~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to PROBE_COM/PT_extern.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
1
 
#include <stdio.h>
2
 
#include <stdlib.h>
3
 
/* #include <malloc.h> */
4
 
#include <string.h>
 
1
#include <cstdio>
 
2
#include <cstdlib>
 
3
#include <cstring>
5
4
#include "PT_server.h"
6
5
#include "C/server.h"
7
6
#include <aisc_server_proto.h>
14
13
extern "C" {
15
14
#endif
16
15
 
17
 
    int pt_init_bond_matrix(PT_pdc *THIS);
 
16
    int pt_init_bond_matrix(PT_local *THIS);
18
17
 
19
18
#ifdef __cplusplus
20
19
}
21
20
#endif
22
21
 
23
 
int init_bond_matrix(PT_pdc *THIS) {
 
22
int init_bond_matrix(PT_local *THIS) {
24
23
    pt_init_bond_matrix(THIS);
25
24
    return 0;
26
25
}
27
26
 
28
 
#ifdef __cplusplus
29
 
extern "C" {
30
 
#endif
31
 
 
32
 
    //    aisc_callback_func_proto(destroy_PT_local); /* prototyp */
33
 
 
34
 
    void pt_destroy_locs(PT_local *THIS) {
35
 
        destroy_PT_local(THIS);
36
 
    }
37
 
 
38
 
#ifdef __cplusplus
 
27
void pt_destroy_locs(PT_local *THIS) {
 
28
    destroy_PT_local(THIS);
39
29
}
40
 
#endif
41
30
 
42
31
int pt_init_socket(PT_local *THIS) {
43
 
    return aisc_add_destroy_callback((aisc_callback_func)pt_destroy_locs,(long)THIS);
 
32
    aisc_add_destroy_callback((aisc_destroy_callback)pt_destroy_locs, (long)THIS);
 
33
    return 0;
44
34
}
45
35
 
46
 
void  pt_destroy_socket(PT_local *THIS){
47
 
    THIS = THIS;
 
36
void pt_destroy_socket(PT_local *) {
48
37
    aisc_remove_destroy_callback();
49
38
}
50
39