← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/DNA.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
GDE/MAFFT/mafft-7.055-with-extensions/core/DNA.h
 
1
#define DEFAULTGOP_N -1530
 
2
#define DEFAULTGEP_N  0
 
3
#define DEFAULTOFS_N -123 
 
4
#define DEFAULTPAMN  200
 
5
 
 
6
#define DEFAULTRNAGOP_N -1530
 
7
#define DEFAULTRNAGEP_N 0
 
8
#define DEFAULTRNATHR_N 0
 
9
 
 
10
//  -h 0.11150 -> all positive
 
11
 
 
12
double ribosum4[4][4] = 
 
13
{
 
14
//   a       g       c       t     
 
15
{    2.22,  -1.46,  -1.86,  -1.39, }, // a
 
16
{   -1.46,   1.03,  -2.48,  -1.74, }, // g
 
17
{   -1.86,  -2.48,   1.16,  -1.05, }, // c
 
18
{   -1.39,  -1.74,  -1.05,   1.65, }, // t
 
19
};
 
20
 
 
21
double ribosum16[16][16] = 
 
22
{
 
23
//   aa      ag      ac      at      ga      gg      gc      gt      ca      cg      cc      ct      ta      tg      tc      tt    
 
24
{   -2.49,  -8.24,  -7.04,  -4.32,  -6.86,  -8.39,  -5.03,  -5.84,  -8.84,  -4.68, -14.37, -12.64,  -4.01,  -6.16, -11.32,  -9.05, }, // aa
 
25
{   -8.24,  -0.80,  -8.89,  -5.13,  -8.61,  -5.38,  -5.77,  -6.60, -10.41,  -4.57, -14.53, -10.14,  -5.43,  -5.94,  -8.87, -11.07, }, // ag
 
26
{   -7.04,  -8.89,  -2.11,  -2.04,  -9.73, -11.05,  -3.81,  -4.72,  -9.37,  -5.86,  -9.08, -10.45,  -5.33,  -6.93,  -8.67,  -7.83, }, // ac
 
27
{   -4.32,  -5.13,  -2.04,   4.49,  -5.33,  -5.61,   2.70,   0.59,  -5.56,   1.67,  -6.71,  -5.17,   1.61,  -0.51,  -4.81,  -2.98, }, // at
 
28
{   -6.86,  -8.61,  -9.73,  -5.33,  -1.05,  -8.67,  -4.88,  -6.10,  -7.98,  -6.00, -12.43,  -7.71,  -5.85,  -7.55,  -6.63, -11.54, }, // ga
 
29
{   -8.39,  -5.38, -11.05,  -5.61,  -8.67,  -1.98,  -4.13,  -5.77, -11.36,  -4.66, -12.58, -13.69,  -5.75,  -4.27, -12.01, -10.79, }, // gg
 
30
{   -5.03,  -5.77,  -3.81,   2.70,  -4.88,  -4.13,   5.62,   1.21,  -5.95,   2.11,  -3.70,  -5.84,   1.60,  -0.08,  -4.49,  -3.90, }, // gc
 
31
{   -5.84,  -6.60,  -4.72,   0.59,  -6.10,  -5.77,   1.21,   3.47,  -7.93,  -0.27,  -7.88,  -5.61,  -0.57,  -2.09,  -5.30,  -4.45, }, // gt
 
32
{   -8.84, -10.41,  -9.37,  -5.56,  -7.98, -11.36,  -5.95,  -7.93,  -5.13,  -3.57, -10.45,  -8.49,  -2.42,  -5.63,  -7.08,  -8.39, }, // ca
 
33
{   -4.68,  -4.57,  -5.86,   1.67,  -6.00,  -4.66,   2.11,  -0.27,  -3.57,   5.36,  -5.71,  -4.96,   2.75,   1.32,  -4.91,  -3.67, }, // cg
 
34
{  -14.37, -14.53,  -9.08,  -6.71, -12.43, -12.58,  -3.70,  -7.88, -10.45,  -5.71,  -3.59,  -5.77,  -6.88,  -8.41,  -7.40,  -5.41, }, // cc
 
35
{  -12.64, -10.14, -10.45,  -5.17,  -7.71, -13.69,  -5.84,  -5.61,  -8.49,  -4.96,  -5.77,  -2.28,  -4.72,  -7.36,  -3.83,  -5.21, }, // ct
 
36
{   -4.01,  -5.43,  -5.33,   1.61,  -5.85,  -5.75,   1.60,  -0.57,  -2.42,   2.75,  -6.88,  -4.72,   4.97,   1.14,  -2.98,  -3.39, }, // ta
 
37
{   -6.16,  -5.94,  -6.93,  -0.51,  -7.55,  -4.27,  -0.08,  -2.09,  -5.63,   1.32,  -8.41,  -7.36,   1.14,   3.36,  -4.76,  -4.28, }, // tg
 
38
{  -11.32,  -8.87,  -8.67,  -4.81,  -6.63, -12.01,  -4.49,  -5.30,  -7.08,  -4.91,  -7.40,  -3.83,  -2.98,  -4.76,  -3.21,  -5.97, }, // tc
 
39
{   -9.05, -11.07,  -7.83,  -2.98, -11.54, -10.79,  -3.90,  -4.45,  -8.39,  -3.67,  -5.41,  -5.21,  -3.39,  -4.28,  -5.97,  -0.02, }, // tt
 
40
};
 
41
 
 
42
int locpenaltyn = -1750;
 
43
char locaminon[] = "agctuAGCTUnNbdhkmnrsvwyx-O";
 
44
char locgrpn[] = 
 
45
{
 
46
        0, 1, 2, 3, 3, 0, 1, 2, 3, 3,
 
47
        4, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 
 
48
        5, 5, 5, 5, 5, 5 
 
49
};
 
50
int exgpn = +00;
 
51
int locn_disn[26][26] = 
 
52
/* u ha constants.c no nakade shori */
 
53
/* 0 - 4 dake yomareru.             */
 
54
        {
 
55
                {
 
56
  1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
57
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
58
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
59
                },
 
60
 
 
61
                {
 
62
   600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
63
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
64
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
65
                },
 
66
 
 
67
                {
 
68
     0,     0,  1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
69
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
70
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
71
                },
 
72
 
 
73
                {
 
74
     0,     0,   600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
75
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
76
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
77
                },
 
78
 
 
79
                {
 
80
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
81
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
82
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
83
                },
 
84
 
 
85
                {
 
86
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
87
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
88
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
89
                },
 
90
 
 
91
                {
 
92
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
93
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
94
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
95
                },
 
96
 
 
97
                {
 
98
     0,   500,   500,     0,     0,     0,   500,   500,     0,     0,
 
99
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
100
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
101
                },
 
102
 
 
103
                {
 
104
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
105
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
106
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
107
                },
 
108
 
 
109
                {
 
110
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
111
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
112
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
113
                },
 
114
 
 
115
                {
 
116
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
117
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
118
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
119
                },
 
120
 
 
121
                {
 
122
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
123
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
124
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
125
                },
 
126
 
 
127
                {
 
128
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
129
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
130
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
131
                },
 
132
 
 
133
                {
 
134
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
135
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
136
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
137
                },
 
138
 
 
139
                {
 
140
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
141
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
142
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
143
                },
 
144
 
 
145
                {
 
146
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
147
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
148
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
149
                },
 
150
 
 
151
                {
 
152
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
153
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
154
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
155
                },
 
156
 
 
157
                {
 
158
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
159
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
160
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
161
                },
 
162
 
 
163
                {
 
164
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
165
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
166
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
167
                },
 
168
 
 
169
                {
 
170
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
171
     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 
172
     0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 
173
                },
 
174
 
 
175
                {
 
176
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
177
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
178
    0,    0,    0,    0,    0, -500,
 
179
                },
 
180
 
 
181
                {
 
182
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
183
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
184
    0,    0,    0,    0,    0, -500,
 
185
                },
 
186
 
 
187
                {
 
188
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
189
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
190
    0,    0,    0,    0,    0, -500,
 
191
                },
 
192
 
 
193
                {
 
194
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
195
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
196
    0,    0,    0,    0,    0, -500,
 
197
                },
 
198
 
 
199
                {
 
200
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
201
    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
202
    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 
203
                },
 
204
 
 
205
                {
 
206
 -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
 
207
 -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
 
208
 -500, -500, -500, -500,    0,  500,
 
209
                },
 
210
     };