← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to .pc/50_private_nameservers/lib/arb_tcp_org.dat

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
.pc/50_private_nameservers/lib/arb_tcp_org.dat
 
1
#*******************    Syntax ***********************************
 
2
#
 
3
#       [USER:]SERVER_ID                HOST:IP_NR      [programm       args]
 
4
#       [USER:]SERVER_ID                :SOCKETPATH     [programm       args]
 
5
#               [xxx] means optional field
 
6
#               all $(enviroment_variable) are replaced by the value of the 'enviroment_variable'.
 
7
#               if host is localhost then it is replaced by the result of `hostname`.
 
8
#
 
9
#   Specifying an username before the SERVER_ID makes the server user specific.
 
10
#
 
11
#   This file is searched at several locations:
 
12
#       - in the current directory
 
13
#       - in the $(HOME) (=home directory of the current user)
 
14
#       - in $(ARBHOME)/lib
 
15
#   The first occurrance found is taken.
 
16
#
 
17
#       Existing SERVER_IDs:
 
18
#
 
19
#               ARB_DB_SERVER               Your private database server. It is automatically started
 
20
#               ARB_PT_SERVER               Default PT_SERVER for PB_RETRIEVE (privat TU_Munich server)
 
21
#               ARB_PT_SERVERn              Global PT_SERVERs. Needed for fast database search (align seq, probe des.)
 
22
#                                                   n starts from 0 to max, no number can be excluded !!!
 
23
#               ARB_NAME_SERVER             Generates short names for species (using 'acc')
 
24
#               ARB_NAME_SERVER_field   Generates short names for species (using 'acc' and 'field')
 
25
#
 
26
#*****************************************************************
 
27
 
 
28
# version of arb_tcp.dat
 
29
ARB_TCP_DAT_VERSION 2
 
30
 
 
31
#***********    Test Servers  ******************
 
32
 
 
33
ARB_TEST_PT_SERVER          :$(ARBHOME)/UNIT_TESTER/sockets/pt.socket       arb_pt_server -D$(ARBHOME)/UNIT_TESTER/run/TEST_pt.arb
 
34
ARB_TEST_PT_SERVER_GENE     :$(ARBHOME)/UNIT_TESTER/sockets/ptgene.socket  arb_pt_server -D$(ARBHOME)/UNIT_TESTER/run/TEST_gpt.arb
 
35
 
 
36
#***********    Private Servers (for each user) ******************
 
37
#
 
38
# This is a local server, running on one machine. Each user has his own socket:
 
39
# ARB_PID is an Enviroment Variable which is set by the command 'arb' to its own process id
 
40
# see programm $ARBHOME/SH/arb_clean to remove the sockets
 
41
 
 
42
ARB_DB_SERVER           :/tmp/arb_db_$(USER)_$(ARB_PID)
 
43
 
 
44
# If you want to run programs on a workstation cluster, you have to assign your arbdb server
 
45
# and one ip-id for each user. To choose an ip_id choose any number between 1000 and 4000 and
 
46
# examine /etc/services whether this ip-id has not yet been allocated by another programm
 
47
#       smith:ARB_DB_SERVER     myhost:4011             // socket for smith ('arb' has to be started on 'myhost')
 
48
#       ludwig:ARB_DB_SERVER    myhost:4012             // socket for ludwig
 
49
#       ARB_DB_SERVER           :/tmp/arb_db_$(USER)_$(ARB_PID) // and sockets for all others
 
50
 
 
51
#***********    Global Servers (for all users) ******************
 
52
#
 
53
#***********    Nameserver The server should run on the nfs server ******************
 
54
# The primary nameserver (ARB_NAME_SERVER) uses the field 'acc' for species identification
 
55
#
 
56
# You may define additional nameservers, using one additional field for identification.
 
57
# The defined nameserver 'ARB_NAME_SERVER_START' uses the fields 'acc' and 'start'.
 
58
 
 
59
ARB_NAME_SERVER                 localhost:3020          arb_name_server -d$(ARBHOME)/lib/nas/names.dat
 
60
ARB_NAME_SERVER_START           localhost:3021          arb_name_server -d$(ARBHOME)/lib/nas/names_start.dat -fstart=1
 
61
# ARB_NAME_SERVER_STRAIN          localhost:3022          arb_name_server -d$(ARBHOME)/lib/nas/names_strain.dat -fstrain=
 
62
# ARB_NAME_SERVER_POS_START       localhost:3023          arb_name_server -d$(ARBHOME)/lib/nas/names_pos_start.dat -fpos_start=1
 
63
 
 
64
#***********    PT_SERVERS The server should run on the nfs server ******************
 
65
#*******     You may add new pt_servers here: (numbers must be continued)   *********
 
66
# Note: If the database name is '!ASSUME_RUNNING' (i.e. -D!ASSUME_RUNNING), ARB will not
 
67
#       try to start/stop/update/... the server and will not check DB for existance.
 
68
#       To use such a PT-Server you'll have to start it manually on the remote host
 
69
 
 
70
ARB_PT_SERVER0          localhost:3030                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/probe_server.arb
 
71
ARB_PT_SERVER1          localhost:3031                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/LSU_rRNA.arb
 
72
ARB_PT_SERVER2          localhost:3032                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/SSU_rRNA.arb
 
73
ARB_PT_SERVER3          :$(HOME)/.arb_pts/$(USER)1.socket    arb_pt_server   -D$(HOME)/.arb_pts/$(USER)1.arb
 
74
ARB_PT_SERVER4          :$(HOME)/.arb_pts/$(USER)2.socket    arb_pt_server   -D$(HOME)/.arb_pts/$(USER)2.arb
 
75
ARB_PT_SERVER5          :$(HOME)/.arb_pts/$(USER)3.socket    arb_pt_server   -D$(HOME)/.arb_pts/$(USER)3.arb
 
76
ARB_PT_SERVER6          localhost:3033                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/user1.arb
 
77
ARB_PT_SERVER7          localhost:3034                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/user2.arb
 
78
ARB_PT_SERVER8          localhost:3035                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/user3.arb
 
79
ARB_PT_SERVER9          localhost:3036                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/user4.arb
 
80
ARB_PT_SERVER10         localhost:3037                       arb_pt_server   -D$(ARBHOME)/lib/pts/user5.arb