~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to SL/AW_HELIX/AW_helix.hxx

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
16
16
#ifndef BI_HELIX_HXX
17
17
#include <BI_helix.hxx>
18
18
#endif
19
 
#ifndef AW_ROOT_HXX
20
 
#include <aw_root.hxx>
 
19
#ifndef AW_BASE_HXX
 
20
#include <aw_base.hxx>
21
21
#endif
22
22
 
23
 
class AW_cb_struct;
 
23
class AW_cb;
24
24
 
25
 
class AW_helix: public BI_helix {
 
25
class AW_helix : public BI_helix {
26
26
    long enabled; // draw or not
27
27
 
28
28
public:
29
29
    AW_helix(AW_root *awroot);
30
30
 
31
 
    char *seq_2_helix(char *sequence,char undefsymbol = ' ');
 
31
    char *seq_2_helix(char *sequence, char undefsymbol = ' ');
32
32
    char get_symbol(char left, char right, BI_PAIR_TYPE pair_type);
33
 
    int show_helix( void *device, int gc1 , char *sequence,
34
 
                    AW_pos x, AW_pos y,
35
 
                    AW_bitset filter,
36
 
                    AW_CL cd1, AW_CL cd2);
37
 
 
 
33
    int show_helix(void *device, int gc1, const char *sequence, AW_pos x, AW_pos y, AW_bitset filter);
38
34
    bool is_enabled() const { return (enabled != 0) && (size()>0); }
39
35
};
40
36
 
41
 
AW_window *create_helix_props_window(AW_root *awr, AW_cb_struct * /*owner*/awcbs);
 
37
AW_window *create_helix_props_window(AW_root *awr, void (*cb)(AW_window*));
42
38
 
43
39
#else
44
40
#error AW_helix.hxx included twice