← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to GDE/RAxML/Makefile

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
GDE/RAxML/Makefile
3
3
 
4
4
.SUFFIXES: .o .c .h .depend
5
5
 
6
 
RAXML_OBJECTS    = axml.o raxmlParsimony.o rev_functions.o optimizeModel.o multiple.o searchAlgo.o topologies.o parsePartitions.o treeIO.o models.o bipartitionList.o rapidBootstrap.o evaluatePartialGeneric.o evaluateGeneric.o newviewGeneric.o makenewzGeneric.o  evaluateGenericVector.o categorizeGeneric.o 
 
6
RAXML_OBJECTS    = axml.o  optimizeModel.o multiple.o searchAlgo.o topologies.o parsePartitions.o treeIO.o models.o bipartitionList.o rapidBootstrap.o evaluatePartialGenericSpecial.o evaluateGenericSpecial.o newviewGenericSpecial.o makenewzGenericSpecial.o   classify.o fastDNAparsimony.o fastSearch.o leaveDropping.o rogueEPA.o ancestralStates.o mem_alloc.o
7
7
OBJECTS = $(RAXML_OBJECTS)
8
8
RM = rm -f
9
9
 
10
 
GLOBAL_DEPS = axml.h globalVariables.h
11
 
CFLAGS_RAXML =  -fomit-frame-pointer -funroll-loops  
12
 
#-Wall -pedantic -Wunused-parameter -Wredundant-decls  -Wreturn-type  -Wswitch-default -Wunused-value -Wimplicit  -Wimplicit-function-declaration  -Wimplicit-int -Wimport -pedantic-errors -Wunused  -Wunused-function  -Wunused-label -Wno-int-to-pointer-cast -Wbad-function-cast  -Wmissing-declarations -Wmissing-prototypes  -Wnested-externs  -Wold-style-definition -Wstrict-prototypes  -Wdeclaration-after-statement -Wpointer-sign -Wextra -Wmissing-noreturn -Wredundant-decls -Wunused -Wunused-function -Wunused-parameter -Wunused-value  -Wunused-variable
 
10
GLOBAL_DEPS = axml.h globalVariables.h #mem_alloc.h
 
11
CFLAGS_RAXML =  -fomit-frame-pointer -funroll-loops -O2 -msse #-Wall -Wunused-parameter -Wredundant-decls  -Wreturn-type  -Wswitch-default -Wunused-value -Wimplicit  -Wimplicit-function-declaration  -Wimplicit-int -Wimport  -Wunused  -Wunused-function  -Wunused-label -Wno-int-to-pointer-cast -Wbad-function-cast  -Wmissing-declarations -Wmissing-prototypes  -Wnested-externs  -Wold-style-definition -Wstrict-prototypes -Wpointer-sign -Wextra -Wredundant-decls -Wunused -Wunused-function -Wunused-parameter -Wunused-value  -Wunused-variable -Wformat  -Wformat-nonliteral -Wparentheses -Wsequence-point -Wuninitialized -Wundef -Wbad-function-cast
13
12
 
14
13
# ----------------------------------------
15
14
# normal compilation:
28
27
# compile for ARB:
29
28
else
30
29
 
31
 
CC      = $(ACC)
 
30
CC      = $(A_CC)
32
31
TARGET  = $(ARBHOME)/bin
33
32
LDFLAGS = -lm
34
33
CFLAGS  = $(cflags) $(CFLAGS_RAXML)
63
62
# DO NOT DELETE
64
63
 
65
64
# Do not add dependencies manually - use 'make depend' in $ARBHOME
66
 
# For formatting issues see SOURCE_TOOLS/fix_depends.pl
 
65
# For formatting issues see SOURCE_TOOLS/fix_depends.pl (from GDE)
 
66
 
 
67
ancestralStates.o: axml.h
67
68
 
68
69
axml.o: axml.h
69
70
axml.o: globalVariables.h
70
71
 
71
72
bipartitionList.o: axml.h
72
73
 
73
 
categorizeGeneric.o: axml.h
74
 
 
75
 
evaluateGeneric.o: axml.h
76
 
 
77
 
evaluateGenericVector.o: axml.h
78
 
 
79
 
evaluatePartialGeneric.o: axml.h
80
 
 
81
 
makenewzGeneric.o: axml.h
 
74
classify.o: axml.h
 
75
 
 
76
evaluateGenericSpecial.o: axml.h
 
77
 
 
78
evaluatePartialGenericSpecial.o: axml.h
 
79
 
 
80
fastDNAparsimony.o: axml.h
 
81
 
 
82
fastSearch.o: axml.h
 
83
 
 
84
leaveDropping.o: axml.h
 
85
 
 
86
makenewzGenericSpecial.o: axml.h
 
87
 
 
88
mem_alloc.o: axml.h
 
89
mem_alloc.o: $(ARBHOME)/INCLUDE/malloc.h
82
90
 
83
91
models.o: axml.h
84
92
 
85
93
multiple.o: axml.h
86
94
 
87
 
newviewGeneric.o: axml.h
 
95
newviewGenericSpecial.o: axml.h
88
96
 
89
97
optimizeModel.o: axml.h
90
98
 
92
100
 
93
101
rapidBootstrap.o: axml.h
94
102
 
95
 
raxmlParsimony.o: axml.h
96
 
 
97
 
rev_functions.o: axml.h
 
103
rogueEPA.o: axml.h
98
104
 
99
105
searchAlgo.o: axml.h
100
106