.1 (linux version)
47
 
        return new double[] {0.8571048, 1.646497, 2.179731, 2.732637,
48
 
            3.489539, 26.12448, 20.09024, 17.53455,
49
 
            15.50731, 13.36157};
50
 
    }
51
 
    
52
 
    /** Creates the default cumulative probability density test expected values */
53
 
    public double[] makeCumulativeTestValues() {
54
 
        return new double[] {0.001d, 0.01d, 0.025d, 0.05d, 0.1d, 0.999d,
55
 
                0.990d, 0.975d, 0.950d, 0.900d}; 
56
 
    }
57
 
    
58
 
    // --------------------- Override tolerance  --------------
59
 
    protected void setUp() throws Exception {
60
 
        super.setUp();
61
 
        setTolerance(6e-6);
62
 
    }
63
 
 
64
 
    //---------------------------- Additional test cases -------------------------
65
 
    public void testParameterAccessors() {
66
 
        GammaDistribution distribution = (GammaDistribution) getDistribution();
67
 
        assertEquals(4d, distribution.getAlpha(), 0);
68
 
        distribution.setAlpha(3d);
69
 
        assertEquals(3d, distribution.getAlpha(), 0);
70
 
        assertEquals(2d, distribution.getBeta(), 0);
71
 
        distribution.setBeta(4d);
72
 
        assertEquals(4d, distribution.getBeta(), 0);
73
 
        try {
74
 
            distribution.setAlpha(0d);
75
 
            fail("Expecting IllegalArgumentException for alpha = 0");
76
 
        } catch (IllegalArgumentException ex) {
77
 
            // expected
78
 
        }
79
 
        try {
80
 
            distribution.setBeta(0d);
81
 
            fail("Expecting IllegalArgumentException for beta = 0");
82
 
        } catch (IllegalArgumentException ex) {
83
 
            // expected
84
 
        }
85
 
    } 
86
 
    
87
 
    public void testProbabilities() throws Exception {
88
 
        testProbability(-1.000, 4.0, 2.0, .0000);
89
 
        testProbability(15.501, 4.0, 2.0, .9499);
90
 
        testProbability(0.504, 4.0, 1.0, .0018);
91
 
        testProbability(10.011, 1.0, 2.0, .9933);
92
 
        testProbability(5.000, 2.0, 2.0, .7127);
93
 
    }
94
 
 
95
 
    public void testValues() throws Exception {
96
 
        testValue(15.501, 4.0, 2.0, .9499);
97
 
        testValue(0.504, 4.0, 1.0, .0018);
98
 
        testValue(10.011, 1.0, 2.0, .9933);
99
 
        testValue(5.000, 2.0, 2.0, .7127);
100
 
    }
101
 
 
102
 
    private void testProbability(double x, double a, double b, double expected) throws Exception {
103
 
        GammaDistribution distribution = new GammaDistributionImpl( a, b );
104
 
        double actual = distribution.cumulativeProbability(x);
105
 
        assertEquals("probability for " + x, expected, actual, 10e-4);
106
 
    }
107
 
 
108
 
    private void testValue(double expected, double a, double b, double p) throws Exception {
109
 
        GammaDistribution distribution = new GammaDistributionImpl( a, b );
110
 
        double actual = distribution.inverseCumulativeProbability(p);
111
 
        assertEquals("critical value for " + p, expected, actual, 10e-4);
112
 
    }
113
 
    
114
 
    public void testInverseCumulativeProbabilityExtremes() throws Exception {
115
 
        setInverseCumulativeTestPoints(new double[] {0, 1});
116
 
        setInverseCumulativeTestValues(new double[] {0, Double.POSITIVE_INFINITY});
117
 
        verifyInverseCumulativeProbabilities();
118
 
    }
119
 
}